ANTsのmacOSへのインストール方法（ソースからのコンパイル）

ANTs (Advanced Normalization Tools)は、近年注目されている脳画像解析ツールです。性能が高いのですが、導入方法などが親切に説明されていません。macOSへのインストール方法を説明します。

2021.01.02: Homebrewを使えばcmakeが入れられるので、そちらに情報を更新しました。また、インストールスクリプトを公開しました。
こちら(右クリックで保存)からダウンロードしてください。Downloadsフォルダにダウンロードしたと仮定しますと、以下でインストールできます。コンパイルにしばらく時間がかかりますので30分くらいかかると思ってください。

cd ~/Downloads
chmod 755 ANTs_installer_macOS.sh
./ANTs_installer_macOS.sh

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

以下、詳しい説明です。

  • 事前に必要なソフトウェア

    • 以下の2つが必要です。

    • CMake
    • command line tools
  • CMakeのインストール
    • Homebrewを使う場合

      • Homebrewを使えば、一発で入れられます。

      brew install cmake

      パスの設定なども不要なので、こちらがおすすめです。

    • 公式サイトで配布されているCMakeを使う場合

      • 公式サイトで、MacOSX用のインストーラーが配布されています。

      http://www.cmake.org/download/に行き、cmake-3.x.x-Darwin-x86_64.dmgをダウンロードします。そして、その後、ファイルをダブルクリックすると、CMake.appが見えますので、Applicationsアイコンにドラッグ＆ドロップすれば、完了です。2020年2月現在、ANTsは3.10.2以降であればインストールできるとのことです。

      ただ、これだけだと、普通に開こうとすると「セキュリティの問題で開けません」と言われます。そこで、アプリケーションフォルダで、controlを押しながら、CMakeをクリックします。そうして、一番上にある「開く」をクリックすると、「開いてもいいですか？」と尋ねられますので、はいと答えれば、OKです。

      • CMakeのパス設定

        • 次に、CMakeをターミナルから利用できるように設定します。

        ターミナルを開き、.bash_profileを開きます。

        そこで、次のようにタイプします。

        open -e .bash_profile
　

        すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。

        #CMake
PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH

        これを保存してテキストエディットを閉じます。ターミナルを一度終了し、再度起動します。
        パスがきちんと通っているか確認するために、以下をタイプします。

        echo $PATH

        一番最初に/Applications/CMake.app/Contents/binが確認できればOKです。

  • command line toolsのインストール

    • 最初に、App StoreからXcodeをインストールします。

    その後、ターミナルを立ち上げ、以下をタイプします。

    xcode-select --install

    そうすると、インストールしますか？と聞かれますので、”Install”をクリックすればインストール完了です。

    いよいよ本題に入っていきます。

  • フォルダの準備

    • ANTsを準備するためのフォルダを準備しましょう。ホームフォルダの下にANTSを作成します。そのうえで、その中に build と install というフォルダを準備します。

    cd
mkdir ANTS
cd ANTS
mkdir build install
  • ANTsのソースコードの入手

    • gitでソースコードを入手します。
    ANTsというフォルダにソースコードが入ります。

    pwd #今は、~/ANTS にいると仮定します。
workingDir=${PWD}
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
  • コンパイル

    • 早速コンパイルに入ります。
    先程作成した build ディレクトリに移動し、そこでコンパイルを行います。
    ターミナルから次のコマンドをタイプします。
    下の make -j 4 の4はコア数です。自分のPC環境にあわせて変えてください。

    cd build
cmake \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${workingDir}/install \
    ../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
make -j 4 2>&1 | tee build.log

    そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。

    compile_ants4

    忍耐の結果、下記の画面のように、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

    compile_ants5

  • インストール

    • インストールを行います。先程作成した install フォルダにインストールされます。

    cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log
  • パスの設定

    • 最後に、ANTsのパス設定を行います。先ほどと同様、.bash_profileに記載します。

    open -e ~/.bash_profile
　

    すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
    今、ANTsの実行ファイルは、~/ANTS/installにあります。

