月別アーカイブ： 3月 2017

Lin4Neuroのアップデート (31 Mar 2017)

Lin4Neuroのアップデートを行いました。

主な更新点は以下になります。

  • Ubuntu 16.04をベースにするバージョンを発表しました。(ただし、インストーラーにバグがあるため、現在調整中です。)Ubuntu 14.04版も続けてメンテナンスしていきます。
  • 画像解析ソフトをすべて最新バージョンにアップデートしました。
  • GitHub上にLin4Neuroを作成するスクリプトを公開しました。

    • https://github.com/kytk/lin4neuro-xenial

    これを用いればLin4Neuroを自分の使いたいようにカスタマイズしていただくことも可能かと思います。

  • 起動時画面のロゴに少し修正を加えました。Lin4NeuroがUbuntuのどのバージョンに基づいているかがひと目でわかります。

最新版のLin4Neuroは こちらからどうぞ。

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Update of Lin4Neuro (31 Mar 2017)

Lin4Neuro is updated.

  • Now Lin4Neuro is based on Ubuntu 16.04. (I’ll keep maintenance of 14.04 Version too)
  • All of the neuroimaging software packages are up-to-date.
  • Building scripts of Lin4Neuro is publicly available on GitHub.

    • https://github.com/kytk/lin4neuro-xenial

    You can make your version of Lin4Neuro based on the repository above. I wrote instruction how to use in the repository.

  • I made some changes to the Lin4Neuro logo on splash. You will find L4N you are using is based on Ubuntu 14.04 or later.

You can download the latest Lin4Neuro from here.

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BashからMatlabスクリプトを実行する方法

先日、ある方と「BashからMatlabを呼び出せないだろうか」という話をしていました。もし、これができたら、シェルスクリプトから、Matlabを呼び出せるので、シェルとMatlabを完全に連携できるわけです。

結論としては、以下でできました。

  • Short answer

    • Matlabのスクリプト名を sample_code.m とすると、以下でできます。

    $ matlab -nodesktop -nosplash -r 'sample_code; exit'

    コツは2つです。

  • スクリプト名ではなく、コマンドとして指示するため、.mは外す
  • Matlabから抜けるために exit を追加する

続きを読む →

2017-03-11リンクURL 2 コメント

シーケンスを自動判別し、ファイル名を自動リネームするDICOM→NIFTI変換スクリプト

本日、第19回ヒト脳機能マッピング学会で発表したのですが、ブログのタイトル通り、シーケンスを自動判別し、ファイル名を自動でリネームするDICOM→NIFTI変換スクリプトを書いてみました。

MacおよびLinuxに対応しています。

必要なソフトウェアは以下の2つです。

  • MRIcron

    • パスが通っていることが必要です。

  • FSL

    • FSLも同様にパスが通っていることが必要です。

このスクリプトは以下から入手可能です。（右クリックで「名前をつけて保存」で保存できます。）

https://raw.githubusercontent.com/kytk/shellscripts/master/ren-dcmcnv.sh

  1. インストール

    2. インストールですが、パスが通っているディレクトリに保存していただくだけです。

  2. 使い方

    3. 使い方はとてもシンプルです。

    • フォルダの準備

      • 最初に、作業用フォルダを準備します。その中に、各被験者のフォルダを準備します。フォルダ名がとても重要です。このスクリプトはフォルダ名をファイル名のベースに使うからです。
      たとえば、被験者IDがsubj01ならば、フォルダ名をsubj01とします。その中にその被験者のDICOMファイルをすべて放り込みます。（ディレクトリ構造になっていてもなっていなくてもかまいません）

    • スクリプトの実行

      • ターミナルを起動し、作業用フォルダに移動します。

      そして、以下をタイプします。

      $ ren-dcmcnv.sh

      これだけです。

    • スクリプトが行うこと

      • スクリプトは以下のことを行います。フォルダ＝ディレクトリです。

      1. ワーキングディレクトリに “DICOM”, “nifti” ディ
        レクトリを作成します。
      2. wd内にできたDICOMディレクトリに移動します。
      3. DICOM ディレクトリ内で dcm2nii を実行し、NIFTIファ
        イルを生成します。
      4. fslhd を用いてNIFTIファイルのヘッダー情報を取得します。
      5. 以下のルールに基づき、3次元T1強調画像、fMRI画像、DTI画像を判別します。
        • 3次元T1MRI: 画像の第2次元≧256, 第3次元>100, TE<6msec; (V_)
        • fMRI: 画像の第4次元>100; (F_)
        • DTI: 画像の第4次元が8以上100 未満 (D_)
      6. ディレクトリ名を取得し、ファイル名のベースとし、それぞれの接頭辞に識別記号を付加します。
      7. 変換したファイルをniftiディレクトリに移動します。

よかったら試してみてください。

2017-03-10リンクURL 7 コメント