先日、ABiSチュートリアルで順天堂大学の鎌形先生から、FSL, FreeSurfer, MRtrix3を組み合わせたコネクトーム解析の素晴らしい講義を聞く機会がありました。
MRtrix3はインストールしなきゃと思いつつできていませんでしたが、せっかくですから、モチベーションが高いうちにインストールしようと思い、Ubuntu 16.04へのインストールを行いました。
http://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html
こちらに説明がありますが、これをまとめてみました。
関心のある方はこちらからダウンロードしてみてください。(右クリック→名前をつけて保存)
保存した後、
1 2 | $ chmod 755 mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh $ . /mrtrix3_installer_ubuntu1604 .sh |
でインストールができます。
ちなみに、上記スクリプトは以下のようになっています。
GitHubからダウンロードし、コンパイルし、.bashrcにパスを通すというシンプルなことをやっています。
01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 | #!/bin/bash #Script to setup mrtrix3 for Ubuntu 16.04 #Install prerequisite packages sudo apt-get install git g++ python libgsl0-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev libqt5svg5* libeigen3-dev #Download MRtrix3 source if [ ! -e $HOME /git ]; then mkdir $HOME /git fi cd $HOME /git git clone https: //github .com /MRtrix3/mrtrix3 .git #Configuration and build cd mrtrix3 . /configure . /build #.bashrc echo >> $HOME/.bashrc echo "#MRtrix3" >> $HOME/.bashrc echo 'export PATH=$PATH:$HOME/git/mrtrix3/bin:$HOME/git/mrtrix3/scripts' >> $HOME/.bashrc |