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FreeSurferをインストールした後、自分のデータを用いてどうしたらいいか困る人が多くいます。

まず、1例を試してみるといいと思います。

以下のようにされてはいかがでしょうか。

1. ターミナルを開きます。
2. 画像があるディレクトリに移動します。

たとえば、画像が、/Users/foo/img_dataにあるとすれば、

1	$ cd /Users/foo/img_data/

となります。

3. 画像の被験者IDを決めます

FreeSurferでは実はこれが大事です。ここをきちんとしていないと、話が次に進みません。

4. 以下の書式でコマンドをうちます。

1	$ recon-all -s 【被験者ID】 -i 【NIFTI画像ファイル】 -all

今、被検者IDがHC001、NIFTI画像がV_HC001.niiだとすると、

1	$ recon-all -s HC001 -i V_HC001.nii -all

となります。

これでしばらく待ちます。私の最近のPCでは、9時間程度で1例の処理が終わります。

スクリプト化してみましょう。画像のファイル名（拡張子抜き）をIDとして扱うことにします。

という感じになりますね。

出力ファイルは、$SUBJECTS_DIRに出力されます。
私の場合、
$SUBJECTS_DIRはホームディレクトリの下のfreesurfer/subjectsにしてあります。
この設定の仕方は、こちらをご覧ください。

どこにあるかすぐにわからなかったら、以下をしたらいいと思います。

ここに先ほど入力したIDがあります。その中にいろいろ入っています。

＄SUBJECTS_DIRはHDDの容量をくいますので、十分なスペースを確保しないと容量不足に陥りますのでご注意ください。