*これは相当古いインストラクションです。新たなインストラクションを別に準備しますので、FSL 6.0.6 以降のインストール方法はそちらをご参照ください。
Mac OSXにFSLをインストールする機会がありました。
いくつか工夫が必要だったので、メモします。
(9/Dec/2014: fslinstaller.pyはスーパーユーザーでなくても大丈夫と気づいたので、修正しました。また、Yosemiteの場合についても追記しました。）
(1/Mar/2014: .bash_profileがない場合の対処を追記しました。また、改行コードについての注意も記載しました)
- Mountain Lionからの注意
- XQuartzのインストール
- FSLインストーラーのダウンロード
- ターミナルの起動
- ダウンロードフォルダへの移動
- FSLのインストール
- FSLの設定
- パス設定の確認
Mountain Lion (OS 10.8)からはX11がOSに含まれなくなったとのことで、XQuartzというソフトをインストールする必要があります。FSLのMacのインストールマニュアルにも以下の記載があります。
ということで、Mountain Lionの人はまず、XQuartzからインストールしましょう。
XQuartzのインストールはいたって簡単です。まず、http://xquartz.macosforge.org/landing/にアクセスします。
そこにある、XQuartz-2.7.7.dmgをダウンロードします。（スクリーンショットは古いです。2014年12月時点では、2.4.7.7が最新です）
ダウンロードしたら、ダブルクリックで、インストーラーがでてきますので、さらにダブルクリックでインストールされます。
これでXQuartzのインストールは終了です。一度、ログアウトし、ログインし直すと、X11としてこのXQuartzが有効化されます。従って、ここで一度、再起動しましょう。
次に、FSLのインストーラーをダウンロードします。まずは、http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/にアクセスし、FSLのページに行きます。
ページの下の方にある”Download”をクリックします。
そうすると、”FSLInstallation”というページにとびます。
そこで、Download FSLを選択すると、FSLのライセンスが表示されます。
一番上にある”
I agree to the below terms and conditions governing the use of the Software”をクリックすると、個人情報を入力する画面にとびます。
ここで、すべての項目を入力しないと、ダウンロードできませんので、注意してください。
画面では個人情報保護のため、私の情報を隠してあります。(^_^;
自分に関しての情報を入力したら、その下にある”4 SELECT AND DOWNLOAD”にいき、”fslinstaller.py”を選択します。
これによって、fslinstaller.pyがダウンロードされます。
それでは、FSLをインストールしていきます。このために、ターミナルを起動します。ターミナルはアプリケーション→ユーティリティ→ターミナルから起動できます。
なお、ターミナルは画像解析では頻繁に使いますので、Dockに登録しておくとよいでしょう。アプリケーションのフォルダからDockにドラッグ＆ドロップで登録できます。
それでは、ターミナルを起動しましょう。下図のような画面になるはずです。
ここで、
cd Downloads
とタイプし、ダウンロードフォルダに移動します。
ここまでくるとあともう少しです。
まず、FSLのインストーラがきちんとあることを確認しましょう。
ターミナルで以下のようにタイプします。
ls fslinstaller.py
fslinstaller.pyが見えれば、きちんとダウンロードフォルダにいます。もし、なかったら、fslinstaller.pyをどこにダウンロードしたか確認し、そのフォルダに移動してください。
次に、ターミナルで以下のようにタイプします。
python fslinstaller.py
pythonて何？と思った方は、pythonというキーワードで検索してみてください。
そうすると、次のような画面になるはずです。
ここでは、最初に、「注意：インストールの途中で管理者権限が必要になります。必要時にパスワード入力が必要になります」と記されています。
次に、「FSLをどこにインストールしますか？デフォルトでは、/usr/localにインストールしますよ」と言っています。デフォルトのままでいいので、Enterをおしてください。（もし、別のところにインストールしたかったら、そのパスを記載します。）
（もし、過去にFSLをインストールしたことがある場合、下図のように”FSL exists in the current location, would you like to keep the old version? [No]”と聞かれます。最新のものにしたいので、デフォルトのまま、Enterキーを押す事で過去のバージョンは上書きされます。）
なお、Yosemiteの場合、(2014年12月9日現在では）下記のようにWarningが出ます。「このバージョンのMac OSXでは、十分にテストされていません」ということですが、これまでのところ、大きな問題はなさそうなので、そのまま継続します。
そうすると、FSLのダウンロードがはじまります。ダウンロードされるファイルは2GB近くありますので、しばらく待ちましょう。1時間以上かかることもまれではありません。
ダウンロードが完了すると、インストーラーが自動でダウンロードを確認します。その後、パスワードを聞いてきますので、自分のパスワードを入力します。
その後、インストールがはじまります。下図の場合、以前にFSLをインストールしたことがあるため、いくつかスキップされていますが、基本的に[OK]と出ていれば、順調にインストールがうまくいったことを意味しています。
ここまでいったら、一度ターミナルを終了し、再度ターミナルを開きます。
最後に、FSLをターミナルから起動できるように、パスの設定を行います。
ターミナルで自分のホームディレクトリにいることを確認し、.bash_profileがまずあるかどうかを確認するために、ターミナルから次のようにタイプします。
ls -a .bash_profile
もし、ファイルがあれば
.bash_profile
と表示されますし、もし、なければ、
ls: .bash_profile: No such file or directory
と表示されます。
もし、ない場合は、次のようにtouchコマンドを用いて空ファイルを作りましょう。
touch .bash_profile
テキストエディタで.bash_profileを開いてください。
open -a textedit .bash_profile
そうすると、人によっては空のファイルが起動するでしょうし、人によっては何か書かれているファイルが立ち上がると思います。
その一番下に以下の内容を記載します。改行コードがうまくいかない場合がありますので、コピー＆ペーストではなく、丁寧に見ながら間違いがないように記載してください。
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
（注意：2行目の【. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh】は、.と$の間に、半角スペースが入っています。）
私の場合、.bash_profileにdcm2niiのパスとMacPortsのパスが記載されています。その下にFSLのパスを記載しています。
ここまでやったら、終了です。一度ログアウトして、再度ログインしてください。
これはFSLのページに書いてありますので、忠実に行ってみましょう。
ターミナルから以下のようにタイプしてみてください。
echo $FSLDIR
このときに、下記のように
/usr/local/fsl
と表示されたら、FSLの設定がうまくいっていることを意味します。
そうしたら、ターミナルから
fsl
とタイプしてみましょう。
下図のようなメニューが出てきたら、ばっちりです。
以上でFSLのインストールは終了です。おつかれさまでした。
FSL導入に際して、先生の記事を参考にさせて頂いています。
なんどか挑戦していますが、インストールでつまづいてしまいます。
macOSです。
インストールを試みると画面は動き、進むのですが最後がOSerrorとなり失敗してしまいます。申し訳ありませんが、ご教授頂けますでしょうか。
そうなのですね。よろしければ、macOSのバージョンを教えていただけますか？
ありがとうございます。
Ventura13.0
です。
Venturaはまだフルサポートされていないという実情があります。
ちょっと私の方でも試してみてから返信します。少し時間をください。
もうひとつCPUについても教えてください。Intel macですか、それともApple M1もしくはM2 ですか？
Apple、M1のMacBook Airになります。
よろしくお願いします。
了解です。私の手元にある環境で確認します。
Ventura Apple M1 で状況を再現できました。
解決法はおそらく、xcode-selectをインストールすることです。
ターミナルから
で、xcode-select をインストールされてください。
その後、改めて
でインストールを試みられてはいかがでしょうか。
いつもお世話になっています。
申し訳ありませんが、また質問させてください。
FSL-TBSSを実行したく、勉強中なのですが、
DICOM画像をNIFTIに変換しても、.niiとbvalの2種類しか作成されません。
UserGuideをみるに、bvecというファイルが必要そうなのですが･･･
変換の際に何か不手際があるのでしょうか。
また、お手すきの際に対処法をご教示いただけましたら助かります。
拡散画像をniftiに変換した際にbvecファイルができない一番の理由として、DICOM画像を、MRIスキャナーから直接入手したのではなく、電子カルテなどを経由して得ている場合が挙げられます。
今回お使いのデータはどのように入手されたものでしょうか？
dcm2niix を使ってbvecsが得られない場合、DICOMから必要なヘッダ情報が消えてしまった可能性があります。
根本清貴
早速ありがとうございます。
放射線科に依頼して出力していただいているものです。直接スキャナーから出力しているわけではなく、電子診療録を経由している可能性はあると思われます。
情報が消えてしまっているのであれば、手持ちの画像から作成するのはむずかしく、スキャナーから直接入手しなおす必要があるということでしょうか。
特定のベンダーを指定するのはあまりしないほうがいいですが、これまでの経験で、もし、富士通の電子カルテを経由していたら、プライベートタグが消されている可能性が非常に高いです。
おっしゃるように、スキャナーから直接入手しなおす必要があります。
根本清貴
まさに、仰るとおりの状況が起こっているのかと思います･･･得心いたしました。
放射線科に事情を話して、相談してみようと思います。
お忙しいなかありがとうございました。
今後ともどうぞよろしく御願いいたします。
FSL導入に際してこのサイトを参考にしております。
ターミナルにて
python2.7 fslinstaller.py を入力後に下記のメッセージが表示され、
解決法が見出せず導入に難渋しております。
[Warning] Some operations of the installer require administative rights,
for example installing into the default folder of /usr/local.
