DICOM→NIFTIに変換する際に、MRI画像の左右を反転する方法はありますか？というご質問をいただきました。
DICOM→NIFTIの際に変換する方法は私が知る限りあまりないと思いますが、NIFTI画像に対する方法はあります。
この方法を紹介します。
FSLに、”MNI152_T1_2mm_LR-masked” というファイルがあります。
画像の反転の確認にはわかりやすいファイルなので、今回はこれを使用します。
Mangoで見ると、画像に埋め込まれている”R”が実際にR側にあることに気をつけてください。
ある研究データセットにおいて、被験者リストに性別や年齢の記載もれがあり、MRIのDICOMデータから取得することを考えてみました。
説明が不要な方は、dcmtkさえインストールしてあれば、次のワンライナーで得られます。
$ for f in $(ls -F | grep /); do echo $f; dcmdump $(find $f -type f | sed -n 1p) | grep -E "0010,0020|0010,0030|0010,0040|0010,1010" | awk '{ print $7, $3}' ; echo ""; done
以下、解説です。