2018.09.09追記:この記事は古くなっています。最新版は、こちらに準備しましたので、こちらをご覧ください。
先日、ANTsをMacにインストールする方法を記載しましたが、Ubuntuでも同じことができるので、記載します。
開発者によるHow-toはこちらに記載されています。
2018.09.09追記:この記事は古くなっています。最新版は、こちらに準備しましたので、こちらをご覧ください。
先日、ANTsをMacにインストールする方法を記載しましたが、Ubuntuでも同じことができるので、記載します。
開発者によるHow-toはこちらに記載されています。
先日、USBメモリに4GBを超えるファイルをコピーする必要がありました。
Windowsユーザー、Macユーザーも使うUSBメモリなので、NTFSフォーマットがよいと考えました。MacユーザーもNTFSは標準で読み取りはできますので。
これまで、フォーマットするときにGPartedでやっていました。GUIで簡単ですから。
しかし、今回は、NTFSフォーマットだけでなく、ボリュームラベルも変更する必要がありました。Gpartedでは、これは2段階(NTFSへのフォーマットとラベルの設定)になってしまうので、もっと簡単な方法はないかと思いました。
検索してなかなかすぐに見つけられなかったのですが、以下の方法が簡便とわかったので、紹介します。
Linuxでは、USBメモリは、/dev/sdc1とか/dev/sdb1などに割り当てられます。どこに割り当てられたかを確認する必要があります。方法として、dmesgを使う方法と、fdisk -lを使う方法があります。
USBメモリをPCにさした時点で、端末に
$ dmesg
とタイプします。そうすると、以下のようなメッセージが出てきます。
[ 8939.172114] usb 3-2: New USB device found, idVendor=054c, idProduct=05bb [ 8939.172119] usb 3-2: New USB device strings: Mfr=1, Product=2, SerialNumber=3 [ 8939.172120] usb 3-2: Product: Storage Media [ 8939.172122] usb 3-2: Manufacturer: Sony [ 8939.172124] usb 3-2: SerialNumber: EBA5A08FFF1748 [ 8939.712192] usb-storage 3-2:1.0: USB Mass Storage device detected [ 8939.712398] scsi3 : usb-storage 3-2:1.0 [ 8939.714168] usbcore: registered new interface driver usb-storage [ 8939.717329] usbcore: registered new interface driver uas [ 8940.957656] scsi 3:0:0:0: Direct-Access Sony Storage Media 0100 PQ: 0 ANSI: 6 [ 8940.957872] sd 3:0:0:0: Attached scsi generic sg2 type 0 [ 8940.958666] sd 3:0:0:0: [sdc] 30507008 512-byte logical blocks: (15.6 GB/14.5 GiB) [ 8940.959280] sd 3:0:0:0: [sdc] Write Protect is off [ 8940.959282] sd 3:0:0:0: [sdc] Mode Sense: 43 00 00 00 [ 8940.959779] sd 3:0:0:0: [sdc] Write cache: enabled, read cache: enabled, doesn't support DPO or FUA [ 8940.964615] sdc: sdc1 [ 8940.966528] sd 3:0:0:0: [sdc] Attached SCSI removable disk [ 9741.422259] usb 3-2: USB disconnect, device number 2
ここにUSBとかsdcとか出てきますね。
これで、/dev/sdcが割り当てられたとわかります。
もうひとつの方法はfdiskを用いることです。-lオプションで、デバイスの一覧を表示します。
$ sudo fdisk -l
とすると、今度は次のように表示されます。
Disk /dev/sdc: 15.6 GB, 15619588096 bytes ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 1898, 合計 30507008 セクタ Units = セクタ数 of 1 * 512 = 512 バイト セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 512 バイト I/O サイズ (最小 / 推奨): 512 バイト / 512 バイト ディスク識別子: 0xc3072e18 デバイス ブート 始点 終点 ブロック Id システム /dev/sdc1 48 30507007 15253480 c W95 FAT32 (LBA)
この方がわかりやすいですね。いずれにしても、/dev/sdc1がUSBメモリのパーティションだということがわかります。ちなみに、sdc1の1はパーティションの番号で、USBメモリの場合、たいていパーティションは1つなので、sdc1がUSBメモリのパーティションになります。
ここでは、mkfs -t ntfsというコマンドを使います。そして、ラベルは、-Lというオプションですので、以下のようにタイプします。
(mkfs.ntfsとmkfs -t ntfsは同義です)
$ sudo mkfs -t ntfs -L usbdisk /dev/sdc1
そうすると、フォーマットがはじまります。もし、クイックフォーマットにしたい場合は、-Qをつけて、
$ sudo mkfs -t ntfs -Q -L usbdisk /dev/sdc1
とします。(通常はこちらの方が現実的です)
ふつう、する必要はありませんが、きちんとNTFSに変換されたか知りたい人もいることでしょう。
その場合は、以下のコマンドをタイプします。
$ sudo parted -l
そうすると、以下のようなメッセージが表示されます。
モデル: Sony Storage Media (scsi) ディスク /dev/sdc: 15.6GB セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B パーティションテーブル: msdos 番号 開始 終了 サイズ タイプ ファイルシステム フラグ 1 24.6kB 15.6GB 15.6GB primary ntfs lba
きちんとファイルシステムがntfsになっていることが確認できました。
FSLViewを使うと、2つの画像を簡単に重ねあわせて表示できるわけですが、その際に様々なオプションを組み合わせることで画像をわかりやすく見せることができます。
主に3つ覚えておけば、結構いけるなと思いましたので、その3つを紹介します。
その3つとは、
です。
これまで、MRI画像のボクセルサイズを変更する時に、簡単な方法がないなと思っていました。
コマンドひとつで簡単にできないかなといろいろ検索したところ、AFNIの3dresampleというプログラムに行き着きました。
書式は簡単です。
たとえば、ボクセルサイズを2mm x 2mm x 2mm にしたいとしたら、
$ 3dresample -dxyz 2 2 2 -prefix 出力画像 -inset 入力画像
となります。
入力画像、出力画像、ともにNIFTI画像(.nii, .nii.gz)が使えます。
FSLViewやITK-SNAPでは、2つの画像を重ねあわせる時、ボクセルサイズが一致していることが必須ですので、これを知っていることで、作業が簡単になるかもしれません。
時間がかなりかかってしまいましたが、Lin4Neuroのメジャーアップデートを公開しました。
見た目は変わっていませんが、システムは相当変わっています。
現時点で、以下のパッケージが収載されています。
今後のアップデートで、その他のソフトウェアも収載予定です。
最新版のダウンロードは、 こちらからどうぞ。
Though it took such a long time, I’m pleased to announce the release of the update of Lin4Neuro.
It looks the same, but it is quite different.
Right now, following packages are pre-installed.
Other software packages will be added in the next update.
You can download the latest version from here.