If your account is an ‘Administrator’ (you have ‘sudo’ rights)
then you will be prompted for your administrator password
when necessary.
When asked a question, the default answer is given in square brackets.
Hit the Enter key to accept this default answer.
[FAILED] [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed (_ssl.c:727)
junsei@nakamurmionoMBP Downloads %
当方の環境ですが、
MacOSはBig Sur version11.2.3
FSLのversionは 6.0.4
Pythonのは2.7.18
XQuartzは2.8.1 となっております。
もし、解決策をご存知でしたら、ご教示いただければ幸いです。
stack overflowに似たような質問が出ていますね。
まず、python2.7のパスを確認していただけますか。
もし、/usr/bin/python2.7 でしたら、以下のように sudo をつけて走らせたらどうでしょうか？
これでどうか教えていただけたら幸いです。
FSL導入に際してこのサイトを参考にさせていただきました。
Mac OS High Sierraを使用しています。
最後のパス設定の確認のところで
echo $FSLDIRのあと
/usr/local/fsl
と表示されたのですが
fsl と入力後は
-bash: fsl: command not found
と出てしまいます。どのように解決すればいいのでしょうか？
よろしくお願いいたします。
すみません、このコメントがスパム扱いされてしまっていました。
今、気づきました。
echo $FSLDIRは通っているわけですね。
再起動はされましたか？
再起動しないとうまくいかないことがあります。
また、Xquartzのインストールも完了されていますか？
ありがとうございます。
再起動もしましたし、Xquartzのインストールも完了しているのですが、fslとターミナルに入力しても
bash: fsl: command not found
と出てしまいます。
最初からやり直したほうがいいでしょうか。。。
よろしくお願いいたします。
この場合、基本に戻ることが大事ですね。
command not found の場合、パス設定がされていないことがほとんどです。
今の場合、$FSLDIRは設定されています。
しかし、fslが起動しないということは、fslのコマンドにパスが通っていないということになります。
まずは、FSLがきちんとインストールされているか確認しましょう。
ターミナルから次のようにタイプしてください。
ls ${FSLDIR}/etc/fslconf/きちんとインストールされていれば、以下のような表示が見えるかと思います。
もし、これがないようであれば、インストールをやり直してください。
これがあることが確認できたら、次に .bash_profileの設定を見直します。
改めて、
ターミナルから
としていただき、以下の記載がきちんとされているか確認していただけますか？
FSLDIR=/usr/local/fsl . ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH} export FSLDIR PATHもし、コピペで入力されていたら、その部分を改めて、手入力でタイプしなおしてください。
2行目の . と ${FSLDIR} の間にはスペースが必要です。
そのうえで、ターミナルを一度終了し、再度ターミナルを起動し、以下をタイプしてください。
この中に
/usr/local/fsl/bin
といった記載があるかどうかを確かめてください。
ここまできちんと見えていたら、fslは起動するはずです。
ご確認いただき、結果を教えていただけたらと思います。
よろしくお願いします。
ありがとうございました！
インストールし直し、きちんと起動するようになりました。
良かったです！
いろいろ、ご教授いただきありがとうございました。
無事に起動したようでよかったです。
インストールがうまくいっていなかったのですね。
また何かあればお問い合わせください。
Mac OS High Sierra (10.13.3) に FSL5.0.10をインストールして、flsは起動するのですが、ターミナルからfslviewを起動できません。（アプリーションからは起動できるのですが・・・）どのような問題が考えられますでしょうか？お忙しい中大変恐縮ではございますがどうぞよろしくお願い申し上げます。
ご質問ありがとうございます。
FSL5.0.10以降、FSLViewはFSLeyesに置き換えられました。
どうしてもFSLViewを使いたい場合、fslviewではなく、
とタイプしてみてください。
これでFSLViewが起動すると思います。
お忙しい中早速のご返信ありがとうございます。どちらも起動できました。今後ともどうぞよろしくお願い申し上げます。
無事にできたようでよかったです。FSLeyesは実際に便利なので、今後はこちらが主流になってくるようですね。
FSLのインストールに際し、先生のこの記事を参考にさせていただいております。詳細な情報を有難うございます。
Mac OS High Sierra (10.13.2) に FSL5.0.10をインストールしようと試みておりますが、
— FSL Installer – Version 3.0.11 —
When asked a question, the default answer is given in square brackets.
Hit the Enter key to accept this default answer.
