目次
1. 目的
2. MRI理論
3. 構造的画像(structural MRI: sMRI)
4. 機能的画像(functional MRI: fMRI)
5. 拡散画像(diffusion MRI: dMRI)
6. 参考文献
1. 目的
2. MRI理論
3. 構造的画像(structural MRI: sMRI)
4. 機能的画像(functional MRI: fMRI)
5. 拡散画像(diffusion MRI: dMRI)
6. 参考文献
PyTorchのチュートリアルTraining a Classifierを参考にPyTorchで画像分類について学ぶ。
具体的には、
1. 目的
2. テンソル入門
2.1. 未初期化テンソル torch.empty()
2.2. 乱数 torch.rand()
2.3. 零行列 torch.zeros()
2.4. 任意のテンソル定義 torch.tensor()
2.5. テンソルの再定義 .new_と.randn_like()
2.6. サイズの確認
2.7. 足し算
2.8. スライス
2.9. リサイズ
3. テンソルとNumPyのやりとり
3.1. テンソルからNumPy arrayの変換
3.2. NumPy Arrayからテンソルの変換
1. Google Colaboratoryとは
2. PCスペック
3. 利用制限
4. 準備
5. ファイル名変更
6. シェルコマンド実行
7. ファイルのアップロード
8. ファイルのダウンロード
9. Google Driveのマウント方法
10. GPUの利用方法
1. 目的
2. 自身のPCを使用する場合
2.1. PCスペック
2.2. PyTorchのインストール方法
3. 自身のPCを使わない場合
3.1. PCスペック
3.2. PyTorchのインストール方法
SETUPの最後、Optionsも軽くみておきましょう。
Covariates (1st-level) をみていきます。ここのCovariatesは個人のfMRI画像に関する情報が入っています。
サンプルデータのSubject 1でみていきます。
前処理が終わり、QA plotsで不適なsubjectsを取り除きました。次にROIsとConditionsを確認します。
ANTsのRへの移植版であるANTsRのインストール方法を聞かれましたので、Ubuntu 18.04へのインストール方法を以下にまとめます。現在、Ubuntu 18.04では、Rのバージョンはデフォルトで3.6になっていますので、Rは3.6がインストールされていると仮定します。
ここでは、画像が不適であることがわかった場合のSubjectの取り除き方を説明します。
前処理のQAで今回準備したサンプルデータでは、Subject 16は解析に不適ということがわかりました。なので、これを省きたいと思いますが、その前に準備している Covariates を登録しておきます。(そうでないと Covariates を入れてある subjects.txt を編集し直さないといけないからです。)
前処理が終わったら、前処理のQA (Quality Assurance) を行いましょう。よくQC (Quality Check)という言葉が使われますが、QAはQCと同義です。
構造画像と機能画像を指定したら、前処理 Preprocessing を行います。
脳画像解析を行う際には、「ワーキングディレクトリ」を意識することがとても大切になります。なぜならば、ワーキングディレクトリの中に画像データが保存されていくからです。CONNも例外ではありません。
そして、忘れられがちですが、Matlabでまずワーキングディレクトリに移動してからCONNやSPMを起動すると、ファイルの選択などが非常に容易になります。
今は、conn_practice.zip を展開してできた conn_practice をワーキングディレクトリとして設定したいと思います。