FSLやSPMを用いて画像の左右を反転する方法

DICOM→NIFTIに変換する際に、MRI画像の左右を反転する方法はありますか？というご質問をいただきました。

DICOM→NIFTIの際に変換する方法は私が知る限りあまりないと思いますが、NIFTI画像に対する方法はあります。

この方法を紹介します。

FSLに、”MNI152_T1_2mm_LR-masked” というファイルがあります。

画像の反転の確認にはわかりやすいファイルなので、今回はこれを使用します。

Mangoで見ると、画像に埋め込まれている”R”が実際にR側にあることに気をつけてください。

FSLでは、”fslswapdim”というコマンドがあります。これを使えばOKです。

使い方は、以下のとおりです。

fslswapdim <入力画像> -x y z <出力画像>

これからわかるように、y や z に – をつければ、y軸、z軸も反転できます。

実際にやってみます。出力ファイルは、flippedとつけましょう。

fslswapdim MNI152_T1_2mm_LR-masked -x y z MNI152_T1_2mm_LR-flipped

これを表示してみます。

反転していることがわかります。

なお、複数行いたい場合には、これを for ループに入れるなどしたらいいでしょう。あるディレクトリにある NIFTIファイルを全部ひっくり返したかったら、

for f in *.nii*; do fslswapdim $f -x y z ${f%.nii*}_flipped; done

とすれば、LR反転した画像が生成され、ファイル名の最後に _flipped がつきます。

SPMでは、Batch -> SPM -> Util -> Reorient images

を用いることで反転できます。

ここに、左右を反転したい画像を指定します。複数指定できます。

ここに行列を入れます。左右を反転させる行列は以下の行列になります

-1 0 0 0
0 1 0 0
0 0 1 0
0 0 0 1

これは、Matlabでは、[-1 0 0 0; 0 1 0 0; 0 0 1 0; 0 0 0 1] として指定できます。

なんでもいいですが、flipということで、 f にしてみましょう。

これを実行すると、同様にフリップした画像を作成できます。

ちなみに、毎回はめんどくさいので、簡単なスクリプトを準備してみました。

これをMatlabのパスが通っているディレクトリに保存していただき、

Matlabから、

>&gt; flip_batch

とタイプしていただくと、画像選択画面が開きますので、そこでフリップしたい画像を選択していただければ、先程のBatchウィンドウが立ち上がります。

おためしあれ。