[FAILED] https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/
というレスポンスが一貫して出てしまい、解決策が見出せずにおります。
XQuartzは起動しており、アドミニストレーターでログインしています（一応、sudoコマンドも試しましたが、同様の結果でした）。ネットワークも職場のものはセキュリティがきついので、念のためポケットWi-Fiも試しましたが、ダメでした。
大変恐縮ですが、ご教授いただけますと幸いです。
ご質問、どうもありがとうございます。
まず、第一点として、fslinstallerの公式対応バージョンは、Sierra (10.12.x)までで、10.13.xは正式には対応していないんですね。
可能性として、相手のサーバーがダウンしている可能性も考えましたが、私の環境(Sierra 10.12.6)だと普通にダウンロードできています。
FSLのMLを確認してみると全く同じ症状で困っている人がいましたが、返信がなかったので解決策はわかりませんでした。
できることとしては、以下になりますでしょうか。
1. 通常ユーザーでログインする
アドミンで入ると他にエラーが出ると思います。一般ユーザーで入ってください。
2. pythonのバージョンを確認する
python -V でバージョンを確認できます。fslinstaller.pyはpython3では動きません。
もし、python3系でしたら、ターミナルから
もしバージョン3系でしたら、python2のパスを探します。
たとえば
/usr/bin/python2 というふうに準備されている場合もあります
その場合には
python2 fslinstaller.py
とします。
この2つから試してみてはいかがでしょうか？その結果を教えていただけたらと思います。
よろしくお願いします。
いつも参考にさせていただいております。
macOS Sierraにアップデートするとfslviewのみ起動できなくなってしまうようですので、ご注意ください。
また、解決方をご存じの方は御教授ください。
コメントありがとうございます。
MacOSのアップデートは、画像解析をやるならば、「十分安定するまで待つ」が重要ですね。
FSLのメーリングリストでもSierraの問題はあがっていますが、まだ、十二分に解決していないようです。
彼らも、「公式にはまだサポートされていない」と言明しています。
なので、アップデートしていない方は待っていただくのが一番だと思います。
Xquartzのアップデートでfslview起動できる様になりました。
教えていただき、どうもありがとうございました。
結論として、Sierraにおいて、XQuartzの最新版を使うことでFSLViewも使えるということですね。
FSL導入のために参考にさせて頂きました。
インストール完了後にFSLを初起動しようとしたところ、以下のエラーメッセージが出ました。
Library not loaded: /usr/X11/lib/libX11.6.dylib
Referenced from: /usr/local/fsl/extras/bin/fslwish8.4
Reason: no suitable image found. Did find:
/usr/X11/lib/libX11.6.dylib: stat() failed with errno=20
Trace/BPT trap: 5
コメントの中に似たエラーの書き込みもありましたが、私の場合は最新のXQuartzをインストールしても改善しませんでした。
また、.bash_profileについても半スペースも含めて記載にミスはなかったです。
どうすればよいかご教示いただけると幸いです。
何卒宜しくお願い致します。
このエラーは、やはりXquartz関連のエラーだと思います。
Xquartzをインストールされた後、再起動されましたか？
もし、再起動してもダメな場合、OSを教えていただけますか？
OSによって違うときもあるので。
XQuartz最新版をDL後に再起動を行っておりますが改善しません。
OSは、OS X Yosemite 10.10.5です。
試しにXターミナルを使ってFSL起動も試みましたが、同じエラーでした。
そうしましたら、ターミナルから、
ls -al /usr/X11*
の結果がどうなっているか教えていただけますか？
FSLの公式ページに解決法が載っていました。
つまり、ターミナルから以下の2行をタイプしてください。
これで再起動していただいてどうか教えていただけますか。
先ほど聞いた ls -al /usr/X11* は、X11へのリンクがおかしくなっているんじゃないかと思ったのですが、
上記は、それを解決する方法ですので、これで大丈夫なはずです。
上記のコマンド２行を入力後に再起動をしましたが同じエラーが出現しました。
また、その上のls -al /usr/X11*を試したところ以下の表示が出ました。
-rwxr-xr-x@ 1 別ユーザー名 wheel 1317408 6 15 2015 /usr/X11
lrwxr-xr-x 1 root wheel 8 1 14 2015 /usr/X11R6 -> /opt/X11
以前このPCでFSLを使用していた別のユーザー名が出ています。
これが何らかの関係をしているのでしょうか？
すみません、このコメントがスパム扱いされていて、つい先ほど気づきました。
最初の /usr/X11が悪さをしていると思います。
これは、前のユーザーがなんらかの設定をされた可能性がありますね。
一度、XQuartzを削除した方がいい気がします。
XQuartzをアンインストール
再起動
再度、XQuartzをインストール
もう一度シンボリックリンクを設定（sudo ln -s…の2行）
とされてはいかがでしょうか。
お世話になっております。
どうやら前ユーザーがOS設定時にドライブを特殊なパーティション分けをしていたようで内部がこんがらがった状態になっていたようです。
一旦、OS自体を再インストールしてFSLの導入を試みたところ今回は上手く行きました。
余談になりますが、今回OSがSierraにアップグレードした関係で最初はインストールに失敗したのですが、fslinstaller.pyの一部を書き換えることでインストールに成功いたしました。
この度は色々ご教示いただきありがとうございました。
また宜しくお願い致します。
無事にインストールできたようでよかったです。
Sierraですが、おっしゃるようにfslinstaller.pyの一部を書き換えればインストールできるというのが、
FSLの中の方々もアナウンスしていますが、
FSLViewが動かないという報告がFSLのMLで流れていましたので、
ご確認いただけたらと思います。
FSLインストールを行っています。FSL ダウンロードが完了し、パスワードを入力しようとしても文字が入力できません。どのようにしたらいいのでしょうか？よろしくお願いいたします。
ktさん
パスワードを入力しようとしてもというのは、どの画面ででしょうか？
ダウンロードが完了というのは、どのようにダウンロードしたのか教えていただけたらと思います。
早速ありがとうございます。
「FSLのMacOSXへのインストール方法」のやり方で進めています。
先生の解説では
「そうすると、FSLのダウンロードがはじまります。ダウンロードされるファイルは2GB近くありますので、しばらく待ちましょう。1時間以上かかることもまれではありません。」
まで行きました。
「ダウンロードが完了すると、インストーラーが自動でダウンロードを確認します。その後、パスワードを聞いてきますので、自分のパスワードを入力します。」
に従い
password:
とありましたので、入力しようとしましたが、文字が出ません。Enterキーしか受け付けません。何度もpassword:
となります。
ktさん
事情を理解できました。
MacOSを含むUNIX系のOSでは、パスワードの入力の際に何も表示されません。
従って、そのままご自身の（Macのログインの）パスワードをタイプして、Enterとしてください。
それでうまくいくはずです。
よろしくお願いします。
passwordを入力しますが、認識せず何度も聞いてきます。
数回失敗した後、
[FAILED] Unable to write to target folder (/usr/local) ;
○○○○○-no-MacBook-Pro:Downloads ○○○○○$
という表示になりました。
再度ダウンロードでしょうか？
passwordが違っている可能性がありますね。
ターミナルから、sudo suとタイプしてみてください。
パスワードを聞かれると思いますので、
パスワードを入力し、そこでエラーが出ずに、ターミナルの記号が
# になるのであれば、
そのパスワードは正しいパスワードになります。
エラーが出るのでしたら、パスワードが間違っていることになります。
まずは、そこの確認からお願いできますか？
passwordを間違えていました。先生のおっしゃるとおりで上手くいきました。ありがとうございました。
無事に解決したようでよかったです。
また何かありましたらご質問ください。
kiyotaka様
いつも大変お世話になっております。以前こちらの掲示板でマックの購入について質問させていただきまして快くご教示いただき感謝しております。
先月マックブックOSX１０．１１を購入し先生のご教示通りFSLをダウンロードしているところですが、
Download FSLをクリックすると以下の表示が出てきてしまい先に進めなくなってしました。
最初の最初でつまづいてしまい聞くのも申し訳ございませんがどのように対応していけばよいでしょうか？
本当にお手数をおかけいたしますがどうぞよろしくお願いいたします。
Access forbidden!
