Ubuntu 20.04/22.04 上の FSL6.0.6 以降で CUDA 11以降のGPUを使う方法

FSL 6.0.6 以降で、CUDA 11以降も対応するようになりました。

いろいろ試行錯誤した結果、以下のようなシンプルな方法でFSLでCUDAを上手に使うことができるようになったので紹介します。

なお、Amulet社から販売している Powerstep Tower for Lin4Neuro は、既にこれらの設定が済んでいますので、電源入れたらすぐにEDDY, BEDPOSTX, XTRACTなどがGPUを使って解析できます。
なお、FSL 6.0.6 以降は既にインストールされているとします。

手っ取り早く解決したい方

ターミナルから以下を実行してください。その後再起動していただければおしまいです。

セットアップ

• Ubuntu 20.04

cd ~/Downloads
wget https://gitlab.com/kytk/lin4neuro-focal/-/raw/master/installer-scripts/cuda_installer.sh
bash cuda_installer.sh

• Ubuntu 22.04

cd ~/Downloads
wget https://gitlab.com/kytk/lin4neuro-jammy/-/raw/main/installer-scripts/cuda_installer.sh
bash cuda_installer.sh

確認

再起動後、以下のコマンドをタイプしてください。

/usr/local/cuda/bin/nvcc --version

これでCUDAのバージョンが表示されます。

検証

それぞれテストスクリプトを準備しました。Ubuntu 20.04 でも 22.04 でもどちらでも動作します。

• eddy (GPUならば10分程度)

cd ~/Downloads
wget https://gitlab.com/kytk/lin4neuro-focal/-/raw/master/test-scripts/test_eddy_cuda.sh
bash test_eddy_cuda.sh

• xtract (GPUならば40分程度；本スクリプトは小山哲男先生に書いていただいたものです)

cd ~/Downloads
wget https://gitlab.com/kytk/lin4neuro-focal/-/raw/master/test-scripts/test_xtract_gpu.sh
bash test_xtract_gpu.sh

じっくり検証したい方

今後記載します。