FSLViewを使うと、2つの画像を簡単に重ねあわせて表示できるわけですが、その際に様々なオプションを組み合わせることで画像をわかりやすく見せることができます。
主に3つ覚えておけば、結構いけるなと思いましたので、その3つを紹介します。
その3つとは、
- -l (Lookup table)
- -b (Brightness)
- -t (Transparency)
です。
日別アーカイブ： 2016-01-24
AFNIの3dresampleを使った画像のボクセルサイズの変更
これまで、MRI画像のボクセルサイズを変更する時に、簡単な方法がないなと思っていました。
コマンドひとつで簡単にできないかなといろいろ検索したところ、AFNIの3dresampleというプログラムに行き着きました。
書式は簡単です。
たとえば、ボクセルサイズを2mm x 2mm x 2mm にしたいとしたら、
$ 3dresample -dxyz 2 2 2 -prefix 出力画像 -inset 入力画像
となります。
入力画像、出力画像、ともにNIFTI画像(.nii, .nii.gz)が使えます。
FSLViewやITK-SNAPでは、2つの画像を重ねあわせる時、ボクセルサイズが一致していることが必須ですので、これを知っていることで、作業が簡単になるかもしれません。