SPMの結果から領域名を抽出するのに苦労している方は多いと思います。
SPM12からは、GUIを用いて簡単に同定することはできるようになりましたが、
（この方法を知りたい方は、こちらの記事を参照してください）
それでも何十箇所もある場合、マウスで一つ一つ確認するのは骨が折れます。
先日、SPMのMLで、Guillaume Flandinがこのようなメールを流していたことに気づきました。
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BashからMatlabスクリプトを実行する方法
先日、ある方と「BashからMatlabを呼び出せないだろうか」という話をしていました。もし、これができたら、シェルスクリプトから、Matlabを呼び出せるので、シェルとMatlabを完全に連携できるわけです。
結論としては、以下でできました。
- Short answer
Matlabのスクリプト名を sample_code.m とすると、以下でできます。
$ matlab -nodesktop -nosplash -r 'sample_code; exit'
コツは2つです。
- スクリプト名ではなく、コマンドとして指示するため、.mは外す
- Matlabから抜けるために exit を追加する
心理のためのMatlabチュートリアル （SPMユーザに役立つMatlab入門）
SPMを使う方々は必ずMatlabを使いますが、世の中のMatlab入門をうたった書籍は、たいていが工学向けで、SPMを使う人がこれを知っておいたらいいというようなMatlab入門はあまりありません。何かいい手引きがないかと探していたら、Antonia Hamilton女史の書いたMatlab for Psychologists: A Tutorialという手引きを見つけました。ざっと見たところ非常によい手引きと感じたので、Hamilton女史に連絡をとり、日本語訳の許可をいただきました。日本語訳ができましたので、公開します。「心理のため」となっていますが、SPMを使う方々には、とても有用だと思います。
なお、翻訳にあたり、山口大学の松尾幸治先生に多くのアドバイスをいただきました。この場をお借りして深謝いたします。
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