    #ANTs
export ANTSPATH=~/ANTS/install/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

    これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

    ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

    which antsRegistration
antsRegistrationSyN.sh

    最初のコマンドで

    自分のホームディレクトリ/ANTS/install/bin/antsRegistration

    となり、

    次のコマンドで、antsRegistrationSyN.sh の説明がでれば正しくセットアップできています。

  • ANTsのアップデート

    • 今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

    cd ~/ANTS/ANTs
git pull origin master

    これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になります。

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macOS, neuroimaging
2015-08-16リンクURL 25 コメント

“ANTsのmacOSへのインストール方法（ソースからのコンパイル）” へのコメント

  1. お世話になっております。

    mac native環境下でインストラクション通りにANTSをインストールしました。
    ところが、以下のようなエラーメッセージが出てしまい、antsRegistrationした画像が出力されませんでした。
    MacbookPro（M2　Max）を使用しているのですが、M2 Chipが原因ということでしょうか？

    何か解決方法があれば教えていただけますと幸いです。

    どうぞ宜しくお願い致します。

    *** Running B-spline SyN registration (updateMeshSizeAtBaseLevel = [10, 10, 7], totalMeshSizeAtBaseLevel = [4294967295, 4294967295, 4294967295]) ***

    Exception caught:
    itk::ExceptionObject (0x600001234080)
    Location: “unknown”
    File: /Users/toga/ANTS/build/staging/include/ITK-5.4/itkBSplineScatteredDataPointSetToImageFilter.hxx
    Line: 223
    Description: ITK ERROR: BSplineScatteredDataPointSetToImageFilter(0x110e0aa80): The number of control points must be greater than the spline order.

    返信

      • コンパイルしたデータを送ってくださりありがとうございます。

        open -e ~/.zprofile

        ＿＿
        以下を最後の２行に挿入しました。
        # ANTs
        export ANTSPATH=/Users/toga/ANTS/bin
        export PATH=$PATH:$ANTSPATH
        ＿＿

        以下も確認しました。

        toga@togaMacBook-Pro ~ % which antsRegistration

        /Users/toga/ANTS/install/bin/antsRegistration

        ＿＿＿

        N4BiasFieldCorrection 、ResampleImage、 DenoiseImageまではうまくできたのですが、antsRegistrationはやはり以下のエラーメッセージが出てしまいました。
        何か解決策はありますでしょうか？

        *** Running B-spline SyN registration (updateMeshSizeAtBaseLevel = [10, 10, 7], totalMeshSizeAtBaseLevel = [4294967295, 4294967295, 4294967295]) ***

        Exception caught:
        itk::ExceptionObject (0x6000036da600)
        Location: “unknown”
        File: /Users/kiyotaka/ANTS/build/staging/include/ITK-5.3/itkBSplineScatteredDataPointSetToImageFilter.hxx
        Line: 223
        Description: ITK ERROR: BSplineScatteredDataPointSetToImageFilter(0x129406aa0): The number of control points must be greater than the spline order.

        Registration finished. The antsRegistration call was:
        ————————————————————————————–
        /Users/toga/ANTS/install/bin/antsRegistration –verbose 1 –dimensionality 3 –float 0 –collapse-output-transforms 1 –output [ move_,move_Warped.nii.gz,move_InverseWarped.nii.gz ] –interpolation Linear –use-histogram-matching 0 –winsorize-image-intensities [ 0.005,0.995 ] –initial-moving-transform [ drnT1.nii,standard_T1.nii,1 ] –transform Rigid[ 0.1 ] –metric MI[ drnT1.nii,standard_T1.nii,1,32,Regular,0.25 ] –convergence [ 1000x500x250x100,1e-6,10 ] –shrink-factors 8x4x2x1 –smoothing-sigmas 3x2x1x0vox –transform Affine[ 0.1 ] –metric MI[ drnT1.nii,standard_T1.nii,1,32,Regular,0.25 ] –convergence [ 1000x500x250x100,1e-6,10 ] –shrink-factors 8x4x2x1 –smoothing-sigmas 3x2x1x0vox –transform BSplineSyN[ 0.1,26,0,3 ] –metric CC[ drnT1.nii,standard_T1.nii,1,4 ] –convergence [ 100x70x50x20,1e-6,10 ] –shrink-factors 8x4x2x1 –smoothing-sigmas 3x2x1x0vox
        ————————————————————————————–
        Moving image resampled into fixed space: move_Warped.nii.gz
        Fixed image resampled into moving space: move_InverseWarped.nii.gz

