ANTsのRへの移植版であるANTsRのインストール方法を聞かれましたので、Ubuntu 18.04へのインストール方法を以下にまとめます。現在、Ubuntu 18.04では、Rのバージョンはデフォルトで3.6になっていますので、Rは3.6がインストールされていると仮定します。
ソースはANTsRの本家サイトです。
cmakeのインストール
コンパイルのためにcmakeが必要です。
1 | sudo apt install cmake |
ユーザー権限でパッケージを入れられるための設定
以下の設定をしておくことで、Rのパッケージをユーザー権限でホームディレクトリの下のRにインストールできるのでとても便利です。AFNIもこの方法を使っています。
1 2 3 | mkdir ~/Recho 'export R_LIBS=$HOME/R' >> ~/.bash_aliasessource ~/.bashrc |
devtoolsのインストール
Rを起動した後に以下を実行します。
1 | install.packages("devtools") |
ANTsRに推奨されているRパッケージのインストール
Rで以下を実行します。
1 2 | mydeps <- c( "Rcpp", "RcppEigen", "magrittr", "rsvd", "magic", "psych" )install.packages( pkgs = mydeps, dependencies = TRUE ) |
ANTsRのインストール
ターミナルからRを起動し、以下を実行します。（RStudioなどではうまくいかない可能性があるとのことで、ターミナルからいきます）
1 2 | library(devtools)install_github("stnava/ANTsR") |
これで、ITKR, ANTsRCore, ANTsRがインストールされます。時間が相当かかりますが、辛抱強く待てばコンパイルされます。
~/Rの下にANTsR, ANTsRCore, ITKR ディレクトリができます。
以上です。
