FSLやそれを利用したHCPパイプラインでは、計算を高速化するためにCPUあるいはGPUを利用した介した並列分散処理を行います。CPU の並列分散化には、Sun Microsystems が開発していたオープンソースの Sun Grid Engine(SGE)が使われます。しかし同社は2010年にOracle買収し、ソースコードがクローズドになってしまいました。
これを受けて、リバプール大のグループがSun Grid Engine のオープンソースの最終版である 6.2u5 を利用したベースに、オープンソースでの開発を継続し、Son of Grid Engine として公開しています。Son of Grid Engine も SGE と呼ばれています。
https://arc.liv.ac.uk/trac/SGE/wiki
対応OSはLinuxのみで、Debian/Ubuntu系、RedHat/CentOS系があります。
インストールにはいろいろ工夫が必要ですが、このたび、京都大学の宮田淳先生がそのインストールマニュアルを作成してくださいました。
宮田先生のご厚意で公開をご快諾いただきましたので、公開します。
Ubuntu18環境でSGEのインストールがうまくいかず色々調査してところ、ちょうどこちらのサイトにたどり着き大変助かりました。どうもありがとうございます。
ご丁寧にありがとうございます。
お役に立てたようで嬉しいです。
京大の宮田先生のご厚意なので、このようなコメントはありがたいです。