        返信

        • Apple M1でコンパイルしたものがApple M2で同じエラーが出るということは、Apple M2に起因する何かがあるということですね。
          今、検索してみたら、ちょうどGitHubでissueをたててくださったようなので、そこで確認ということになるでしょうか。

          返信

          • ありがとうございます。
            -t bではなく-t sであればうまく画像出力されました。

            antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f drnT1.nii -m standard_T1.nii -o move_ -n 32 -t s

            引き続きGitHubでやりとりをしてみます。
            どうぞよろしくお願いします。

          • そうなんですね。またいろいろわかったら共有していただければ。

          • よかったです。バグを修正してくれたのですね。解決ですね。

  2. .zprofileに記載したところ、解決しました！
    大変助かりました。
    ありがとうございます。

    返信

    • 無事解決してよかったです。
      zshを使われるようでしたら、設定を全部　.zprofile に書く事を覚えておいていただけたら。

      返信

        • ちなみに

          ターミナルから

          bash

          とタイプして、bashを起動して、

          ANTS

          とやると、ANTSがきちんと起動すると思いますよ。この設定は、.bash_profileの設定を読み込んでいます。

          返信

  3. 脳画像解析を始めるにあたりいつも参考にさせていただいております。MacOSでANTsを使用し脳画像解析に挑戦しようと思いANTsのインストールを行ったのですが、PAHTの設定がうまくいきませんでした。
    .bash_profileに/usr/local/ANTs/bin/を設定し、echo $PATHで確認出来たのですが、which antsRegistrationでnot foundとなってしいます。何か解決策ありましたらご教授お願いいたします。

    返信

    • すみません、なぜだかスパムに分類されてしまっていて確認が遅くなりました。

      – パスを設定した後、ターミナルを再起動する必要がありますが、そちらはされましたか？
      – お使いのターミナルではbash, zshのどちらが動いていますか？
      – which antsRegistrationSyN.sh　の結果はどうなりますか？
      – /usr/local/ANTsにインストールされたのですか？

      根本清貴

      返信

      • お世話になります。
        Macnative（AppleM2）インストールを試みましたが、パス設定がうまくいかなようです。

        open -e ~/.bash_profile

        入力すると以下の.bash_profileが表示されます。

        #CMake
        PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH

        #ANTs
        export ANTSPATH=~/ANTS/install/bin
        export PATH=$PATH:$ANTSPATH

        ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿

        ターミナルを閉じ、再度開いて入力したところ以下となってしまいました。

        which antsRegistration
        antsRegistrationSyN.sh
        antsRegistration not found
        zsh: command not found: antsRegistrationSyN.sh

        どのように対応すればよいでしょうか？
        どうぞ宜しくお願いします。

        返信 
        • ~/ANTS/install/bin/antsRegistrationSyN.sh

          としていただいたらどうなりますか？

          返信

          • 以下のようなメッセージがでました。

            ————————————————————————————–
            Error locating ANTS
            ————————————————————————————–
            It seems that the ANTSPATH environment variable is not set. Please add the ANTSPATH
            variable. This can be achieved by editing the .bash_profile in the home directory.
            Add:

            ANTSPATH=/home/yourname/bin/ants/

            Or the correct location of the ANTS binaries.

            Alternatively, edit this script ( antsRegistrationSyN.sh ) to set up this parameter correctly.

