macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法

“macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法” へのコメント

1. 根本先生　
   FSLについて丁寧にご解説いただき感謝しております。　
   FSLインストール完了（imglob確認済み）後、fsleyes-0.34.0-をインストールしましたが、
   ターミナル にfsleyesと入力すると、/usr/local/fsl/fslpython/envs/fslpython/bin/pythonw: line 3: /usr/local/fsl/fslpython/envs/fslpython/python.app/Contents/MacOS/python: No such file or directory
   と出てきて起動できません。フォルダを確認すると、usr/local/fsl/fslpython/pkgs/fsleyes-0.34.0-py37hc8dfbb8_0/lib/python3.7/site-packages/fsleyesとなっています。この状態からfsleyeを起動させる
   方法をアドバイスいただけますよう、宜しくお願いいたします。

   返信

   • 佐藤先生

     返信が遅くなりすみません。

     まず、

     /usr/local/fsl/fslpython/pkgs/fsleyes-0.34.0-py37hc8dfbb8_0/lib/python3.7/site-packages/fsleyes

     これで起動するか確認していただけますか？

     返信

     • 根本先生　
       　お世話になっております。７月にfsleye起動に関する質問にご回答いただきありがとうございました。3ヶ月間、メモリの小さいCatalinaでfsl解析の練習をしてきました。はまってしまい、本格的な解析に入るために、以前よりメモリの大きい Catalina10.15.7を新たに導入し、インストールのためにこのページに立ち寄りました！今回は、fsleyes　ですぐに起動できました。何度もお世話になり、感謝申し上げます。今後もどうぞよろしくお願いいたします。　佐藤

       返信

       • 佐藤先生

         無事に起動したとのご報告、ありがとうございました。

         根本清貴

         返信

2. 初めまして。
   FSLのインストールに際し、非常に参考にさせていただいております。誠にありがとうございます。
   現在 mac OS Mojaveに導入を試みているのですが、imglobと入れるとcommand not foundと表示されます。インストールがうまくていっていないと考え、fslpython_install.shの書き換えも行いました。しかし
   Stage 1
   By installing this python distribution you agree to the license terms in
   /usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
   100%
   Failed to install Miniconda – see /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.jBRwwyv0/fslpython_miniconda_installer.log for details

   と表示されてしまい進みません。解決策があれば教えていただきたいのですが、いかがでしょうか。よろしくお願いいたします。

   返信

   • ご質問ありがとうございます。
     今、困っている問題は、以下の方法で解決できる方法があると思います。
     以下のリンクをご覧いただけますか？

     https://www.nemotos.net/?p=2964

     具体的には以下になります。

     cd /usr/local/fsl
     sudo rm -r fslpython
     sudo -E $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh
     

     これで解決するかと思います。試してみてください。

     返信

     • お忙しい中早急な対応をありがとうございます。
       ご提案いただいた方法を行ってみましたが、
       sudo rm -r fslpython
       Password:
       rm: fslpython: No such file or directory
       と表示されます。また、その後
       sudo -E $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh
       Stage 1
       By installing this python distribution you agree to the license terms in
       /usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
       100%
       Failed to install Miniconda – see /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.1HAdAg7O/fslpython_miniconda_installer.log for details

       と表示されてしまいます。
       python -V と入力すると
       Python 3.7.6 と表示されるのですが、別にminicondaのインストールをする必要があるのでしょうか?

       お手数をおかけして申し訳ありません。よろしくお願いいたします。

       返信

       • そうだったのですね。

         ひとつ確認ですが、FSLのインストールの際に、python2.7 fslinstaller.py のように、python2系を明示してインストールされましたか？

         このminicondaというのは、FSLが独自でインストールするものなので、別にいれる必要はありません。

         そして、エラーメッセージが、fslpython_miniconda_installer.log に詳細が書いてあるとありますので、

         もしよろしかったらターミナルから

         open -e /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.1HAdAg7O/fslpython_miniconda_installer.log
         

         としていただき、（全部1行です）
         このログの中身を表示して、それをまるごとコピーで、返信にはりつけていただけませんか？
         そうしたら、原因が探れると思います。

         返信

         • なんども申し訳ありません。ご返信ありがとうございます。
           インストールの際にはpython2.7と入力しています。
           ログの内容は以下になります。

           Installing FSL conda distribution into /usr/local/fsl/fslpython
           curl: option –fail-L: is unknown
           curl: try ‘curl –help’ or ‘curl –manual’ for more information
           bash: /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.1HAdAg7O/fslpython_miniconda_installer.sh: No such file or directory

           お手数をおかけ致しますが、よろしくお願いいたします。

         • ログを見てわかりました。

           たぶん、/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh を修正してもらった際に、

           curl -fail -L と -fail と -L の間に 半角スペースが必要なのが、
           curl -fail-L とスペースがなくくっついているのが問題だと思います。

           そこを確認してもらってから、再度試してみていただけませんか。

         • お手数をおかけして申し訳ありません。
           半角スペースを入れたら解決できました。
           誠にありがとうございます。

         • 無事に解決できてよかったです。何かあったらまた聞いていただけたらと思います。

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