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本日、第19回ヒト脳機能マッピング学会で発表したのですが、ブログのタイトル通り、シーケンスを自動判別し、ファイル名を自動でリネームするDICOM→NIFTI変換スクリプトを書いてみました。

MacおよびLinuxに対応しています。

必要なソフトウェアは以下の2つです。

• MRIcron

パスが通っていることが必要です。

• FSL

FSLも同様にパスが通っていることが必要です。

このスクリプトは以下から入手可能です。（右クリックで「名前をつけて保存」で保存できます。）

https://raw.githubusercontent.com/kytk/shellscripts/master/ren-dcmcnv.sh

1. インストール

インストールですが、パスが通っているディレクトリに保存していただくだけです。

2. 使い方

使い方はとてもシンプルです。

• フォルダの準備

最初に、作業用フォルダを準備します。その中に、各被験者のフォルダを準備します。フォルダ名がとても重要です。このスクリプトはフォルダ名をファイル名のベースに使うからです。
たとえば、被験者IDがsubj01ならば、フォルダ名をsubj01とします。その中にその被験者のDICOMファイルをすべて放り込みます。（ディレクトリ構造になっていてもなっていなくてもかまいません）

• スクリプトの実行

ターミナルを起動し、作業用フォルダに移動します。

そして、以下をタイプします。

$ ren-dcmcnv.sh

これだけです。

• スクリプトが行うこと

スクリプトは以下のことを行います。フォルダ＝ディレクトリです。

1. ワーキングディレクトリに “DICOM”, “nifti” ディ
   レクトリを作成します。
2. wd内にできたDICOMディレクトリに移動します。
3. DICOM ディレクトリ内で dcm2nii を実行し、NIFTIファ
   イルを生成します。
4. fslhd を用いてNIFTIファイルのヘッダー情報を取得します。
5. 以下のルールに基づき、3次元T1強調画像、fMRI画像、DTI画像を判別します。
• 3次元T1MRI: 画像の第2次元≧256, 第3次元>100, TE<6msec; (V_)
• fMRI: 画像の第4次元>100; (F_)
• DTI: 画像の第4次元が8以上100 未満 (D_)
6. ディレクトリ名を取得し、ファイル名のベースとし、それぞれの接頭辞に識別記号を付加します。
7. 変換したファイルをniftiディレクトリに移動します。

よかったら試してみてください。