Ubuntu 16.04への MRtrix3 インストールスクリプト

先日、ABiSチュートリアルで順天堂大学の鎌形先生から、FSL, FreeSurfer, MRtrix3を組み合わせたコネクトーム解析の素晴らしい講義を聞く機会がありました。

MRtrix3はインストールしなきゃと思いつつできていませんでしたが、せっかくですから、モチベーションが高いうちにインストールしようと思い、Ubuntu 16.04へのインストールを行いました。

http://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html

こちらに説明がありますが、これをまとめてみました。

関心のある方はこちらからダウンロードしてみてください。(右クリック→名前をつけて保存)

保存した後、

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$ chmod 755 mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh
$ ./mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh

でインストールができます。

ちなみに、上記スクリプトは以下のようになっています。
GitHubからダウンロードし、コンパイルし、.bashrcにパスを通すというシンプルなことをやっています。

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#!/bin/bash
#Script to setup mrtrix3 for Ubuntu 16.04
 
#Install prerequisite packages
sudo apt-get install git g++ python libgsl0-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev libqt5svg5* libeigen3-dev
 
#Download MRtrix3 source
if [ ! -e $HOME/git ]; then
 mkdir $HOME/git
fi
 
cd $HOME/git
git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git
 
#Configuration and build
cd mrtrix3
./configure
./build
 
#.bashrc
echo >> $HOME/.bashrc
echo "#MRtrix3" >> $HOME/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/git/mrtrix3/bin:$HOME/git/mrtrix3/scripts' >> $HOME/.bashrc