ある方から、「CONNで前処理したfMRI画像から、デフォルト・モード・ネットワーク(DMN)の時系列データを取り出すにはどうしたらよいですか？」というご質問をいただきました。
鍵となるプログラムは以下の2つです。
- conn_matc2nii
- spm_summarise
以下に、方法を記載します。
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3次元fMRI データセットを4次元fMRIデータセットに変換する方法: SPMとFSLの比較
fMRIデータは3次元データで取り扱う場合と4次元データで取り扱う場合があります。
3次元データの場合、たとえば1つのセッションが240ボリュームで構成されているとすると、240のniftiファイルで構成されます。
4次元データの場合、1つのniftiファイルに240ボリュームがすべておさめられています。
個人的には、データ管理という点では、4次元データの方が取り扱いやすいと思っています。
そこで3次元データを4次元データに変換する方法をSPMの場合とFSLの場合でまとめたいと思います。
必要な情報としては、TRです。この情報がないといくつかのソフトはうまく動かなくなります。