要求されたディレクトリへのアクセス権限がありません。 インデックスドキュメントが存在しないか、 ディレクトリの読み込みが許可されていません。
サーバーの障害と思われる場合は、ウェブ管理者までご連絡ください。
Error 403
fsl.fmrib.ox.ac.uk
Sat Jan 30 21:13:07 2016
Apache/2.2.17 (Unix) mod_ssl/2.2.17 OpenSSL/0.9.7l DAV/2 PHP/5.2.15 mod_wsgi/3.2 Python/2.5.1
今、確認したところ、全く同じ状況になります。（Error 403が出ます）
これは、FSLのサイトの問題なので、何かできるわけではないですね。
数日待ってトライしていただくのがいいのではないかと思います。
今（2016年2月1日11時30分）、FSLを確認したところ、エラーが解除されています。
普通にダウンロードできると思いますので、リトライしてみてください。
kiyotaka様
お忙しい中お時間をさいていただきまして、誠に感謝しております。
本当に申し訳ござません。
リトライしてみます。
取り急ぎ御礼まで。
根本先生
お世話になっております。
FSL firstが上手く走らないので、新たにFSLをdownloadし直しているのですが、
[OK] Download is good.
Installing FSL software…
[FAILED] ‘mv: rename /usr/local/fsl to /usr/local/fsl-5.0.8: Permission denied\n・・・
とinstallのところで Permission deniedが連発してしまいます。
これを無くすにはどのような方法が考えられますでしょうか？
もしお時間ありましたら教えていただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。
Permission deniedは、フォルダを変更する権限がないということによるんですね。
なので、方法のひとつとしては、
コマンドに
sudo
をつけてはじめることかと思います。
試してみてください。
根本先生
お忙しいところ教えていただきありがとうございます。
sudo python fslinstaller.py と入力したら上手くいきました。
ありがとうございました！
無事に解決してよかったです。
FSLのfslinstaller.pyは途中でパスワードを聞かれてsudoになると理解していたのですが、
もしかしたら、また、変わったのかもしれませんね。
とにもかくにも、解決して何よりでした。
はじめまして。今回はじめて投稿させていただきます。
ｆMRIの解析を行うために今回、Macを購入してFSLを使用しようと考えている者です。
現在Windowsのパソコンを使用しておりますのでMacのパソコンは全くの初心者です。
そこで質問は、Macのどのパソコンを買えばよいのかというものです。
予算は合計で20万円以内で、使用場所は主に職場か自宅です。
本当に基本的な質問で申し訳ないのですが、OS X 10.10 Yosemiteが搭載されているものを購入すればいいのでしょうか？メモリ、CPU、容量などは、どれくらい必要かなと教えていただけますか？
またiMacとMacminiではなにかどちらがFSLに向いているなどございますか？
Macはどこで買うのがいいのでしょうか？店舗で買うのが一番いいでしょうか？
本当に基本的なことで申し訳ございません。すみませんが、どうぞよろしくお願い申し上げます。
mbさん
ご質問、ありがとうございます。
以下、質問に対する私の私見です。絶対的なものではありませんので、あくまでも参考にしてください。
以上、ご参考まで。
お忙しい中ご丁寧にお答えいただきまして本当に感謝しております。十分に参考にさせていただきたく存じます。今後ともどうぞよろしくお願い申し上げます。
取り急ぎ、まずは御礼まで。
kiyotaka様
以前はご丁寧にご指導いただきどうもありがとうございました。
昨日マックのお店に行き、先生の以前のご指導の結果、
以下のように購入計画をたてております。
職場の研究費などでの購入の為、厳密な制約があるわけでもなくきちんと
仕事をするために譲れない条件は融通がきくものの、
ある程度の予算もある中で考えました。
そこで一つご質問です。液晶ディスプレイは何インチ以上とか、どこどこ社と相性がいいとかございますでしょうか？
お忙しいのに誠にもうしわけございません。
どうぞご教示いただければ幸いでございます。
Mac mini 82800円
メモリ増設（16GB 1,600MHz LPDDR3 SDRAMに変更）：＋24000円
Magic Trackpad追加：＋8200円
ワイアレスキーボード：＋8200円
3年間の保証：＋10800円
合計134000円。
購入計画でいいのではないでしょうか。
液晶ディスプレイは気に入ったものでいいと思いますが、
画像解析をやるのであれば、大きいとやはり楽です。
今の状況でしたら、24インチ以上はあった方が便利かと思います。
ご参考まで。
kiyotakaさま
お忙しい中誠に感謝しております。どうもありがとうござます。
まずは御礼まで。
kiyotaka様
いつも大変お世話になっております。
去年７月頃先生に質問させていただき教えていただきましたmbという者です。
先月MacBookを購入して早速FSLをダウンロードしております。
先生のご教示の順番通りXQuartzもダウンロードした上でやっておりますが
Download FSLを選択すると、FSLのライセンスが表示されず、以下のメッセージが表示されました。
ネットには接続されております。
大変大変初歩的なことで申し訳ございません。ご教示いただければと存じます。
＊＊＊以下表示です＊＊＊
Access forbidden!
要求されたディレクトリへのアクセス権限がありません。 インデックスドキュメントが存在しないか、 ディレクトリの読み込みが許可されていません。
サーバーの障害と思われる場合は、ウェブ管理者までご連絡ください。
Error 403
fsl.fmrib.ox.ac.uk
Sat Jan 30 20:50:31 2016
Apache/2.2.17 (Unix) mod_ssl/2.2.17 OpenSSL/0.9.7l DAV/2 PHP/5.2.15 mod_wsgi/3.2 Python/2.5.1
いつも講演やご本でお世話になっております。
いきなりの質問で恐縮ですが、答えていただけると幸いです。
yosemiteを標準に搭載したiMacを購入し、早速FSLをdownloadしました。
X quartz 2.7.7をinstallした後、download、installは上手く行き、再起動した後、.bash_profileに指定されたscriptを記載しました。「echo $FSLDIR」と打つと「usr/local/fsl」と表示されました。
しかし、その後terminalを起動すると、「./usr/local/fsl/etc/fslconf/fsl.sh: No such file or directory」と出てきてしまい、「fsl」とtypeすると、You need to source an FSL setup file – either fsl.sh or fsl.csh in $FSLDIR/etc/fslconf !とerror messageで出ます。
もし何かFSLを表示するのにできることがあれば、ご教示いただけると幸いです。
いきなりのメールにて失礼いたしました。
TYさん
エラーメッセージから推測するに、
.bash_profile
の
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
↑
ここのところにスペースが入っていない可能性はありますでしょうか？
.[半角スペース]${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
となっている必要があります。
エラーメッセージには、
./usr/local/fsl/etc/fslconf/fsl.sh
となっていて、これだと、.がカレントディレクトリという意味になり、
現在のディレクトリの下にあるusr/local/fsl/etc/fslconf/fsl.shを実行しなさいという命令になるので、
そんなファイルはないと怒られることになります。
一方、.を単独で記載する（つまり、その後に半角スペースを入れる）と、これは、
sourceというコマンドと同一の意味になります。
. /usr/local/fsl/etc/fslconf/fsl.sh と
source /usr/local/fsl/etc/fslconf/fsl.sh
は同じ意味ということです。
