2017.10.04 本記事は古い物です。最新版はこちらになりますので、そちらをご参照ください。
以前、FreeSurferのインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、改めてFreeSurferをインストールする機会がありましたので、改めてまとめてみます。2014年12月現在、FreeSurferのバージョンは、5.3.0です。コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。
英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。
2014年12月13日に包括脳MRI脳画像解析チュートリアルが開催されました。
私はVBMチュートリアルを担当しましたが、その時の配布資料を公開します。
このPDFは、「すぐできるVBM」の補足のような位置づけにあります。
すぐできるVBMのサンプルデータを使っていますし、チュートリアルを受講していない方々でも、このPDFを参考にしていただければ、さらなる知識が得られるのではないかと思います。
ダウンロードはこちらからどうぞ。
しばらく前に、SPM8とSPM12を同一のMatlabのライセンスで使用する方法という記事を書きましたが、先日の包括脳チュートリアルのアンケートで、「SPM8とSPM12を併存する方法がわかりにくい」というご指摘をいただきました。
ということで、ひとつのスクリプトで全部解決できる方法を考えてみました。
奇しくも、SPM-MLで同じような話題があり、私もその話題に加わったもので、その結果を受けています。
ときどき、下記のような表現を見ます。
$ wget -O- http://www.example.com/example.gpg.key | \ sudo apt-key add -
この -Oのあとについているハイフンや、apt-key addのあとについているハイフンの意味をきちんと理解していませんでした。
改めて、調べたら、いろいろな方が解説してくれていました。
結論からいうと、
Linuxにおけるハイフンは、標準入出力をさす
のですね。
上記の例の場合、wget -O は本当はファイル名を引数にもつはずで、
wget -O file となるはずなんです。
でも、今の場合、-を指定することで、
wget -O- はその内容を、標準出力に表示するんですね。
今の場合は、example.gpg.keyが表示されるわけです。
で、上記の場合、さらにパイプがつながっていて、apt-key add -と続きます。
今回のハイフンは、今度は標準入力になるわけですね。
つまり、example.gpg.keyの内容が標準出力に出力され、
それがパイプで今度は標準入力になって、apt-key addの引数として使われるわけです。
となると、次と同じということですね。
$ wget -O tmpfile http://www.example.com/example.gpg.key $ sudo apt-key add tmpfile $ rm tmpfile
ハイフンを上手に使うことで一時ファイルを作ることなくパイプを使うことができるわけです。
スマートですね。
先日、新しいデスクトップマシンが職場に到着しました。
早速、Lin4Neuro-14.04をインストールしたところ、画面解像度が1280×1024までしかでなく、悲しいことに…。
グラフィックボードはNVIDIA GeForce GTX 750 Tiが搭載されています。
Ubuntuのnvidia-currentではまだ未対応であることから、本家のサイトからドライバーをインストールすることとしましたが、ひと手間だったので、その経過をまとめます。
I managed to customize Xubuntu 14.04LTS to be Lin4Neuro-14.04.
For this customization I did the following;
If you look at these files, you will see how you can add your entries to menu.
I keep maintaining Xubuntu 12.04 because I am not certain Connectome mapper works in Xubuntu 14.04. If you want to use Connectome mapper, I recommend to use Lin4Neuro 12.04.
先日、デュアルブートのマシンでXubuntuのアップデートをした時にGrubがアップデートされ、質問に適当に答えていたら、Grubのエントリーが消えてしまうという事件がありました。
Grubの設定をいろいろするのはめんどくさい、何かいい方法がないかなと探していました。
そうしたら、ありました。めんどくさがりにぴったりなコマンドが。
$ sudo update-grub
これで、システムに入っているOSを探し出し、自動でメニューにエントリーしてくれます。
ということで、Grubで困ったら、焦らず、まずはupdate-grubをタイプしてみてはどうでしょうか。
私自身も遭遇しましたし、他の方からも問い合わせがありましたので、簡単に記載しておきます。
MacをYosemiteにアップグレードした際に、FSLが動作しなくなることがあります。
その際には、バタバタする前に、まず、XQuartzを再インストールしてみてください。
それだけで問題が解決することがあります。
本家にも情報がありました。
Note for Yosemite (10.10) users: even if you have previously installed X11, you will need to reinstall it from the XQuartz web page to get FSL to work.
これで、問題解決といって大丈夫そうです。
I needed to make a 2-up pdf out of slide pdfs. That is, original slide pdf is landscape, and I wanted to put 2 slides in one page.
Googling led me “pdfnup”. Since I installed Tex Live 2014 on my machine, pdfnup was already installed.
So, I tried the following
$ pdfnup --orient portrait --nup 1x2 input.pdf
This resulted in error, which said
pdfnup ERROR: the --orient option is not allowed, use --landscape or --no-landscape to specify the output page orientation
so I used –no-landscape option
$ pdfnup --no-landscape --nup 1x2 input.pdf
This made input-nup.pdf and that is 2-up pdf!
This tool is so useful for preparing handouts for presentation.
In addition to the above example, the author shows a nice example of how to produce a handout from a file of presentation slides.
For slides made with the standard 4:3 aspect ratio a nice 6-up handout on A4 paper can be made by
$ pdfjam --nup 2x3 --frame true --noautoscale false \ --delta "0.2cm 0.3cm" --scale 0.95 myslides.pdf \ --outfile myhandout.pdf