（25/Aug/2015:参加を締め切りました）
2015年9月に神戸で脳画像解析のミニ勉強会を開催します。
ふだんは、私はSPM-VBMを中心にしていますが、
今回は、”脳画像解析Tips -コマンドラインは怖くない-“と題して、
主にdcm2niiとFSLを用いて、コマンドラインを使った処理について学べたらと思います。
GUIでなく、ターミナル内で作業をすることにおっかなびっくりな方々が対象です。
既にコマンドラインを使いこなしている方は学ぶことはほとんどないです。
冷やかしがてら、協力してくださる方々の参加は歓迎です。
日時：2015年9月6日 9:00頃〜15:00頃 （途中適宜休憩）
場所：神戸国際会館セミナーハウス（セキュリティの関係で、部屋番号は、個別にメールでお伝えします）
人数：20人程度（事前登録制）
会費：無料（これは、来年の包括脳チュートリアルやImPACT研究などでのユーザーニーズ調査を兼ねていますので、無料です）
内容
- UNIX系OSコマンドの基礎知識
- dcm2niiを用いたDICOM->NIFTIの変換
- fslinfoを用いたNIFTIファイルの判別
- シェルスクリプトのための準備
- NIFTIファイル変換・自動命名スクリプト
- FSLを用いたDTI解析（GUI）
- FSLを用いたDTI解析（シェルスクリプト）
- fslmathsを用いたDTI-AD,RD計算スクリプト
参加を希望される方は、下のコメント欄に参加希望の旨、そして、どんなことを学びたいか、記載していただけたら助かります。
事前準備の都合上、8月21日に締め切ります。
よろしくお願いします。
はじめまして、浜松医科大学大学院研究生、小児科医の石垣英俊と申します。DTIに関心を持ち、VBMやFSLを活用して小児神経疾患の画像解析をしたいです。まだFSLをDLしたところで、HPを拝見しながら勉強中です。
もし参加可能でしたら、基本的な内容をご指導いただきたいです。
是非よろしくお願い致します。
石垣先生
まだ席に余裕がありますので、どうぞご参加ください。
ちょうどFSLを用いたDTI解析の基本的なところも紹介しますので、
お役に立てるのではないかと思います。
根本清貴
根本先生
はじめまして、京都大学 放射線診断科 岡田 務 と申します。
席が空いていましたら、参加を希望いたします。
FSLは過去にDTI解析の前処理でBET, FLIRTなどコマンドをいくつか使っておりましたが、最近またDTIを解析するにあたって、FSLコマンドラインに習熟したいと思い、参加を希望いたします。よろしくお願いします。
岡田 務
岡田先生
あと数席残っておりますので、大丈夫です。
どうぞ、ご参加ください。
根本先生
はじめまして、京大放射線診断科 大学院生の大久保豪祐と申します。
まだ席が空いていましたら、参加させていだだければと思います。
FIRSTを用いて基底核の解析を行いたいのですが、コマンドラインの基本的なこともわからず、ぜひ教えていただきたいです。
どうぞよろしくお願いします。
大久保豪祐
大久保先生
FIRSTそのものは、当日は扱いませんが、内容は、FIRSTを使いこなすことにつながってくると思います。
どうぞご参加ください。
根本先生
京都大学大学院医学研究科画像診断学・核医学講座 大学院1年
福富光 と申します。
FSLを使って解析をしたいと考えていますが、わからないことばかりで困っています。
いくつかのタスクをつなげて自動で解析できるようなスクリプトが書きたいのですが、bash初心者でよくわかりません。
よろしくお願い申し上げます。
福富先生
ご連絡ありがとうございます。
まさに先生のような方を念頭においておりますので、
どうぞご参加ください。
メールで失礼いたします。
大学院生で精神科医の藤井さやかと申します。
SPM、FSLなどの構造解析と解析を効率的に進めるため工夫しています。マニュアルの解釈に戸惑うこともあります。大切なデータを誤りなく解析して、結果を報告して残していきたいと願っています。
同じことを学ぶ方と支え合えればと願うので、ご一緒できれば幸いです。
藤井先生
ご連絡ありがとうございます。
どうぞよろしくお願いします。
突然のコメント失礼致します．
畿央大学大学院博士課程2年，作業療法士の大松聡子と申します．
画像解析を今後行っていきたいと思います．
NIFTIファイルへの変換の応用の部分が特にお聞きしたいです．
参加可能であれば，是非よろしくお願い致します．
大松先生
ご連絡ありがとうございます。
どうぞ、ご参加ください。
NIFTIファイルへの変換の部分は、きちんととりあげますので、そこだけでも聞いていただく価値はあると思います。
どうぞよろしくお願いします。
初めまして．京都大学大学院臨床神経学の村井智彦と申します．
「すぐできるVBM」を読ませて頂いております．
インストールの際にHPでご指導頂きありがとうございました。
画像解析をやりたいと思っています。
もし可能なら基本的な所からご指導いただければ幸いです．
どうぞよろしくお願い致します。
村井先生
コマンドラインの観点では、基本的なところから行っていきます。
ご参加いただければと思います。
どうぞよろしくお願いします。
突然のメールで失礼します．京都大学神経内科の井上岳司と申します．