ということで、.の後にスペースがあるかないかで、全く違う意味になってしまいますので、
今の場合は、.の後に半角スペースが入っていることを確認していただき、
それでターミナルをもう一度立ち上げてfslを起動していただけませんか。
その結果を教えていただけたらと思います。
以上、よろしくお願いします。
早速のご教示ありがとうございました。
指示通りscriptを書き直したら見事FSLが動き出しました！
お忙しいところ分かりやすい解説までしていただきありがとうございました。
無事に動いてよかったです。
気をつけなければいけないところだと思いますので、
ブログに注釈をつけさせていただきました。
ご報告どうもありがとうございました。
おかげさまで再インストールしてみましたら動きました。
再インストール前にX１１は通常に起動できたのですが、FSLは起動できませんでした。
教えていただきありがとうございました。
よかったです。
おそらく、アップデートの際に、何らかのファイルが消えてしまったのでしょう。
こういうTipsはあると助かる人がいると思いますので、情報をありがとうございました。
いつも参考にさせていただいております。
Yosemiteで通常起動可能とのことでしたが、これまでFSLは問題なく使用できていたのにYosemiteにアップ後,
DTI-Mac:~ DTI$ fsl
dyld: Library not loaded: /usr/X11/lib/libX11.6.dylib
Referenced from: /usr/local/fsl/extras/bin/fslwish8.4
Reason: image not found
と表示されるようになりました。
ちょうど、Matlabも起動しなくなって、困りましたが、そちらはバッチで対応できました。
これまで使用していた場合に、上記のようなトラブルが生じた場合には再インストールが必要なのでしょうか？
ご存知でしたら教えていただければ幸甚です。
HAさん
私も同じような事象に遭遇しました。
具体的にどうしたかは忘れましたが、確か、アップグレードした際にXQuartzが削除され、
それでXQuartzを再度インストールしたことで問題が解決したように思います。
XQuartzに関してご確認いただけませんでしょうか。
その結果を教えてもらえたらと思います。
よろしくお願いします。
お久しぶりです。
以前はFSLのダウンロード方法を教えていただきありがとうございました。
現在FSLを使用しているのですが苦戦しています。
教えていただきたいことがあります。
DICOM→NIFTにする際に現在MRIconvertを使用しているのですが、dcm2niiとの違いは何でしょうか？お手数ですが教えていただけたら幸いです。
よろしくお願いいたします
MKさん
MRI Convertとdcm2niiの違いは、本質的なところ、つまり、DICOMをNIFTIに変換するという機能に関しては特に違いがありません。しかし、ときに、片方でうまくいかないときにもう片方でうまくいかないことがありますので、両方使えるようにしておくことは有益かと思います。
私の使い分けとしては、
とりあえずさっと変換したい→dcm2nii
コマンドラインで一気に処理したい→dcm2nii
一例一例確認しながらファイルのリネームをしたうえで、NIFTIに変換したい→MRI Convert
変換前にDICOM画像を確認したい→MRI Convert
という感じでしょうか。そんなわけで、どちらも使っています。
返信が遅くなりました。
ご連絡ありがとうございます。
毎回、適切な助言本当にありがとうございます。
一つ教えていただきたいことがあります。
dcm2nii とMRIconvertを用いて、DICOMをNIFTIに変換することはできました。最終的にはFA値を測定したいと考えています。
現在、FSLのFDT diffusionを用いて、FA brain map？を作成しようと思い色々試しているのですが。。。
FDTからDTI FIT reconstruct diffusion tensorsを選択して、input directoryに画像データの入っているフォルダを選択してGoを押しているのですが、Errors:Could not open matrix fileと表示され、先に進めません。原因としてどういったことが考えられるでしょうか？
お手数ですが、ご教示いただけたら幸いです。
いつもありがとうございます。
MKさん
FDT diffusionを用いてFA mapを作る方法は、英語ですが、下記にあります。
http://www.nemotos.net/lin4neuro/tutorial/html/dti.html
Chris Rorden教授が作成したチュートリアルです。
大きな流れとしては、
という順番になります。
まずは、上記をご覧いただいて試してみていただけませんか。
そのうえで、うまくいかないところを教えていただけたらと思います。
よろしくおねがいします。
いつもありがとうございます。
教えていただいたサイトを見て一度試してみたいと思います。
また分からないことがあればアドバイス等いただけたら幸いです。
本当にありがとうございます。
チュートリアルは募集がいっぱいで参加することができませんでした。
次回に参加させていただきたいとおもいます。
色々とお手数おかけしました。
ありがとうございます。
そうだったのですね。
大変失礼いたしました。
私はDTIのエキスパートではありませんが、多少ならお伝えできるところがあるかもしれませんので、
わからないところがあったら聞いていただけたらと思います。
ちなみに、
DICOM→NIFTIはdcm2niiを使うことがおすすめです。
http://www.nemotos.net/?p=786
に説明があります。
FDTのチュートリアルは、英語ですが、下記にあります。
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/lectures/practicals/fdt1/index.html
ご参考まで。
初学者ですので、TBSSについて全く知識がありません。
職場の休みの都合がつけば是非行きたいと思います。
情報提供ありがとうございます。
色々とお手数おかけいたします。
起動できました。本当に助かりました。
もう一つお伺いしたいことがあります。
FSLを使ってFA値を測定しようと考えているのですが、方法について分かりやすく記載しているネットのサイトもしくは本などあるでしょうか？
方法的には
MRIcroを使ってDICOMからANALYZEデータ形式変換する
FSL-FDTでFA brain mapを作成する
FSL-FNIRTで解剖学的標準脳変換
FS-VIEWで標準脳変換を確認
FSL-UTILSで標準脳テンプレートで例えば大脳脚を関心領域に設定
左右の大脳脚にてVoxelあたり平均FA値を評価
病巣側/健常側のFA値比（rFA）を評価（説明変数）
上記方法で画像解析をすることを知りました。
MKさん
TBSSについてはご存知でしょうか？FSLで全脳DTI解析をする方法です。
このチュートリアルが、来月に東京で開催されます。
http://cbsn-mri.umin.jp/tutorial.html#Tutorial_2014-12
まだ、若干のあきがありますので、そちらに申し込まれてはいかがでしょうか。
前処理の段階で、FA mapが作成されますので、それを使ってFA値を求めることなどは可能になるかと思います。
ご参考まで。
お疲れ様です。
上記方法で行うとFSLを無事ダウンロードできました。
非常に嬉しいです。
色々と本当にお世話になりました。
ありがとうございます。
よい研究をしたいと思います。
無事にFSLを起動できたということですね。
おつかれさまでした…。
FSLは奥が深いのでいろいろ試されてください。
ご連絡ありがとうございます。
ダウンロードになかなか時間がかかりました。
fsl-5.0.7-macosx.tarと記載されたファイルがダウンロードできました。
それをクリックすると「FSL」のフォルダーができました。
あともう一息です。
ダウンロードフォルダにダウンロードされたと思いますので、端末を立ち上げて、以下のようにしていただけますか。
cd Downloadssudo mv fsl /usr/local← スペースを忘れないようにしてください。こうすると、fslフォルダが、/usr/localに移動されます。
そのうえで、ターミナルからfslとタイプしていただくと、FSLが起動するはずです。
いかがでしょうか。
ご連絡ありがとうございます。
半角のスペースをきちんといれてしていますが、同じような感じになります。
fsl-5.0.7-maxosx.tar.gzを見つけることができません。
ダウンロードのフォルダの中にはfslinstaller.pyはありました。
