Ubuntu 18.04 への FreeSurfer 7.2.0 のインストール (debファイルの利用)

FreeSurfer 7.2.0が発表されました。
このバージョンからついに deb ファイルが提供されるようになりました。嬉しいことですね。

デフォルトのインストール先は、/usr/local/freesurfer/7.2.0 となります。

簡単インストール

• FreeSurferのライセンスファイル license.txt を ~/Downloads に置いていただければ、あとは下記のスクリプトを実行するだけでインストールが可能となります。
• freesurfer7.2.0_installer_bionic.sh（右クリックで名前をつけて保存）

Step by step

license.txt の入手

• こちらのリンクに必要事項を記載すると、メールアドレスにlicense.txtが送付されてきます。それを適当なところに保存します。私は、~/Downloads に保存しています。ちなみに、Linuxで画像解析をする場合には、フォルダ名は日本語ではない方がいいので、英語に変えておくことをお勧めします。詳細は、「Linuxでhomeディレクトリ以下の日本語ディレクトリを英語に変えたい」をご参照ください。

debファイルのダウンロード

• 以下のコマンドで、~/Downloadsに debファイルをダウンロードできます。

cd ~/Downloads
curl -O -C - ftp://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer_7.2.0_amd64.deb

• もし、上記のコマンドでServer errorが出るようでしたら、以下を試してみてください。

cd ~/Downloads
curl -O -C - http://ftp.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer_7.2.0_amd64.deb

md5のチェック

• ダウンロードした deb ファイルが正しいか確認しましょう。以下でチェックできます。

echo "c8c73f5d2ef134f74305770b67436531  freesurfer_7.2.0_amd64.deb" > freesurfer_7.2.0_amd64.deb.md5
md5sum -c freesurfer_7.2.0_amd64.deb.md5

FreeSurferのインストール

• aptを使ってインストールします。シンプルです。

sudo apt install -y ./freesurfer_7.2.0_amd64.deb

license.txtのコピー

• メールで送られてきたlicense.txtをコピーします。今、license.txtが ~/Downloads にあると仮定します。

sudo cp ~/Downloads/license.txt /usr/local/freesurfer/7.2.0

SUBJECTS_DIRの準備

• デフォルトでは、/usr/local/freesurfer/7.2.0/subjects がSUBJECTS_DIRとなりますが、これは使い勝手が悪いので、ホームディレクトリにコピーします。

mkdir -p ~/freesurfer/7.2.0/subjects
cp -ar /usr/local/freesurfer/7.2.0/subjects ~/freesurfer/7.2.0/

.bash_alias へのパスの設定

• Ubuntuでは、.bash_aliasにパスなどを書いておくと、.bashrcがそれを読み込みます。.bashrcを直接いじるより安全なので、.bash_aliasに追記します。以下をそのままコピペでOKです。（これは一度のみの作業です。何度もやる必要はありません）

echo >> ~/.bash_aliases
echo "#FreeSurfer 7.2.0" >> ~/.bash_aliases
echo "export SUBJECTS_DIR=~/freesurfer/7.2.0/subjects" >> ~/.bash_aliases
echo "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.2.0" >> ~/.bash_aliases
echo 'source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh' >> ~/.bash_aliases

以上で、インストールは終了です。この設定を有効にするために、ターミナルを一度終了し、再度起動します。

サンプルデータの表示

• 最後に、FreeSurferについてくるサンプルデータ bert のデータを表示してみましょう。以下のコマンドをターミナルにコピペして実行してください。Freeviewの使い方に慣れてくるとこれらの意味がよくわかるようになります。

cd $SUBJECTS_DIR
freeview -v \
    bert/mri/T1.mgz                            \
    bert/mri/wm.mgz                            \
    bert/mri/brainmask.mgz                     \
    bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f                                         \
    bert/surf/lh.white:edgecolor=blue          \
    bert/surf/lh.pial:edgecolor=red            \
    bert/surf/rh.white:edgecolor=blue          \
    bert/surf/rh.pial:edgecolor=red 	       \
 --layout 2 --viewport axial &

• 以下のように表示されれば無事完了です。