Connectomeに関心が集まっている昨今、様々なソフトウェアが発表されています。
それらの中にConnectome Mapping Toolkitがあります。Connectome Mapperがその根幹をなすものですが、Connectome mapperを動かすためには、
- Diffusion Toolkit
- Freesurfer
- FSL
- MRTrix
- Camino
- Camino-Trackvis
- MITK
- Nipype
を事前に準備しなくてはならず、そのうえでConnectome mapperを入れないといけません。
結構大変な作業です。
順天堂放射線科の神谷先生と情報交換をしながら、Ubuntuにこれらのソフトをいれ、Connectome mapperを起動させる手順書を作成しました。
悩んでいる人は試してみる価値があると思いますので、試してみてください。
PDFはこちらからダウンロードできます。
なお、Lin4Neuroの最新版(20140313)には、FreesurferとDiffusion Toolkitを除くこれらのソフトのすべてが入っています。めんどくさがりの方は、最新版のLin4Neuroを使用することをおすすめします。