Ubuntu14.04, 16.04へのFreeSurfer 6.0のインストール

2014年12月にFreeSurfer 5.3のインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、FreeSurfer 6.0がリリースされましたので、コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
こちらに書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。

なお、楽をしたい人は、一番最後にある【楽をするためのスクリプト】をご覧ください。

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macOS (El Captain以降) へのFreeSurfer 6.0のインストール

2018.09.12追記:license.txtの扱いが少し変わったので、修正いたしました。また、High Sierraでもインストールを確認できています。

FreeSurferのMacへのインストールについては、本家のサイトにもstep-by-stepのわかりやすいインストラクションがありますが、ターミナルやFinderの設定も含めて示したいと思います。

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FreeSurfer v6.0 勉強会を開催します (2017年12月2日)

※2017年9月15日0:00現在、50名を超える申し込みがありましたので、申し込みは終了いたしました。

これまでVBMチュートリアルを行なってきていますが、受講者のアンケートで、「FreeSurferの勉強をしたい」という意見が一定程度ありました。

構造画像解析において、FreeSurferは通らなければいけないところかと思います。

しかし、日本語でのチュートリアルは過去に2011年に慶應大学の先生方が講習会を開かれていらっしゃいますが、その後、開かれていません。

一定のニーズがあると思いますので、岩手医科大学の山下典生先生の協力を得て、FreeSurferの勉強会を企画しました。

この企画はあくまでも個人的なものであり、研究費の支援などはなく、有料会議室を借りてもいますので、有料講習会とさせていただきます。(その分の学びがあるように準備します!)

これまでに開催してきたチュートリアルのように、ご自身のパソコンを持ち込んでいただき、FreeSurferにじっくり触れていただきます。

想定している対象者は、FreeSurferの経験がまだ少ない方です。全く経験がない方もOKです。また、recon-allはやったことがあるけれども、マニュアル修正をやったことがない方はとてもいい経験になると思います。これらの経験がある中級者以上の方には物足りないかと思います。

もちろん、事前サポートもさせていただきます。FreeSurferだけでなく、他にも必要なソフトなどもありますので、前もって万全な体制を整えて勉強会に臨めるようにサポートさせていただきます。それだけでも、今後の研究をする準備になるかと思います。

日程及び場所は以下になります。

  • 日程:2017年12月2日 10:00-18:00
  • 場所:NATULUCK五反田東口駅前店会議室
  •    五反田駅東口徒歩2分
       東京都品川区東五反田5-27-10 第1野村ビル 5階
       Googleマップはこちら

  • 講師
  • 根本清貴(筑波大学医学医療系精神医学)
    山下典生(岩手医科大学医歯薬総合研究所超高磁場MRI診断・病態研究部門)

  • セミナー内容(予定)
  • ・個人解析(recon-all)の方法、及び多数例解析のための工夫
    ・個人解析結果の見方、様々な出力ファイルの意義
    ・個人解析結果のマニュアル修正
    ・GUIを用いた基本的なグループ解析

  • 定員:40名程度(先着順)
  • 参加費:1万円
  • 申し込み方法
  • 定員に達したため、締め切りました。