**dcm2niiはすでに開発が終了しており、公式にはもう配布されておりません。後継のdcm2niixを使用してください。
- 画像のファイル形式
画像解析を行うにあたって、画像のファイル形式を知っておくことは重要です。
最低限、知っておくべきファイル形式は以下の3つになります。
① DICOM形式
DICOM形式は医用画像の共通フォーマットです。MRI, CT, PET, SPECT撮像機器などで撮影されたものを出力する際に、それぞれの機器に独自の形式で保存することもできますが、DICOM形式で出力することによって、ユーザは機種の違いを意識せずに画像を見ることができます。画像の1スライスが1つのファイルになっているため、矢状断160枚から成る3次元T1強調画像のDICOM画像は、160のファイルから構成されることになります。標準的な拡張子は.dcmとなります。
② ANALYZE形式
アメリカのメイヨークリニックで開発された形式です。画像のヘッダー情報を有するファイル(.hdr）と画像情報を有するファイル(.img)の2つで構成されています。ファイルの扱いが容易であることから、しばらく前まではデファクト・スタンダードとして使われていました。しかし、左右の情報を持っていないため、しばしば混乱が生じることがあったため、現在は次に述べるNIfTI形式に移行してきています。
③ NIfTI-1形式
アメリカ国立衛生研究所（NIH）を中心として開発されている形式で、ANALYZE形式の拡張版です。より多くのヘッダー情報を有することができる他に、左右情報を持っています。このため、左右について悩む必要がありません。現在、SPM（SPM5以降）、FSLでは標準の画像形式となっています。一つ気をつけなければいけないことは、画像の拡張子が2つあることです。ANALYZEと同じ.hdrと.imgの2つのファイルからなる形式とヘッダーと画像を一つにまとめた.nii形式の2つがあります。
2．dcm2nii(gui)について
プログラム名が示す通り、DICOM画像（dcm）をNIfTI画像（nii）に変換するプログラムです。
その使い勝手の良さから、広く使われています。
3. dcm2niiguiの設定
① dcm2niiguiの起動
まず、dcm2nii(gui)を起動します。
インストールしたMRIcornのフォルダの中にある[dcm2niigui.exe]をダブルクリックします。
Macでは、Spotlightで[dcm2niigui]を検索して下さい。
また、[アプリケーション]→[MRIcron]→[dcm2niigui]の方法でも可能です。
