1. 目的
- RF/B1バイアス（信号ムラ）補正
2. コマンド
ここでは、FreeSurferの関数であるAntsN4BiasFieldCorrectionFsコマンドを用いて、信号ムラ補正をする。
AntsN4BiasFieldCorrectionFsは、ANTsの関数である”AntsN4BiasFieldCorrection”を基にしたものであり、補正アルゴリズムとしては、ANTs由来のものである。
AntsN4BiasFieldCorrectionFsコマンドのヘルプは次の通り。
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 | HelpNAME AntsN4BiasFieldCorrectionFsSYNOPSIS AntsN4BiasFieldCorrectionFs [options] -i <invol> -o <outvol>DESCRIPTION Runs N4 (nonparameteric, nonuniform normalization) retrospective bias correction on an image. This programs wraps the AntsN4BiasFieldCorrection utility available in the ANTs package (see http://stnava.github.io/ANTs).REQUIRED FLAGGED ARGUMENTS -i, --input invol input volume file -o, --output outvol corrected volume fileOPTIONAL FLAGGED ARGUMENTS --shrink resample factor to decrease computation time (default is 4) |
基本的な使い方は、次の通り。
1 | AntsN4BiasFieldCorrectionFs -i <入力画像> -o <出力画像> |
3. 使用例
補正前の3D-T1WI（T1w.nii.gz）に対して、信号ムラ補正をする。
1 | AntsN4BiasFieldCorrectionFs -i T1w.nii.gz -o T1w_biascorrected.nii.gz |
処理が完了すると、補正後の3D-T1WI（T1w_biascorrected.nii.gz）が出力される。
1 | ls # カレントディレクトリのファイルを確認 |
1 | T1w.nii.gz T1w_biascorrected.nii.gz |
4. 結果
補正前（上）と補正後（下）を比較すると次の通り。
補正前では頭頂部で比較的低信号、深部灰白質で比較的高信号だったのが、補正後に均一になっている。
著者情報： 斎藤 勇哉
順天堂大学医学部 大学院医学研究科 放射線診断学講座所属脳MRI 画像解析が専門であり、テーマは①神経変性疾患の機序解明、②医用人工知能の開発、③多施設データのハーモナイゼーション、④速読が脳に与える影響や学習効果、⑤SNS解析を用いたマーケティング戦略の改善。
医療分野に関わらず、自然言語処理・スクレイピング・データ分析・Web アプリ開発を得意とし、企業や他大学の研究を支援。
主な使用言語は、Python、Shell Script、MATLAB、HTML、CSS
