月別アーカイブ： 12月 2019

Ubuntu上でFSLやFreeSurferを走らせる時、

Syntax error: "(" unexpected.

といったエラーが出ることがあります。

この原因を探っていたらわかったことがありました。

FSLのプログラムは、基本、bashで動くことを前提にしていますが、ファイルの冒頭のShebang行は、#!/bin/shとなっています。

RedHatやCentOSは、/bin/sh は、bashにシンボリックリンクが張られていますが、
Ubuntuでは、dashにシンボリックリンクが張られています。
ls -l で確認するとすぐに確認できます。

$ ls -l /bin/sh
lrwxrwxrwx 1 root root /bin/sh -> dash

dashとbashは完全に互換性がないため、ときにbashの文法が通用しないことがあります。

解決策は以下の2つです。

1. シェルスクリプトのShebang行を #!/bin/bash に変更する

自分でシェルスクリプトを書く場合などはこれがいいでしょう。
しかし、FSLでは、300以上のスクリプトがありますので、これを全部変えるのはめんどくさいですね。

2. dpkg-reconfigureで、dashをbashに変更する

Ubuntuでは、 dpkg-reconfigure dash というコマンドで、dashを使わずにbashを使うようにすることができます。

インタラクティブに行うには、以下のコマンドを叩きます。

$ sudo dpkg-reconfigure dash

すると、次の画面が出るので、「いいえ」を選びます。



再度、/bin/shのシンボリックリンク先を確認してみます。

$ ls -l /bin/sh
lrwxrwxrwx 1 root root /bin/sh -> bash

今度はbashに変更されていることがわかります。

なお、インタラクティブでなく変更したい際は、以下で行います。
いくつかのサイトで情報が提供されていましたが、正しくないものもありましたので、試行錯誤した結果、以下が最適な解決法とわかりました。

echo "dash dash/sh boolean false" | sudo debconf-set-selections
sudo dpkg-reconfigure --frontend=noninteractive dash