FSLのmacOSへのインストール方法 (FSL 6.0.6 以降)

mac OSにFSLをインストールするにはいくつか工夫が必要なので紹介します。
ちなみに、本家のインストラクションはこちらです。

  1. XQuartzのインストール
  2. XQuartzのインストールはいたって簡単です。まず、https://www.xquartz.org/にアクセスします。

    そこにある、XQuartz-2.8.5.dmgをダウンロードします。

    ダウンロードしたら、通常のmacOSのアプリのインストールのようにインストールします。

  3. xcode-selectのインストール
  4. 次に、xcode-selectをインストールします。ターミナルを起動し、

    xcode-select --install
    

    とタイプするだけです。GUIが立ち上がりますのでOKをクリックしてインストールを進めてください。

  5. FSLインストーラーのダウンロード
  6. ここまでできたら、FSLのインストーラーをダウンロードします。まずは、FSLのダウンロードページに行きます。

    そうすると、以下のような画面になります。

    • 最初に青色の “FSL software license” をクリックし、最後までスクロールして、”AGREE” をクリックします。
    • 次に”About Yourself”のところに自分の情報を入力します。
    • “About your computer OS” に自分の macOS のバージョンを選択します。
    • “Register”をクリックすると、以下の画面になりますので、”Download FSL 6.0.6.x” をクリックして、fslinstaller.py をダウンロードします。
  7. FSLのインストール
  8. ここまでくるとあともう少しです。
    ターミナルを起動し、以下をタイプします。

    cd ~/Downloads
    python3 fslinstaller.py
    

    なお、FSL 6.0.6 から、FSLはユーザーディレクトリにインストールされることになりました。もし、これまで通り、/usr/local/fsl にインストールしたいという方は、以下のように明示することで /usr/local/fsl にインストールできます。

    cd ~/Downloads
    python3 fslinstaller.py -d /usr/local/fsl
    

    そうすると、以下のようになります。ターミナルの色などは私の設定なので気にしないでください。

    ポイントは、”100%になってもそのままじっと待つ” です。”FSL successfully installed” が出るまで忍耐強く待ってください。

    終わったら、一度ログアウトしてログインしなおしてください。

  9. FSLの起動
  10. そうしたら、ターミナルから

    fsl
    

    とタイプしてみましょう。

    下図のようなメニューが出てきたら、ばっちりです。

    以上でFSLのインストールは終了です。最後にパスについて少しだけ述べておきます。

  11. FSL関連のパス
  12. fslinstaller.py は自動で、お使いのシェルの profile (.bash_profile, .zprofileなど) に以下の内容を追記します。

    # FSL Setup
    FSLDIR=/usr/local/fsl (注: これはデフォルトではホームディレクトリの下のはずです)
    PATH=${FSLDIR}/share/fsl/bin:${PATH}
    export FSLDIR PATH
    . ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
    

    FSL 6.0.6以降、FSLの実行ファイルの場所が、これまでの $FSLDIR/bin から $FSLDIR/share/fsl/bin に変わりました。
    このため、過去の設定だとうまく動きません。

    もし、fslinstaller.py がこの設定をファイルに書き込めていなかったら上記の内容を bash の方は .bash_profile に、zsh の方は .zprofile に記載すれば大丈夫です。

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