きちんとダウンロードしたのですが。。。
もう少しパソコンの中にダウンロードしたものがあるかどうか確認してみます。
お手数お掛けします。本当にありがとうございます。
そうしたら、手っ取り早くFSLのウェブサイトからfsl-5.0.7-maxosx.tar.gzをダウンロードされるのがよいかもしれません。
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsldownloadmain.html
のAdvanced usersから、Apple Macを選んでDownloadとすれば、
fsl-5.0.7-maxosx.tar.gzをダウンロードすることができます。
ダウンロードフォルダに入ると思いますので、
そうしたら、教えていただけますか。
もしかしたら、fsl-5.0.7-macosx.tarとなっているかもしれません。
ご連絡ありがとうございます。
sudo find / -name “fsl-5.0.7-macosx.tar.gz”
上記を入力いたしました。
下記の通りです。
find: -namefsl-5.0.7-macosx.tar.gz : unknown primary or operator ○○（ID？？） -no-MacBook-Pro:
いかがでしょうか？
結構時間がかかりましたが、FSLはダウンロードしました。
上記内容であればダウンロードできていないことになるのでしょうか？
お手数ですがどうぞよろしくお願いいたします。
端末にいれるとき、半角スペースがきちんと入っていますでしょうか？
このメッセージは、スペースがなくてつながっている感じですね。
この方法(findを使う方法）でなくてもかまいませんので、
いずれにしても、fsl-5.0.7-maxosx.tar.gzがある場所を確認してもらえませんか？
それができたら、次のステップに進むことができます。
ダウンロードフォルダの中にあるかもしれません。ご確認いただけますか？
macのPCを購入し現在fslをダウンロードしているのですが、きちんどダウンロードができていないためか、最後のところでfslが表示されません。
以下はこのホームページの一部をコピペしています。
これはFSLのページに書いてありますので、忠実に行ってみましょう。
ターミナルから以下のようにタイプしてみてください。
echo $FSLDIR
このときに、下記のように
/usr/local/fsl
と表示されたら、FSLの設定がうまくいっていることを意味します。
上記までは問題なくできました。
最後にターミナルから
「fsl」と打っても
FSLが起動されず、
-bash: fsl: command not found
上記のように示されます。
何か、ダウンロードの手続きで間違った部分があったのでしょうか？
お手数ですがご教示いただけたらと思います。
どうぞよろしくお願いいたします。
MKさん
あともう一歩という感じですね。
確認ですが、
・XQuartzはインストールされましたか？
・設定をしたあと、一度ログアウトしてログインし直されましたか？
この2つをやっても同様な結果が出てしまう場合、ターミナルから
less .bash_profile
の結果を貼りつけてもらっていいですか。
さらに、
ls /usr/local/fsl
とやった結果を教えていただけますか。
よろしくお願いします。
ご連絡ありがとうございます
本当に助かっています。
XQuartzですが、インストールはしました。
しかしパソコン内にダウンロードしたソフトを確認できません。（Macを初めて使うので使用方法をきちんと理解できていないことが原因かもしれませんが。。。）ですのでログオフ、ログインがきちんとできていないのかもしれません。
less .bash_profileと入力すると下記のように表示されました。
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
~
ls/usr/local/fslと入力すると下記のような結果となりました。
-bash: ls/usr/local/fsl: No such file or directory
kusabamasahiko-no-MacBook-Pro:~ kusabamasahiko$
お手数ですがご教示いただけたら幸いです。
よろしくお願いいたします。
MKさん
ありがとうございます。
・.bash_profileの設定は問題ないようです。
ls /usr/local/fslですが、lsと/usr/local/fslの間に半角スペースをいれていただけますか。今のままだとつながって見えます。
その結果を教えていただけたらと思います。
よろしくお願いします。
お疲れ様です
ありがとうございます。スペースを入れても同様の結果でした。他にどういった原因が考えられるでしょうか？お手数おかけします。
だとすると、FSLがきちんとインストールされていないということになります。
FSLのダウンロードはきちんと済んでいますでしょうか？2GB近くあるので、かなり時間がかかります。
ターミナルから次のようにうった結果を教えていただけますか。
sudo find / -name "fsl-5.0.7-macosx.tar.gz"（パスワードを聞かれるので、自分のログイン時のパスワードを入力してください）
MacOSXのFSLのファイルがこれになりますので、これがあるかどうかをまず確認しましょう。
はじめまして。
今回はじめて脳画像解析でFSLを用いようと考えているものです。
質問があります。
現在Windowsのパソコンを使用しており、FSLは仮想環境を作らないと、FSLを使用できないとお聞きしました。そこで現在Macのノートパソコンを購入しようと考えています。
そこで教えていただきたいことがあります。先日Macのパソコンが売っている電化製品売り場にいって聞いたのですが、「OS X 10.10 Yosemite」に数週間前にアップデートしたばかりであるとのことです。Macの店員に「確認してほしい」と言われたことがあります。FSLが10.10でも使用可能かどうかということです。もし使用困難であれば、10.8のMacのパソコンを購入するか、10.10の最新のパソコンを購入し、グレードダウンする必要性があるとお聞きしました。
お手数ですがご教示いただけたら幸いです。どうぞよろしくお願いいたします。
MKさん
ご質問ありがとうございます。
FSLは10.10 Yosemiteで動作します。私が使用しているMacで動作を確認しました。
私の投稿を参考にしていただきながら、XQuartzをインストールすることを忘れないでください。
そのうえで、FSLをインストールしていただければ動作するかと思います。
動作しないようであればまた書き込んでいただけたらと思います。
ご丁寧に質問に答えていただきありがとうございます。
Macのパソコンを購入してFSLインストールして動作を確認したいと思います。
また何かあれば教えていただけたら幸いです。
本当にありがとうございました。
おつかれさまです。
いつも色々とアドバイスいただき助かっております。
教えていただいた、ホームページを参考に解析をしていったのですが、
6 Now, select DTIFIT RECONSTRUCT DIFFUSION TENSOR from the pull down menu of the FDT DIFFUSION window
This will take diffusion images and directions, and calculate the tensor for each point in the mask and give results. Click on SPECIFCY FILES MANUALLY.
Diffusion weighted data This is your corrected file. (DTI30s010_ecc)
For “BET Binary mask”, select the file you have to made using BET (DTI30s010_ecc_brain_mask).
Specify the gradient directions for each volume (DTI30s010.bvec).
Specify the b-values for each volume (DTI30s010.bval).
Press ‘GO’ to process your data.
この「６」の部分の
Specify the gradient directions for each volume (DTI30s010.bvec).
Specify the b-values for each volume (DTI30s010.bval).
