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以前、DTIの画像などをFreeSurferの脳表に投影する方法を紹介しましたが、SPMの結果のspmT画像をFreeSurferの脳画像に投影する方法もわかりましたので紹介したいと思います。

必要なコマンドは、mri_vol2surf です。

• 入力ファイルと出力ファイル名

入力画像は、spmT_0001.nii とします。出力ファイル名は、左半球の画像ということで、lh.spmT_0001.mgzとします。

• mri_vol2surf のオプション

今回、大事になるのは、–mni152reg というオプションです(木村先生、教えてくれてありがとうございました)。MNI空間でのあわせこみに使えるオプションです。

• 実際のコマンド

シンプルに以下でいけました。

mri_vol2surf --mov spmT_0001.nii --mni152reg --hemi lh --o lh.spmT_0001.mgz

入出力ファイル以外のオプションは2つだけ、–mni152reg と –hemi lh だけです。

• Freeviewでの表示

最後にfreeviewで表示します。T値が3以上を表示したいと思ったので、thresholdを3,5としてあります。

freeview -f \
$SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:overlay=lh.spmT_0001.mgz:overlay_threshold=3,5\
  --viewport 3d --layout 1

結果、以上のような感じで表示できました。