最近、Pythonの勉強をしていますが、いろいろ調べている中で、Matthew Brett氏がMatlabやRに慣れている人のためのPythonの手引き、”Brisk Introduction to Python“を書かれているのを見つけました。既にMatlabやRを知っている方々がPythonのコツを理解するのによいテキストと思います。このため、Brett氏の承諾を得て、研究室のメンバーで翻訳しました。
動的プログラミング言語を知っている人のためのPython入門はこちらからどうぞ。
月別アーカイブ： 5月 2020
国際脳ヒトMRI研究ポータルサイト
東京大学の小池先生が国際脳のヒトMRI研究ポータルサイトを開設されました。
このサイトは、国際脳ヒト脳MRI研究プロジェクトで策定されたデータ取得手順、データ集約と共有化、前処理技術開発、Traveling subject project、倫理的配慮などの情報を集約し、国内のヒト脳MRI研究を発展させることを目的としたウェブサイトとのことです。
プロトコル論文がpreprintで公開されていたり、有用な情報が掲載されていますので、一見の価値ありです。
Bashの様々な設定は、.bashrc ではなく .bash_aliases に書くと事故が防げる
先日、あるスクリプトを書いている中、.bashrcに追記する内容を書いた時に
echo "something" >> ~/.bashrc
と書くべきものを
echo "something" > ~/.bashrc
と誤って書いてしまい、テストでスクリプトを走らせて .bashrc を確認したところ、
something
の一語だけになっており、顔から血の気がひくという経験をしました。
Lin4Neuroのアップデート（2020年5月16日）
Covid-19対応に追われる日々ですが、それだけだとつらくなるので、Lin4Neuroのアップデートを行い、公開しました。
主な変更点は以下になります。
- isoイメージは、Ubuntu 18.04 desktop を元に作成しました。これまで、PinguyBuilderというソフトを使ってインストーラーを準備していましたが、うまく動かないという報告を多々いただいたので、方針を変更しました。
- Connectome workbench がインストールされました。
- AFNI, FreeSurfer, FSLといった大きなソフトはインストーラーを提供するという方針に変更しました。デスクトップ上にある “installer” をクリックしていただければ、必要なソフトをインストールできます。
- MRIcroGLなど、もともと入っているソフトはすべて最新のものにしました。
- 現在利用可能なソフトの一覧は、こちらになります。
- VirtualBox 仮想アプライアンスを今回から正式にリリースしました。ユーザー名は”brain” でパスワードは “lin4neuro”になります。メモリは4GB, ハードディスクは120GBで設定してあります。
最新のLin4Neuroはこちらから入手できます。
英語版のサイトはアップデートしましたが、日本語版はこれからです。
Lin4Neuro based on Ubuntu 18.04 is updated (16 May 2020)
Lin4Neuro based on Ubuntu 18.04 is updated.
Below are main changes.
- Now iso is generated from Ubuntu 18.04 Desktop so that installer can function properly.
- Connectome workbench is installed and configured.
- I changed the strategy to provide installers for huge packages such as AFNI, FreeSurfer, or FSL. It does not come with the release, but you can easily install them by just clicking the installer icons.
- Bundled software packages are all updated.
- The neuroimaging software packages available on Lin4Neuro is listed here.
- VirtualBox appliances are officially provided from now on. Username is “brain” and password is “lin4neuro”. RAM is set to 4GB, and HDD 120GB.
You can get the latest version from here.