上記２つのファイルを持っていません。このファイルは何を意味して、どのようにして作成するものなのでしょうか？お手数ですがご教示いただけたら幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。
MKさん
まず、bvecファイルとbvalファイルはdcm2niiでDTI画像をDICOMからNIFTIに変換する際に自動で生成されるはずです。
これらのファイルは、傾斜磁場のベクトル (.bvec）と、b値（.bval）になります。
.bvalは、各軸におけるb値をあらわします。たいていの場合、最初は0であとは1000などになります。
これらの情報があることによって、FA mapを作ることができるわけです。
まずは、dcm2niiの結果をあらためてみて、bvecとbvalファイルができているかどうかを確認してください。
ご連絡ありがとうございます。
ついさっきdcm2niiを用いてDICOM→NIFTに変更したのですが、bvecファイルとbvalファイルが作成されませんでした。
作成されたのはNIFTファイルのみです。どういったことが原因で引き起こっていると考えられるでしょうか？
お手数ですが、どうぞよろしくお願いいたします。
もしかしたら、MRIの機種がPhilipsではないでしょうか？
Philipsの場合、Multi-frame DICOM formatというものだと、DICOMのタグに bvecとbvalがないため、
2つのファイルが出力されないことが知られています。
http://www.nitrc.org/forum/forum.php?thread_id=2886&forum_id=2
ひとつの解決方法は、MRI Convertでも試してみることです。MRI Convertならばうまく出せる可能性があります。
もうひとつの方法は、Matlabをお持ちならば、DICOM to NIFTI converterを使ってみることです。
http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/42997-dicom-to-nifti-converter
DTIデータのパラメーターが同じならば、bvecとbvalファイルは同一ですので、とりあえず誰か一人のデータさえあれば、なんとかなります。
MATLABはお持ちでしょうか？
いつもご連絡ありがとうございます。
MRIの機種がPhilips社です。
MRI Convertを先ほど使用してみました。
作成されたのは、txtファイルと、NIfTIファイルの二つができましたが、bvecとbvalファイルはできませんでした。
MATLABは持っていません。
少し前に進めない状況です。
DICOMファイルを共有していただくことは可能でしょうか？
そうすれば、こちらでbvalとbvecを作れるかどうか試せるのですが…。
MacユーザーならばOsiriXをお使いでしょうか。
OsiriXを用いて、DICOMデータの匿名化をすることができます。
下記を参考にされてください。
http://blog.livedoor.jp/tetsu_1965-osirix/archives/52297519.html
お世話になります。再起動して、トライしたら
メニューが出てきました。
ありがとうございました。
ご丁寧に報告をどうもありがとうございました。
無事に起動できたということは、.bash_profileなどもきちんと保存できたということだと思います。
また何かあればご質問ください。
早速ありがとうございます。
ネットワークは繋がっています。
次のURLにはアクセスができて、今ダウンロードできるようです。
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.7-macosx.tar.gz
ですが、ターミナルからコマンド入力でトライすると、
やはり同じエラーメッセージがでます。
$ python fslinstaller.py
— FSL Installer – Version 2.0.16 —
[Warning] Some operations of the installer require administative rights, for example installing into the default folder of /usr/local. If your account is an ‘Administrator’ (you have ‘sudo’ rights) then you will be prompted for your administrator password when necessary.
[FAILED] Failed to find main FSL web site. Try again later.
$ sudo su
Password:
sh-3.2# python fslinstaller.py
— FSL Installer – Version 2.0.16 —
[FAILED] Failed to find main FSL web site. Try again later.
よろしくお願い致します。
おそらく、pythonのスクリプトからアクセスするFSLのサーバーがダウンしているのでしょうね。
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.7-macosx.tar.gz
にアクセスできるのでしたら、マニュアルインストールがいいと思います。
まず、上記fsl-5.0.7-macosx.tar.gzをダウンロードしてください。
MacだとDownloadsにダウンロードされると思うので、そこにダウンロードされたと仮定します。
そうしましたら、ターミナルからまず、Downloadsフォルダに移動します。
$ cd(これでホームディレクトリに移動します）$ cd Downloads（ダウンロードディレクトリに移動します）そうして、ルート権限になります。
$ sudo suそうしましたら、ダウンロードしたFSLのファイルを/usr/localに移動もしくはコピーします。
# mv fsl-5.0.7-macosx.tar.gz /usr/local移動が終了したら、/usr/localに移動します。
# cd /usr/localそこで、ファイルを展開します。
# tar xvzf fsl-5.0.7-macosx.tar.gzこれで、FSLが/usr/local/fslに展開されるはずです。
これで、私の説明している6. FSLのインストールを行ったこととなります。
この後は、7. FSLの設定に進んでください。
これでもうまくいかなかったら、これまでと同様に、エラーメッセージをつけて教えていただけたらと思います。
よろしくお願いします。
ありがとうございます。
無事展開されましたが、fslと入力すると、次のメッセージが出てきます。
$ echo $FSLDIR
/usr/local/fsl
$ fsl
DISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!
お時間をお取りしますが、よろしくお願いします。
あと、.bash_profileのウィンドウは、
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
を入力後、ターミナルから保存とかする必要がありますでしょうか。
よろしくお願い致します。
お世話になります。インストーラのダウンロードまでは順調ですが、
ターミナルから
python fslinstaller.py
を入力すると、
— FSL Installer – Version 2.0.16 —
[Warning] Some operations of the installer require administative rights, for example installing into the default folder of /usr/local. If your account is an ‘Administrator’ (you have ‘sudo’ rights) then you will be prompted for your administrator password when necessary.
[FAILED] Failed to find main FSL web site. Try again later.
と表示されます。
Mac OS 10.9.5で、sudo suでスーパーユーザーモードで入っています。
どこに不具合がありますでしょうか。
ご質問ありがとうございます。
fslinstaller.py は、Fslをダウンロードし、そのうえでインストールするスクリプトです。
ご提示していただいたエラーメッセージは、FSLのサイトにアクセスできず、ダウンロードできなかったというメッセージです。
ネットワークは繋がっていますでしょうか。
繋がっているようでしたら、FSLのサイトが一時的にダウンしていたのかもしれません。
ネットワークに接続されていることを確認していただいたうえで、再度スクリプトをはしらせてみてはいかがでしょうか。
その結果を教えていただければ幸いです。
よろしくお願いします。
不在にしておりお返事が遅れ申し訳ありません。おかげさまで起動できるになりました。
ありがとうございます。
もう一点、起動とは関係ないのですが、気になっている点があり、もしご存知でしたら教えていただきたい事があります。
FSLwikiには、TBSSにおいてコントロール７名で患者１１名なら、
design_ttest2 design 7 11
としなさい、
その場合、contrast１はcontrol>patient で、contrast２はcontrol<patient とあります。
例えば、コントロール(C)群と患者(P)群が同数で5 5だとしたら、tbssFA_tfce_tstat1はC＞Pで、tbssFA_rfce_tstat2はC＜Pとなるのでしょうか？
design後の数の並びを識別しているのかなと思いましたが、同数の際にはアルファベット順を読み取っているのでしょうか？その場合、結果はアルファベット順早い＞遅いがcontrast1で遅い＞早いがcontrast2でよろしいのでしょうか？
これに関連して、もう一点、疑問に思う事があります。
ファイル名が似通っている場合、例えばL2_CON_young001とL2_CON_old001あるいはL2_PAT_PVS001とL2_PAT_MCS001などとした場合に、頭がL２となってしまいますが、きちんと識別できるのでしょうか。
また、この４パターンのファイルネームで統計学的検定をする際に、一つのフォルダに入れておいて、２群の比較(t-test、PAT群とCON群)と、４群の比較(ANOVA、young群とold群とPVS群とMCS群)をファイル名変換せずに実施する事は可能なのでしょうか？
（ちょっとわかりづらくてすいません）
お忙しい所大変恐れ入りますが、もしご存知でしたら、お時間のあるときにでもご返信たまわれれば幸甚です。
