タグ別アーカイブ： dcm2niix

ある施設のrs-fMRIのDICOMデータをNiftiに変換しようとした時に、以下のようになってしまい、4次元データができませんでした。

sub1_+rsfMRI_201.nii
sub1_+rsfMRI_201_t10000.nii
sub1_+rsfMRI_201_t100000.nii
sub1_+rsfMRI_201_t102500.nii
sub1_+rsfMRI_201_t105000.nii
sub1_+rsfMRI_201_t107500.nii
sub1_+rsfMRI_201_t110000.nii
sub1_+rsfMRI_201_t112500.nii
sub1_+rsfMRI_201_t115000.nii
sub1_+rsfMRI_201_t117500.nii
sub1_+rsfMRI_201_t120000.nii
sub1_+rsfMRI_201_t122500.nii
sub1_+rsfMRI_201_t12500.nii
...

ポイントは、ファイル名の後ろに tの後に数字がつくことです。

この原因を探っていたところ、dcm2niixのGitHubページを見つけました。
https://github.com/rordenlab/dcm2niix/issues/428

ここで開発者のChris Rorden教授が以下のように述べています。

your files have a bogus value for cardiac trigger time (0018,1060). This is a limitation of your images, not dcm2niix. You should work with your Philips Research Collaboration manager to fix your scanner. For archival-quality data you could purge the invalid tags from your images, e.g. gdcmanon –dumb –remove 0018,1060 -i … -o …

Cardiac Trigger Timeというタグに値が入ってしまっていることで、dcm2niixはこれを別々のものと認識してひとつにしないようです。過去に撮像したデータの場合、0018,1060を削除するのは一手ではないかとおっしゃっています。実際に確認したところ、そのタグが入っていました。

そこで、このタグを削除する以下のようなPythonスクリプトを書いてみました。pydicomが入っていれば動くはずです。
こちらから手に入れられます。

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

# Script to remove trigger time from Philips fMRI
# source: https://github.com/rordenlab/dcm2niix/issues/428
# 14 Oct 2023 K. Nemoto

import sys, os, time, argparse
import pydicom

__version__ = '20231004'

__desc__ = '''
Remove Trigger Time (0018,1060) from Philips rsfMRI
'''
__epilog__ = '''
examples:
  dcm_rm_trigger_time.py DICOM_DIR1 DICOM_DIR2 ...
'''

def remove_triggertime(src_dir):
    # modify files
    for root, dirs, files in os.walk(src_dir):
        for file in files:
            try:
                src_file = os.path.join(root, file)
                ds = pydicom.dcmread(src_file)
                pid = src_dir.replace('/','')
                del ds[0x0018, 0x1060]
                ds.save_as(src_file)
            except:
                pass

if __name__ == '__main__':
    start_time = time.time()
    parser = argparse.ArgumentParser(description=__desc__, epilog=__epilog__,
        formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter)
    parser.add_argument('dirs', metavar='DICOM_DIR', help='DICOM directories.', nargs='+')

    err = 0
    try:
        args = parser.parse_args()
        for dicom_dir in args.dirs:  # Loop through all the provided directories
            print(f'remove dicom tag (0018,1060) from {dicom_dir}')
            remove_triggertime(dicom_dir)
        print("execution time: %.2f second." % (time.time() - start_time))
    except Exception as e:
        print("%s: error: %s" % (__file__, str(e)))
        err = 1

    sys.exit(err)

これは、

dcm_rm_triggertime.py DICOMフォルダ

とすることで、そのフォルダ内のtrigger timeタグを削除します。

この処理をした後のDICOMを使って dcm2niix を行ったところ、問題なく変換されました。

困っている人がいると思うので共有しておきます。