1. 目的
2. コマンド
3. 使用例
3.1. 前準備
3.2. 拡散MRIのマスク画像の作成
1. 目的
- MRtrixを用いた拡散MRIのマスク画像の作成
2. コマンド
MRtrixを用いて拡散MRIのマスク画像の作成するには、dwi2maskを使用する。
dwi2maskのヘルプは、次の通り。
クリックして展開
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 | SYNOPSIS Generates a whole brain mask from a DWI imageUSAGE dwi2mask [ options ] input output input the input DWI image containing volumes that are both diffusion weighted and b=0 output the output whole-brain mask imageDESCRIPTION All diffusion weighted and b=0 volumes are used to obtain a mask that includes both brain tissue and CSF. In a second step peninsula-like extensions, where the peninsula itself is wider than the bridge connecting it to the mask, are removed. This may help removing artefacts and non-brain parts, e.g. eyes, from the mask.OPTIONS -clean_scale value the maximum scale used to cut bridges. A certain maximum scale cuts bridges up to a width (in voxels) of 2x the provided scale. Setting this to 0 disables the mask cleaning step. (Default: 2)DW gradient table import options -grad file Provide the diffusion-weighted gradient scheme used in the acquisition in a text file. This should be supplied as a 4xN text file with each line is in the format [ X Y Z b ], where [ X Y Z ] describe the direction of the applied gradient, and b gives the b-value in units of s/mm^2. If a diffusion gradient scheme is present in the input image header, the data provided with this option will be instead used. -fslgrad bvecs bvals Provide the diffusion-weighted gradient scheme used in the acquisition in FSL bvecs/bvals format files. If a diffusion gradient scheme is present in the input image header, the data provided with this option will be instead used. |
基本的な使い方は、以下の通り。
1 | dwi2mask <入力画像> <出力画像> |
3. 使用例
3.1. 前準備
まず、こちらの記事を参考に、拡散MRI（DWI.nii.gz）とそのMPG軸情報（bvecs, bvals）とヘッダー情報（headers.json）をまとめて、MIF形式（DWI.mif）に変換する。
1 | mrconvert -fslgrad bvecs bvals -json_import headers.json DWI.nii.gz DWI.mif |
3.2. 拡散MRIのマスク画像の作成
以下のコマンドを実行する。
1 | dwi2mask DWI.mif DWI_mask.mif |
拡散MRIとマスク画像（緑）を重ね合わせてみる。
著者情報： 斎藤 勇哉
順天堂大学医学部 大学院医学研究科 放射線診断学講座所属脳MRI 画像解析が専門であり、テーマは①神経変性疾患の機序解明、②医用人工知能の開発、③多施設データのハーモナイゼーション、④速読が脳に与える影響や学習効果、⑤SNS解析を用いたマーケティング戦略の改善。
医療分野に関わらず、自然言語処理・スクレイピング・データ分析・Web アプリ開発を得意とし、企業や他大学の研究を支援。
主な使用言語は、Python、Shell Script、MATLAB、HTML、CSS
ピングバック： 【MRtrix】MRtrixを用いたトラクトグラフィー: Tractography