Ubuntu 20.04へのFreeSurfer 7.3.2 のインストールスクリプト

FreeSurfer 7.3.2 がリリースされましたので、インストールスクリプトを作成しました。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
こちらに書いてあります。

以下のスクリプトで楽にインストールできます。

1. ラインセンスの申請

FreeSurferを使用するには、登録が必要です。登録ページから必要事項を記載すると、メールでライセンスが送られてきます。

2. ライセンスファイルの準備

送られてきたメールには、license.txt が添付されています。これをDownloadsの下に保存してください。これがないとFreeviewが起動しません。

3. スクリプトのダウンロード

こちらを右クリックで保存で、freesurfer7.3.2_installer.sh をダウンロードしてください。これもダウンロードに保存されたとします。

スクリプト自体は、保存したものを見てもらってもいいですが、こちらから見れます。

4. FreeSurferのインストール

ターミナルを起動し、以下をタイプします。

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cd Downloads chmod 755 freesurfer7.3.2_installer.sh ./freesurfer7.3.2_installer.sh

そうすると、以下の質問が出てきます。

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Begin installation of FreeSurfer   This script will download and install Freesurfer in Ubuntu You need to prepare license.txt beforehand. license.txt should be placed in /home/ユーザ名/Downloads Are you sure you want to begin the installation of FreeSurfer? (yes/no)

ここで yes とタイプします。

次に以下の質問が出ます。

1 2	Begin installation. Do you want to modify recon-all for VirtualBox environment? (yes/no)

これは、VirtualBox上のUbuntuにFreeSurferをインストールしたい人のためです。もし、VirtualBox上でFreeSurferを使いたい方は、ここで yes とすると、共有フォルダでも解析ができるように recon-all を修正します。

その後、スクリプトは以下のことを行います。

– license.txt が存在するか確認します。
– 必要なUbuntuのパッケージをインストールします。
– freesurferをダウンロードします。
– ダウンロードしたファイルが壊れていないか確認します。
– freesurferを /usr/local/freesurfer/7.3.2 以下に展開します。
– ホームディレクトリの下に $SUBJECTS_DIR になるディレクトリを準備します。
– .bash_aliases に各種設定を書き込みます。

全部うまくいけば、以下の表示がされます。

1 2	Installation finished! Now close this terminal, open another terminal, then run freeview.

5. 起動の確認

実際に動くかどうかをテストします。
端末を再度起動すると、私の場合、以下のようなメッセージが出てきます。

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-------- freesurfer-linux-ubuntu20_x86_64-7.3.2-20220804-6354275 -------- Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL) FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer/7.3.2 FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/7.3.2/fsfast FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz SUBJECTS_DIR      /home/kiyotaka/freesurfer/7.3.2/subjects MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/7.3.2/mni FSL_DIR           /usr/local/fsl

以下の確認は、本家のサイトにある指示をそのままやっているだけですが、念の為に記載しておきます。

• freeview

端末に、以下をそのままコピペしてください。

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cd $SUBJECTS_DIR freeview -v \     bert/mri/T1.mgz \     bert/mri/wm.mgz \     bert/mri/brainmask.mgz \     bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \     -f \     bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \     bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \     bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \     bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

きちんとインストールされているならば、下記のような画面が出てくるはずです。



• サンプルデータを用いて解析

今、ホームディレクトリの下にあるfreesurfer/subjectsの中には、sample-001.mgzとsample-002.mgzと2つのファイルがあります。同一人物が2回撮影したファイルです。FreeSurferでは、これをbertというsubject IDで出力結果が入っていますが、一応、自分でもやってみましょう。subject IDをernieとしてみます。

ターミナルから以下のようにタイプしてください。

1 2	cd $SUBJECTS_DIR recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -all

これは機種にもよりますが、最低8時間程度かかります。とりあえず、動くかどうかだけ確認したかったら第1段階のところまででやめておくのも手です。そのときは、下記をタイプします。

1	recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -autorecon1

これは30分前後で終わります。