*MRIcronは開発が終了しており、最終版が2-September-2019なので、こちらのインストール方法を改めて紹介します。
MRIcronはNIFTIファイルのビューワーです。開発は終了しており、後継のMIRcroGLを使うことが勧められていますが、使い勝手はいいので、以下、紹介します。
MRIcronは、https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152よりダウンロードします。
2-September-2019 の “MRIcron_windows.zip” をクリックします。
ファイルをダウンロードするにあたっての規約が表示されますので、［I Agree］をクリックします。
そうすると、MRIcron_windows.zip を保存する画面が出てくると思いますので、適宜保存します。
ファイルが圧縮されていますので、解凍してください。Windows10では、ファイルを右クリックで、「すべて展開」で展開できます。
すると、下図のようにファイルが解凍されます。
“mricron.exe” をダブルクリックします。（拡張子を表示するオプションを有効にしていない方はmricronだけかもしれません）
そうすると、一度だけ、以下のwarningが出ます。
ここで、「詳細情報」をクリックすると、以下のような画面になるので、「実行」をクリックします。
そうすると無事に起動します。（表示される画像は違うかもしれませんが）
以下、簡単に、背景画像と、アトラスを重ね合わせる方法を紹介します。
まず、背景画像を表示します。上に使っているのは、ch2.nii.gzですが、それを表示します。
MRIcronのメニューから、”File” -> “Open templates” -> “ch2.nii.gz” で、上手のような画像が表示されます。
これに、AALアトラスを重ね合わせたいと思います。
メニューの”Overlay” -> “Add” を選びます。
画像の選択画面が出ますので、MRIcronのフォルダがあるところの Resources/templates/aal.nii.gz を探します。
私の場合、MRIcronを ダウンロード/MRIcron_windows/MRIcron にインストールしてあるので、以下のところにありました。
そうすると、AALアトラスが重ね合わせられて表示されました。ここで適当な領域をクリックすると、ウィンドウの上にその解剖学的名称が出ています。
今の場合、右の海馬をクリックしたので、Hippocampus_R と表示されています。（MRIcronの表示はデフォルトは、RadiologicalでなくNeurologicalであり、右側は右に表示されます）
なお、デフォルトだと、アトラスはベタッと上に表示されます。
アトラスを少し透過させて、下の画像も確認するためには、”Overlay” -> “Transparency on Background” で値を調整します。
60%としてみると、以下のようになりました。こうすれば、背景画像とアトラスを比較できます。
