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今、MacもLinux (RedHat系, Debian系) もFSLのインストールはfslinstaller.pyを使うようになりました。
これは、インストールだけかと思いきや、アップデートにも使えます。

https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/MacOsX

https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux

にfslinstaller.pyのオプションが説明されています。

そのまま引用します。

• -d specify folder to install FSL into (without ‘fsl’), e.g. /usr/local
• -e only configure your account for running FSL
• -E configure FSL for all users (Linux)
• -v print installer version number and exit
• -c check for updated versions of FSL
• -l list versions of FSL available for download
• -V install specified version number e.g. 5.0.10
• -s download the source code for the current, or specified version of FSL
• -f download the FEEDS data set for the current, or specified version of FSL
• -q silence all messages
• -p skip environment setup
• -D switch on debug messages – use this option to generate logging that can be included when requesting installation support

-c がアップデートを確認となっています。

試してみます。

python fslinstaller.py -c

--- FSL Installer - Version 3.0.11 ---
[Warning] Some operations of the installer require administative rights,
    for example installing into the default folder of /usr/local.
    If your account is an 'Administrator' (you have 'sudo' rights)
    then you will be prompted for your administrator password
    when necessary.
When asked a question, the default answer is given in square brackets.
Hit the Enter key to accept this default answer.
Where is the FSL folder (e.g. /usr/local/fsl)? [/usr/local/fsl]: 

ここでそのままEnterを押します。

Looking for new version.
[OK] Version 5.0.11 available.
Would you like to install update? [yes]: 

5.0.11があるのでアップデートする？と聞かれますので、そのままEnterキーを押すか、もしくは yes とタイプすると5.0.11のアップデートがはじまります。

fslinstaller.py自体は自分自身でプログラムをアップデートする機能を持っています。したがって、インストールした後も捨てないということが大事です。

なお、-f がFSL FEEDSのダウンロードとなっていますが、これは -F の間違いです。今度、FSLのMLに投稿しようと思います。

また、このプログラムはpython 2.x系のみで動作しますので、そのことも覚えておいた方がいいでしょう。