          • 了解です。

            そうしましたら、.bash_profileの中の

            export ANTSPATH=~/ANTS/install/bin

            を

            export ANTSPATH=$HMOE/ANTS/install/bin

            と、~ を $HOME に置き換えていただけますか。

            それでターミナルを起動して改めて

            which antsRegistration

            とやってみてください。

            推測ですが、チルダが悪さしている気がします。

          • ご連絡ありがとうございます。

            置き換えてみましたがうまくいきませんでした。

            which antsRegistration
            antsRegistration not found

          • find $HOME -name 'antsRegistration'

            の結果はどうなりますか？
            おそらく、パスが何か違っているのではないかと思うので、antsRegistrationが入っているパスがどこかを確認したいです。

          • 以下のようになりました。いかがでしょうか？

            akira@AkiranoMacBook-Air ~ % find $HOME -name ‘antsRegistration’
            /Users/akira/ANTS/install/bin/antsRegistration
            /Users/akira/ANTS/build/ANTS-build/Examples/antsRegistration
            find: /Users/akira/Library/Application Support/CallHistoryTransactions: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/CloudDocs/session/db: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/com.apple.sharedfilelist: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/Knowledge: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/com.apple.TCC: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/FileProvider: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/FaceTime: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/com.apple.avfoundation/Frecents: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Application Support/CallHistoryDB: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Assistant/SiriVocabulary: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Autosave Information: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/IdentityServices: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Messages: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/HomeKit: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Sharing: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/com.apple.aiml.instrumentation: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Mail: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Trial: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/AppleMediaServices: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/DuetExpertCenter: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Accounts: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Safari: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Biome: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/IntelligencePlatform: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Suggestions: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Weather: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Group Containers/group.com.apple.secure-control-center-preferences: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Group Containers/group.com.apple.notes: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.archiveutility: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.Maps/Data/Maps: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.Home: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.Safari: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.CloudDocs.MobileDocumentsFileProvider: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.mail: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.Notes: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.corerecents.recentsd/Data/Library/Recents: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Containers/com.apple.stocks: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/PersonalizationPortrait: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Metadata/CoreSpotlight: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Cookies: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/CoreFollowUp: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/StatusKit: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/DoNotDisturb: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Caches/com.apple.HomeKit: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Caches/CloudKit: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Caches/FamilyCircle: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Caches/com.apple.homed: Operation not permitted
            find: /Users/akira/Library/Caches/com.apple.ap.adprivacyd: Operation not permitted
            find: /Users/akira/.Trash: Operation not permitted

          • /Users/akira/ANTS/install/bin/antsRegistration

            ここにあることがわかりましたので、

            .bash_profile の中のANTSの設定を

            export ANTSPATH=/Users/akira/ANTS/install/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

            と書き換えて、保存し、
            ターミナルを一度終了し、そして、ターミナルを再度起動されたうえで、

            ANTS

            としてみていただけませんか？

            これで、

             call ANTS -h or ANTS --help

            と出力されることが期待されます。

            さらに

            antsRegistration

            とすれば

            COMMAND: 
     antsRegistration
          This program is a user-level registration application meant to utilize classes 
          in ITK v4.0 and later. The user can specify any number of "stages" where a stage 
          consists of a transform; an image metric; and iterations, shrink factors, and 
          smoothing sigmas for each level. Note that explicitly setting the 
          dimensionality, metric, transform, output, convergence, shrink-factors, and 
          smoothing-sigmas parameters is mandatory.

            といった表示になることが期待されます。

          • .bash_profile の中のANTSの設定を変えましたが、以下のように表示されてしまいました。

            akira@AkiranoMacBook-Air ~ % ANTS
            zsh: command not found: ANTS

          • あ、わかりました。

            zshをお使いなので、.bash_profileではなく、.zprofileに記載する必要があります。

            そちらに書いたら問題なくなると思います。

  4. ピングバック： ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法（ソースからのコンパイル）

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