先日、ある方と「BashからMatlabを呼び出せないだろうか」という話をしていました。もし、これができたら、シェルスクリプトから、Matlabを呼び出せるので、シェルとMatlabを完全に連携できるわけです。
結論としては、以下でできました。
Matlabのスクリプト名を sample_code.m とすると、以下でできます。
$ matlab -nodesktop -nosplash -r 'sample_code; exit'
コツは2つです。
本日、第19回ヒト脳機能マッピング学会で発表したのですが、ブログのタイトル通り、シーケンスを自動判別し、ファイル名を自動でリネームするDICOM→NIFTI変換スクリプトを書いてみました。
MacおよびLinuxに対応しています。
必要なソフトウェアは以下の2つです。
パスが通っていることが必要です。
FSLも同様にパスが通っていることが必要です。
このスクリプトは以下から入手可能です。（右クリックで「名前をつけて保存」で保存できます。）
https://raw.githubusercontent.com/kytk/shellscripts/master/ren-dcmcnv.sh
インストールですが、パスが通っているディレクトリに保存していただくだけです。
使い方はとてもシンプルです。
最初に、作業用フォルダを準備します。その中に、各被験者のフォルダを準備します。フォルダ名がとても重要です。このスクリプトはフォルダ名をファイル名のベースに使うからです。
たとえば、被験者IDがsubj01ならば、フォルダ名をsubj01とします。その中にその被験者のDICOMファイルをすべて放り込みます。（ディレクトリ構造になっていてもなっていなくてもかまいません）
ターミナルを起動し、作業用フォルダに移動します。
そして、以下をタイプします。
$ ren-dcmcnv.sh
これだけです。
スクリプトは以下のことを行います。フォルダ＝ディレクトリです。
よかったら試してみてください。
先日、VBMチュートリアルにて、ある質問を受けました。
「MacのSPMでファイル選択の時にフォントの上半分が切れてしまうんですけど、解決法はないですか？」
具体例を示したほうがわかりやすいので、以下に示します。ファイル選択画面でこうなります。
これは気持ち悪いですよね。
いろいろ調べました。
その中で、どうも、spm12/matlabbatch/private の中にある
cfg_mlbatch_defaults.m
の中でフォントを規定しているようだというところにチュートリアルの最中に気づきました。
そして、今日、少し調査してみました。
SPMのバッチはSPM単独ではなく、Matlabbatchというものを使っているという知識はありました。
なので、GoogleでMatlabbatch font で調べたところ
以下の記事を見つけました。
https://en.wikibooks.org/wiki/SPM/Installation_on_64bit_Windows
その下にこんなことが書いてありました。
Edit spm/matlabbatch/private/cfg_mlbatch_defaults.m and modify lines:
cfg_defaults.cfg_ui.lfont.FontName = ‘Arial Narrow’;
cfg_defaults.cfg_ui.bfont.FontName = ‘Arial Narrow’;
Arial NarrowはMacにもあります。試してみました。
具体的には、cfg_mlbatch_defaults.m を開き、23行目にある
‘FontName’,get(0,’FixedWidthFontName’),…
を
‘FontName’,’Arial Narrow’,…
に変えます。
それで保存して、SPMを起動して、ファイル選択画面を出したところ…
フォントが綺麗に表示されるようになりました！
フォントがきになる方は試してみる価値があるかと思います。
ちなみに、ui.bfontの方は変えない方が良かったです。
CONN17a において、何人かからうまく動作しないというご連絡をいただきました。
以下のようなエラーメッセージが出ます。
Error using conn_process (line 763) duplicated ROI name atlas.Vermis 10 Error in conn_process (line 15) case 'setup', disp(['CONN: RUNNING SETUP STEP']); conn_process([0:4,4.5,5]);
調べた所、以下のバグが報告されています。
https://www.nitrc.org/forum/forum.php?thread_id=7356&forum_id=1144
解決策として、以下のリンクからrex.mをダウンロードし、CONN17aにあるrex.mに対して上書き保存してください。
私がもっているデータのひとつに縦断DTIデータがあり、東京都健康長寿医療センターの下地先生が包括脳/ABiSチュートリアルで教えてくださっているTBSSを用いて解析を行っています。（下地先生は非常にわかりやすい講義をしてくださることで人気の先生です。）
GLMでDesign matrixを作成する時にひとつ困ったことに遭遇しました。
FSLのGLM Wizardでは、対応のあるt検定のDesign matrixを簡単に作成することができます。
SPM12で、ひとつバグがあることがわかっています。
モデル作成の時に、maskにexplicit maskを指定すると、estimateができずに失敗するというものです。
以下のようなエラーが出ます。
Running ‘Model estimation’ SPM12: spm_spm (v6842) 11:34:04 – 25/11/2016 ======================================================================== SPM12: spm_est_non_sphericity (v6827) 11:34:05 – 25/11/2016 ======================================================================== Failed ‘Model estimation’ 存在しないフィールド ‘xVol’ を参照しています。 In file “/Users/psymacpro3/Documents/MATLAB/spm12/spm_est_non_sphericity.m” (v6827), function “spm_est_non_sphericity” at line 105. In file “/Users/psymacpro3/Documents/MATLAB/spm12/spm_spm.m” (v6842), function “spm_spm” at line 431. In file “/Users/psymacpro3/Documents/MATLAB/spm12/config/spm_run_fmri_est.m” (v5809), function “spm_run_fmri_est” at line 33. The following modules did not run: Failed: Model estimation
これは、バグであることが知られており、解決方法として、spm_est_non_sphericity.mを差し替えることが推奨されています。
下記リンクのものをダウンロードし、SPM12のフォルダに上書きしてください。
これで問題なくなります。
バグフィクスされたspm_est_non_sphericity.mをダウンロード(右クリック→名前をつけて保存で保存してください)
リソースはこちら：
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=spm;2c0ae193.1611