私自身も遭遇しましたし、他の方からも問い合わせがありましたので、簡単に記載しておきます。
MacをYosemiteにアップグレードした際に、FSLが動作しなくなることがあります。
その際には、バタバタする前に、まず、XQuartzを再インストールしてみてください。
それだけで問題が解決することがあります。
本家にも情報がありました。
Note for Yosemite (10.10) users: even if you have previously installed X11, you will need to reinstall it from the XQuartz web page to get FSL to work.
これで、問題解決といって大丈夫そうです。
