カテゴリ別アーカイブ： Ubuntu

2024年10月現在、FreeSurferはUbuntu 24.04 では動作しません

ときどきこの質問を受けるので言及しておきます。

2024年4月にUbuntu 24.04が公開されました。
しかし、Ubuntu 24.04上では現行のFreeSurfer 7.4.1は動きません。
このため、FreeSurferを実行したい場合は、しばらくUbuntu 22.04からアップグレードしないようにしましょう。

2024-10-06リンクURL 2 コメント

nvidia関連のドライバーが依存の問題でアップデートできない時の解決法

2023年11月9日に普通にアップデートしたら以下の問題が発生しました。
環境はUbuntu 22.04です。

$ sudo apt update
---(中略)---
これらを直すためには 'apt --fix-broken install' を実行する必要があるかもしれません。
以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
 nvidia-dkms-535 : 依存: nvidia-kernel-common-535 (= 535.129.03-0ubuntu1) しかし、535.129.03-0ubuntu0.22.04.1 はインストールされています
 nvidia-driver-535 : 依存: nvidia-compute-utils-535 (= 535.129.03-0ubuntu1) しかし、535.129.03-0ubuntu0.22.04.1 はインストールされています
                     推奨: libnvidia-gl-535:i386 (= 535.129.03-0ubuntu1)
E: 未解決の依存関係です。'apt --fix-broken install' を実行してみてください (または解法を明示してください)。

nvidia-dkms-535 が nvidia-kernel-common-535 に依存しているとあります。
よくみると、
nvidia-kernel-common-535は
535.129.03-0ubuntu1　が必要なようですが、　535.129.03-0ubuntu0.22.04.1がインストールされていると言われています。

バージョンの小さな違いがエラーを引き起こしているようです。

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2023-11-10リンクURL 4 コメント

Windows 10/11 で、WSL2 を使って FSL をインストールする方法

Windows 10/11 では、Windows Subsystem for Linux (WSL) を使ってUbuntuなどのLinuxをインストールできます。WSL2 を使うと、GPUも使えるとのことです。

しかし、WSL2は基本、コマンドラインです。LinuxのGUIを起動するためには、工夫が必要です。現在、いくつかのアプリが公開されていますが、FSLの公式ページでは、VcXsrv を勧めていますのでそれを使うのが無難でしょう。

Ubuntu 22.04 も発表されて1年が過ぎて安定してきましたので、ここでは、

  • WSL2
  • Ubuntu 22.04
  • VcXsrv

をいれたうえで、FSL をインストールしてみます。

なお、このページは、FSLの公式サイトを参考に作成しました。

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2023-05-21リンクURL 6 コメント

Ubuntu 20.04/22.04 上の FSL6.0.6 以降で CUDA 11以降のGPUを使う方法

FSL 6.0.6 以降で、CUDA 11以降も対応するようになりました。

いろいろ試行錯誤した結果、以下のようなシンプルな方法でFSLでCUDAを上手に使うことができるようになったので紹介します。

なお、Amulet社から販売している Powerstep Tower for Lin4Neuro は、既にこれらの設定が済んでいますので、電源入れたらすぐにEDDY, BEDPOSTX, XTRACTなどがGPUを使って解析できます。
なお、FSL 6.0.6 以降は既にインストールされているとします。

