AFNIのインストール方法は、公式ページにしたがって行えばできます。AFNIにはコマンドラインからのアップデート機能があり、@update.afni.binaries -dで基本的にアップデートもできます。
しかし、この場合、NIHから新しいバージョンのAFNIをまるごとダウンロードしてきます。wgetでダウンロードするのですが、結構時間がかかります。ブラウザのアドオンについてくるダウンローダで入手するほうが短時間でダウンロードします。
https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/tgz/
ここからダウンロードできます。
ダウンロードしたものを使ってアップデートする際には以下でうまくできます。
インストール先を /usr/local/afni/bin
ダウンロードしたものが、~/Downloads/linux_openmp_64.tgz だとすると、
以下のようになります。
sudo /usr/local/afni/bin/@update.afni.binaries \
-bindir /usr/local/afni/bin/ \
-local_package ~/Downloads/linux_openmp_64.tgz
私の場合、/usr/local/afni/binにインストールしたかったので、sudoを使っていますが、デフォルトの~/abinの場合には、sudoは必要ありません。
現在のバージョンは
afni -ver
で簡単に確認できます。