先日、Python 3.x系のAnacondaをLinuxにインストールする必要がありました。
これ自体はなんら問題がなかったのですが、FreeSurferを使っている時にひとつ問題が出ました。
FreeSurferの asegstats2table と aparcstats2table はPython 2.x系で書かれているスクリプトで、Python3系では動きません。
Ubuntuの場合、デフォルトだと
python or python2 –> Python 2.x系
python3 –> Python 3.x系
となっているため、
#!/usr/bin/env python
は、通常はpython2.x系を指します。
しかし、私のように、Python3.x系のAnacondaをいれると
$ python --version
とすると
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.
となり、python3.x系が呼び出されているのがわかります。
どうしたものかと思いましたが、Anacondaのサイトにきちんと答えが書いてありました。
2020/02/03 ここで紹介する方法はもう使えなくなっています。Homebrew経由でインストールするのが一番確実かと思います
macOS High Sierraから、セキュリティが以前よりも厳しくなりました。
これによっていろいろなソフトウェアをインストールする際の手順がめんどくさくなりました。
VirtualBoxも例外ではありません。
しばらく前に、ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法（ソースからのコンパイル）という記事を書きましたが、最近のANTsは、cmakeのバージョンが3.10以上でないとコンパイルできなくなっていました。
方法を探してみましたが、cmakeのコンパイルを説明するページが圧倒的でした。
しかし、さらに探していたところ、pipを使えばすんなりいくことがわかりました。
pipは、pythonのパッケージ管理システムで、この中にcmakeも入っています。
ということで、改めて記事を書いていきます。
※2020/02/02 現在はUbuntuのcmakeは3.13までアップグレードしましたので、pipでなくても大丈夫になりました。
sudo apt install cmake
だけでも以下のコンパイルはできます。