先日、ABiSチュートリアルで順天堂大学の鎌形先生から、FSL, FreeSurfer, MRtrix3を組み合わせたコネクトーム解析の素晴らしい講義を聞く機会がありました。
MRtrix3はインストールしなきゃと思いつつできていませんでしたが、せっかくですから、モチベーションが高いうちにインストールしようと思い、Ubuntu 16.04へのインストールを行いました。
http://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html
こちらに説明がありますが、これをまとめてみました。
関心のある方はこちらからダウンロードしてみてください。(右クリック→名前をつけて保存)
保存した後、
$ chmod 755 mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh $ ./mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh
でインストールができます。
ちなみに、上記スクリプトは以下のようになっています。
GitHubからダウンロードし、コンパイルし、.bashrcにパスを通すというシンプルなことをやっています。
#!/bin/bash #Script to setup mrtrix3 for Ubuntu 16.04 #Install prerequisite packages sudo apt-get install git g++ python libgsl0-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev libqt5svg5* libeigen3-dev #Download MRtrix3 source if [ ! -e $HOME/git ]; then mkdir $HOME/git fi cd $HOME/git git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git #Configuration and build cd mrtrix3 ./configure ./build #.bashrc echo >> $HOME/.bashrc echo "#MRtrix3" >> $HOME/.bashrc echo 'export PATH=$PATH:$HOME/git/mrtrix3/bin:$HOME/git/mrtrix3/scripts' >> $HOME/.bashrc
根本先生 御侍史
福島県で脳神経外科医をしている二宮と申します．今月初めに，FSL の installation でご質問させていただき，その後は FSL を問題なく使用できております．ありがとうございました．
今回は，MRtrix3 の導入に関してご質問させていただきたく存じます．Ubuntu 18.04.5 on Windows に anaconda を導入しました．Path通しも問題なくできています．
そのうえで，MRtrix3 を，download page の instruction に従って導入しました．おそらく download 自体は問題なくできたと思います．”mrconvert” とコマンドを入力すると，MRtrix3 の documentation が表示されます．
しかし，mrview とコマンド入力すると，以下のように表示されます．
—
qt.qpa.plugin: Could not load the Qt platform plugin “xcb” in “” even though it was found.
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.
Available platform plugins are: eglfs, minimal, minimalegl, offscreen, vnc, webgl, xcb.
Aborted
—
先生が添付してくださっている link に飛んで，Linux の項目にある
sudo apt-get install git g++ python libeigen3-dev zlib1g-dev libqt5opengl5-dev libqt5svg5-dev libgl1-mesa-dev libfftw3-dev libtiff5-dev libpng-dev
を展開してみましたが，うまく解決できませんでした．
現状の問題点の対処法をご教示いただけますでしょうか．
OS は Windows 10, Ubuntu 18.04.5 on Windows を使用しております．Python は全くの初心者です．よろしくお願い申し上げます．
これは、Pythonではなく、qtの問題ですね。WSLでqtをどう使うかというところになるかと思います。
ちょっと調べてみます。時間をください。
根本先生
お忙しいところ大変恐縮ですが，どうぞよろしくお願い申し上げます．
今日、私のWindowsマシンにWSL2を入れ、FSLとMRtrix3のどちらもインストールしてみました。
WSLは Ubuntu 20.04 を入れました。Ubuntu 18.04はもうサポート期間が終了に近づいているからです。
mrtrix3は、このブログで紹介しているように、git でソースを入手して、自身で configure と make をしました。
その結果、mrview は特に問題なく立ち上がりました。
よろしかったら、
mrtrix3 を以下でインストールしてみていただけませんか？
sudo apt-get install -y git g++ python-is-python3 libeigen3-dev zlib1g-dev libqt5opengl5-dev \ libqt5svg5-dev libgl1-mesa-dev libfftw3-dev libtiff5-dev libpng-dev cd $HOME git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git cd $HOME/mrtrix3 ./configure ./build echo '# MRtrix3' >> $HOME/.bashrc echo 'export PATH=$PATH:$HOME/mrtrix3/bin' >> $HOME/.bashrc source ~/.bashrcこれで
で mrview が起動するか見てもらえたらと思います。
もしそれでもだめだったら、Ubuntu 18.04 を Ubuntu 20.04 にバージョンアップしてから再度チャレンジがいいかなと思います。
根本先生
遅くなり申し訳ございません．ご返信いただきましてありがとうございます．
ご教示いただいたとおり，Ubuntu 20.04 にて，MRtrix3 をインストールできました．
最初 Ubuntu 18 で試したのですが，上手くいきませんでした．
その次に，Ubuntu 20.04 をインストールして，ご教示いただいたコードを試してみたのですが，それでも上手くいきませんでした．（その際の error code は以下のとおりでした．）
unable to locate package libegl1-mesa
unable to locate package libqt5opengl5-dev
unable to locate package libqt5svg5-dev
次に，Ubuntu 20.04 に FSL を install した後に，ご教示いただいたコードを入力したところ，MRtrix3 の install に成功しました！mrview で画面が表示されました．
本当にありがとうございます．今後とも，どうぞよろしくお願い申し上げます．
二宮
無事にインストールできたようでよかったです！