Ubuntu上でFSLやFreeSurferを走らせる時、
Syntax error: "(" unexpected.
といったエラーが出ることがあります。
この原因を探っていたらわかったことがありました。
FSLのプログラムは、基本、bashで動くことを前提にしていますが、ファイルの冒頭のShebang行は、#!/bin/shとなっています。
RedHatやCentOSは、/bin/sh は、bashにシンボリックリンクが張られていますが、
Ubuntuでは、dashにシンボリックリンクが張られています。
ls -l で確認するとすぐに確認できます。
$ ls -l /bin/sh lrwxrwxrwx 1 root root /bin/sh -> dash
dashとbashは完全に互換性がないため、ときにbashの文法が通用しないことがあります。
解決策は以下の2つです。
- シェルスクリプトのShebang行を #!/bin/bash に変更する
- dpkg-reconfigureで、dashをbashに変更する
自分でシェルスクリプトを書く場合などはこれがいいでしょう。
しかし、FSLでは、300以上のスクリプトがありますので、これを全部変えるのはめんどくさいですね。
Ubuntuでは、 dpkg-reconfigure dash というコマンドで、dashを使わずにbashを使うようにすることができます。
インタラクティブに行うには、以下のコマンドを叩きます。
$ sudo dpkg-reconfigure dash
すると、次の画面が出るので、「いいえ」を選びます。
再度、/bin/shのシンボリックリンク先を確認してみます。
$ ls -l /bin/sh lrwxrwxrwx 1 root root /bin/sh -> bash
今度はbashに変更されていることがわかります。
なお、インタラクティブでなく変更したい際は、以下で行います。
いくつかのサイトで情報が提供されていましたが、正しくないものもありましたので、試行錯誤した結果、以下が最適な解決法とわかりました。
echo "dash dash/sh boolean false" | sudo debconf-set-selections sudo dpkg-reconfigure --frontend=noninteractive dash