いつもHP,テキストで勉強させて頂いております．
FSLを用いて，functional MRI画像など見る機会が増えてきて，ダウンロードはしたもののうまく使えていないのが現状です．基本的な使い方含めご指導いただければ幸いです．
よろしくお願い申し上げます。
井上先生
ご連絡ありがとうございます。
ご参加いただけたらと思います。
FSLViewの使い方などはざっとReviewするようにします。
よろしくお願いします。
根本先生
生理学研究所 心理生理学研究部門 博士課程の角谷基文と申します。
現在SPMを用いて解析を行っておりますが、FSLを用いた経験はほとんどありません。
コマンドラインを用いた解析について是非学ばさせて下さい。
席に空きがございましたら、よろしくお願い致します。
角谷先生
ご連絡ありがとうございます。
席にまだ余裕がありますので、大丈夫です。
どうぞよろしくお願いします。
なお、後ほど、私にメールアドレスを教えていただけますか。
事務連絡はメールで行いますので。
このコメントへの返信でメールアドレスの欄にメールアドレスを入力していただけると、私だけがメールアドレスが見えます。
（他の方にはメールアドレスは公開されません）
以上、よろしくお願いします。
根本清貴
ご返信ありがとうございます。
メールアドレスを入力させていただきました。
学ばさせていただきます。
よろしくお願いします。
ありがとうございます。
今週後半に皆様に詳細をメールさせていただきます。
慶應義塾大学大学院 生理学教室 博士課程１年の植松明子と申します。
勉強会にまだ席がありましたら、是非参加させて頂きたいです。
コモンマーモセットという霊長類の脳画像を解析していく予定です。
それにあったって、既存のヒトに特化した解析ソフトでもコマンドラインでの処理・応用（特にsegmentation）でヒト以外の動物画像解析ができるようにしていきたいと思っております。
植松先生
ご連絡、ありがとうございます。
まだ席に余裕がありますので、よろしかったらどうぞご参加ください。
当日、Segmentationは、直接は扱わない可能性もありますが、コマンドラインをいじっていくという点では、勉強になるところはあるかと思います。
（コマンドラインでのSegmentationも念頭には置いておくようにはします）
どうぞよろしくお願いします。
根本先生、
大阪大学、北澤研所属の木村一皓と申します。
以前、包括脳チュートリアルに参加させていただきました。
一年ほど前から、FSL等を使用し始めましたが、いまだに、全ては把握しきれていない状態です。
後、もしお時間があれば、freesurfer等も、使いこなせればと思っているので、
言及していただけるとありがたいです。
どうぞ、よろしくお願いいたします。
木村先生
ご連絡、ありがとうございます。
皆様の意向を聞きながらやっていきますので、Freesurferに関しても考えておきます。
今回のメインポイントはスクリプトになると思いますので、その流れで言及できたらと思います。
どうぞよろしくお願いします。
根本先生
いつも大変お世話になっております。北大の吉田です。
FSLやその他の画像解析を深く知ろうと思えば思うほどコマンドラインを使った処理が必要なことを痛感していたところで、是非とも参加させていただければと思います。
よろしくお願い申し上げます。
吉田先生
ご連絡、ありがとうございます。
札幌から神戸までお越しいただくのは、恐縮なので、
近いうちに、札幌版も計画するのはどうでしょう？
結構、講演会などで札幌に行く機会があるので、
先生と時間をすりあわせて、他の方々にも声をかけて
脳画像解析ミニ勉強会in札幌を行いましょう。
よろしくお願いします。
根本先生
お心遣いありがとうございます。
ちょうどタイミングよく前日に別の研究会が有りますので、神戸でも参加させていただければと思いました。また、もし札幌で開催していただけるのであれば是非とも協力させてください。よろしくお願い申し上げます。
吉田
吉田先生
ご説明ありがとうございます。
このためだけでないのであれば、大歓迎です。
どうぞよろしくお願いします。
根本先生
ご無沙汰しております。
私も是非参加させて下さい。
根本先生
私も是非参加させて下さい。
最近はFSLも少し使っています。
fslmathsにびっくりしているところです。
どうぞよろしくお願い申し上げます。
高橋先生
ご無沙汰しております。
ご参加してくださるとのこと、ありがとうございます。
どうぞよろしくお願いします。
現在ATRに所属しております、精神科医の山田貴志と申します。
少しでも解析が上達する方法を模索しておりますので、参加させていただけたら幸いです。
よろしくお願いいたします。
山田先生
ご連絡、ありがとうございます。
どれだけ期待に答えられるか心配ですが、皆で学べたらと思います。
よろしくお願いします。
神戸で開催とは嬉しい限りです。FSLもコマンドラインも使ってませんので、なんでも教えていただきたいです。前もって知っておくべきことがあれば勉強しておきます。
どうぞよろしくお願いします。
河内先生！
先生が参加してくださるとはうれしいです。
よろしくお願いします。
資料は皆の状況を見ながら準備していきますので、もう少しお待ちください。