FreeSurferをインストールした後、自分のデータを用いてどうしたらいいか困る人が多くいます。
まず、1例を試してみるといいと思います。
以下のようにされてはいかがでしょうか。
- ターミナルを開きます。
- 画像があるディレクトリに移動します。
- 画像の被験者IDを決めます
- 以下の書式でコマンドをうちます。
たとえば、画像が、/Users/foo/img_dataにあるとすれば、
$ cd /Users/foo/img_data/
となります。
FreeSurferでは実はこれが大事です。ここをきちんとしていないと、話が次に進みません。
$ recon-all -s 【被験者ID】 -i 【NIFTI画像ファイル】 -all
今、被検者IDがHC001、NIFTI画像がV_HC001.niiだとすると、
$ recon-all -s HC001 -i V_HC001.nii -all
となります。
これでしばらく待ちます。私の最近のPCでは、9時間程度で1例の処理が終わります。
スクリプト化してみましょう。画像のファイル名（拡張子抜き）をIDとして扱うことにします。
#!/bin/sh
if [ $# -lt 1 ]
then
echo "Please specify image files!"
echo "Usage: $0 imagefiles"
echo "Wild card can be used."
exit 1
fi
for f in "$@"
do
subjid=`imglob $f`
recon-all -i $f -s $subjid -all
done
という感じになりますね。
出力ファイルは、$SUBJECTS_DIRに出力されます。
私の場合、
$SUBJECTS_DIRはホームディレクトリの下のfreesurfer/subjectsにしてあります。
この設定の仕方は、こちらをご覧ください。
どこにあるかすぐにわからなかったら、以下をしたらいいと思います。
$ cd $SUBJECTS_DIR
ここに先ほど入力したIDがあります。その中にいろいろ入っています。
＄SUBJECTS_DIRはHDDの容量をくいますので、十分なスペースを確保しないと容量不足に陥りますのでご注意ください。