design_ttest2 design 7 11と実際にやってみたらいいと思います。（この時点で画像は必要ありません）
そうすると、
design.mat
design.con
の２つができます。
design.matは以下のようになっています。
/NumWaves 2/NumPoints 18
/PPheights 1 1
/Matrix
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
0 1
design.conは以下のようになっています。
/NumWaves 2/NumContrasts 2
/PPheights 1 1
/Matrix
1 -1
-1 1
ここからわかるのは、ここで作成されるdesign.matは純粋にdesign matrixの情報だけであり、ファイル情報は一切入っていません。
design.conは1 -1と-1 1ですから、今、ご指摘のように、ファイル順番が早い方＞遅い方 と 遅い＞早いということになります。
したがって、TBSSで4Dファイルを作成する際のファイル名の順番が重要ということになります。
ファイル名ですが、ターミナルでlsとしてやれば、どの順番になるか確認できます。
今の場合ですと、
L2_CON_old001
L2_CON_young001
L2_PAT_MCS001
L2_PAT_PVS001
の順番になるはずです。
したがって、CONとPATの2sample t-testは全く問題ないと思います。
young, old, PVS, MCV群に関しては、
old, young, MCV, PVSの順番になるはずですので、そこを間違えなければ大丈夫だと思います。
lsでファイル順を確認することはとても大事なことですので、確認してみてください。
大変わかりやすく説明していただきありがとうございました。
とてもよく理解できました。
全く理解できなかったmatの事も理解できてきました。
利他的な先生の姿勢にいつも感動しております。
お忙しい中教えていただき、ありがとうございました。
＊すぐできるVBM、とっても親切な本で、とても助かっています。
先生の人柄がわかるような書籍です。
理解の一助になったようでよかったです。
すぐできるVBM、ご購入いただき、ありがとうございます。
わからないことがあったら、ぜひご質問ください。
非常に親切な情報提供をいただき、いつもお世話になっております。
以前もお世話になりましたＨＡです。
dcm2nii ./foldnameなどMRIcronを使用してコマンドによってniftiファイルを作製したいのですが、上手く行きません。
DICOMコンバータなどへのpathなどを事前に通す必要があるのでしょうか。もし解決策をご存知でしたらご教示いただけると幸甚です。
HA様
dcm2niiは.bash_profileの設定が必要になります。
.bash_profileに以下を記載して下さい。
#dcm2niiD2NDIR=/Applications/mricron
export PATH=$PATH:$D2NDIR
これで一度端末を終了し、もう一度端末を起動してください。
これにより、dcm2niiのパスが追加され、ターミナルから dcm2nii が起動できるようになります。
試してみてください。
自分で調べてみたところ、XQuartzが立ち上がっていなかった事が原因の様でした。無事立ち上がりました。初歩的なミスで失礼しました。
おかげさまで、無事にインストールできました。
このHPではいつも貴重な情報を提示していただき、とてもありがたく、心よりお礼申し上げます。
HA様
情報をいただき、ありがとうございました。
XQuartzが起動していないことでそのようなメッセージが出るということがわかったことは、意味がありますので、情報を共有していただいてありがとうございました。
なかなか画像解析に関する日本語の情報はないものですから、その都度気になった情報はこのブログで発信できたらと思っております。
また、このように皆様から情報をいただけることで情報が蓄積されるのでコメントをいただけるのはありがたいことです。
今後共よろしくお願いします。
FSL導入に際してこのサイトを参考にさせていただきました。
ありがとうございます。
Mac OSX10.9.2のPCにFSLのインストールを試みています。Macを触り始めたばかりの超初心者です。
mkさんと同じくDISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!
と表示され、掲示板を参考に$export DISPLAY=:0を入力しましたが、
fslを入力するとDTI-Mac-Pro:~ DTI_Mac_Pro$ fsl
Application initialization failed: couldn’t connect to display “:0”
Error in startup script: couldn’t connect to display “:0”
while executing
“load /usr/local/fsl/extras/lib/tk8.4/../libtk8.4.dylib Tk”
(“package ifneeded” script)
invoked from within
“package require Tk”
invoked from within
“if { [ string match -nocase *wish* $MYSHELL ] } {
package require Tk
# tk_focusFollowsMouse
#bind Button { focus %W ; tk::ButtonEnter …”
(file “/usr/local/fsl/tcl/fslstart.tcl” line 18)
invoked from within
“source [ file dirname [ info script ] ]/fslstart.tcl”
(file “/usr/local/fsl/tcl/fsl.tcl” line 71)
invoked from within
“source ${FSLDIR}/tcl/${origname}.tcl”
(file “/usr/local/fsl/bin/fsl” line 22)
と表示されてしまいました。
もし、解決策をご存知でしたら、ご教示いただければ幸いです。
FSLのインストールに際し参考にいたしております。が初心者なので手こずっております。
まずは.bash_proflileがみつからないので作成しようと試行錯誤しております。
お助けいただければと思います。
sym様
.bash_profileは最初はないと思います。
なので、新規に作成する必要があります。
しかし、ブログに書いてある通りだと確かにないファイルは開けないと怒られてしまいますね…。すみません。
こうするのが手っ取り早いと思います。
ターミナルから次のようにうって、空ファイルを作成します。
$ touch .bash_profile
そうしてから、
$ open -a textedit .bash_profile
とうっていただければ、テキストエディットで開くと思いますが、いかがでしょうか？
そうしたらその中に下記の記載をするのですが、コピペだと改行コードの問題でうまくいかないことがあるので、コピペでなく丁寧に記載してみてください。
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
これで保存すればうまくいくと思います。
試してどうだったかおしえていただければと思います。
早速のお返事誠にありがとうございます。
ご指示の通り、記載したところecho $FSLDIRとタイプして/usr/local/fslと出てきました。
（改行をそのままコピペしていたのが原因でした。）
しかし今度はターミナルにfslと記載しても
DISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!
と表示されFSLが起動できません。
重ね重ねの質問で恐縮ですがどうぞよろしくお願いいたします。
パスは通ったということですね。
確認ですが、
FSL DISPLAYでGoogleで検索してみると、
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl4.0/fsl/macosx.html
FSL4のサイトに出て、そこに次のようなコメントがあります。
私の環境は、Mac OSX 10.9 (Mavericks)ですが、これでFSL 5.0.5は問題なく動作しています。
今までDISPLAY変数の問題が出てきたことは特にないです…。
お返事ありがとうございます。
自分でもいろいろ検索してみたところ
https://discussions.apple.com/message/2966479#2966479
の中に記載があり
export DISPLAY=:0
と入力したところ無事FSLを起動することができました。
ご親切にいろいろ教えていただきまして誠にありがとうございました。
非常に助かりました。
無事に解決できたようでよかったです。
ちなみに後にこのページを見る可能性のある人たちのために教えてください。
今回のFSLのバージョンとMac OSXのバージョンを教えていただけますか？
どうぞよろしくお願いします。
失礼いたしました。
記載を忘れておりました。
OSX 10.8でFSL5.05を入れようとしていました。
ありがとうございました。
こちらこそ、ご丁寧にありがとうございました。
私も勉強になりました。
FSL導入に際してこのサイトを参考にさせていただきました。
ありがとうございます。
Mac OSXにインストールを試みています。
/usr/localにインストールしたところまではOKと出ているのですがインストールの確認をするために
echo $FSLDIRとタイプしても/usr/local/fslと出てこず、空白の行が出てきてしまいます。
そしてfslとタイプしてもcommand not foundと出てFSLを起動できません。
本家のサイトのFAQも見ましたが記載はありませんでした。
何か原因や解決策をご存じでしたらご教示いただけると幸いです。
すみませんがどうぞよろしくお願いいたします。
コメントありがとうございます。
確認ですが、ホームディレクトリの.bash_profileに以下の記載は行われましたか？
FSLDIR=/usr/local/fsl. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
もし、きちんと、書かれていたら、一度シェルを閉じて、もう一度シェルを立ち上げる必要があります。
これでどうか教えていただけますか？
FSLのインストールに手こずっておりましたが、
先生のこの記事がとても参考になりました。
ありがとうございました。
nisson15様
ご丁寧にありがとうございます。
お役に立てたようでうれしいです。
今後ともよろしくお願いします。