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2023-04-16リンクURL 1 コメント

Ubuntu で 新しいハードディスクを追加する方法 step by step

これまで新しいハードディスクを追加する際の tips を書いてきましたが、最初から最後までまとめます。SATA接続のSSDも同様です。

  1. 新しいデバイスを確認する

    2. fdisk を使って確認できます。

    sudo fdisk -l

    詳細はこちらに説明があります。

    この後は、 /dev/sda が新たなデバイスであると仮定します。

  2. パーティションの作成

    3. gdisk を使います。

    sudo gdisk /dev/sda

    この後、タイプするコマンドは

    n #新しいパーティションを追加　設定はすべてデフォルトのままでも可
p #パーティションテーブルを確認
w #パーティションテーブルの書き込み

    の3つだけです。

    詳細は先ほどと同じく、こちらに説明があります。

  3. ext4 としてフォーマット

    4. mkfs.ext4 を使います。

    sudo mkfs.ext4 /dev/sda
  4. ハードディスクのUUIDを確認

    5. blkid で確認できます。

    sudo blkid | grep dev\/sda

    ここで表示されるUUIDを後ほど使います。

  5. マウントポイントの作成

    6. 今の場合は /mnt/data1 にマウントするとします。

    sudo mkdir /mnt/data1
  6. /etc/fstab への追加

    7. /etc/fstab に以下の内容を追加します。詳細はここでは説明しませんが、データ用ならば以下の設定でよいのではないかと思われます。

    # HDD 2023-04-15 (コメントを記載した方がどのハードディスクかわかります)
UUID=上記で調べたUUID    /mnt/data1    ext4    defaults    0    0
  7. ハードディスクのマウント

    8. mount -a でマウントできます。

    sudo mount -a
  8. オーナーシップの変更

    9. 自分だけ使う場合、chown を使ってオーナーを自分にすると使い勝手がいいです。

    sudo chown -R $USER:$USER /mnt/data1

これでハードディスクを追加できました。

2023-04-16リンクURL コメントを残す

すぐに認識されないDVD/Blu-rayディスク(udf形式)のUbuntuへの読み込み

UDF形式はDVDやブルーレイの標準フォーマットですが、Ubuntuでは、デフォルトではディスクを挿入しただけでは認識されないことがあります。

以下のようにすることで対応できます。

  • 光学ドライブのデバイス名を確認する

Ubuntuの「ディスク」アプリ (gnome-disks) を起動します。

ここで、光学ドライブを選択し、「デバイス」にあるパスを確認します。

上図では、/dev/sr0 であることがわかります。

  • マウントポイントを作成する

Ubuntu 18.04以降では、/media/ユーザ名/ の下にリムーバブルディスクがマウントされますので、ここに udf というディレクトリを作成します。（udfでなくても自分の好きな名前で大丈夫です)　

sudo mkdir /media/ユーザ名/udf
  • マウントする

以下のコマンドでマウントします。

sudo mount -t udf /dev/sr0 /media/ユーザ名/udf

こうすると、デスクトップ上にディスクが表示されるようになります。

ディスクが表示されず困った時、試してみる価値があります。

  • アンマウントする

GUIでは、ディスクのアイコンで右クリックをして「取り出す」で大丈夫です。
コマンドラインでは、sudo umount /media/ユーザ名/udf でアンマウントできますのでその後はいつでも取り出せます。

2022-07-31リンクURL コメントを残す

NVIDIAのリポジトリのキーが更新されました。（2022年4月28日）

4月30日にUbuntuのアップデートをしたら、以下のようなメッセージが出ました。

W: GPG エラー: https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64 InRelease: 公開鍵を利用できないため、以下の署名は検証できませんでした: NO_PUBKEY A4B469963BF863CC
E: リポジトリ https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64 InRelease はもう署名されていません。
N: このようなリポジトリから更新を安全に行うことができないので、デフォルトでは更新が無効になっています。
N: リポジトリの作成とユーザ設定の詳細は、apt-secure(8) man ページを参照してください。

NVIDIAのリポジトリが変更があったのかなと思い、NVIDIAのサイトを見に行ったら、きちんと書いてありました。

Updating the CUDA Linux GPG Repository Key

このページに書いてありますが、Ubuntu 18.04の場合は行うべきことは以下になります。（Ubuntu 20.04は1804を2004に変えるだけです）

sudo apt-key del 7fa2af80
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/cuda-keyring_1.0-1_all.deb
sudo dpkg -i cuda-keyring_1.0-1_all.deb 
sudo apt update

これで公開鍵が更新されます。

ただ、人によっては以下のメッセージが出てくるかもしれません。

W: ターゲット Packages (Packages) は /etc/apt/sources.list:63 と /etc/apt/sources.list.d/cuda-ubuntu1804-x86_64.list:1 で複数回設定されています

これは、/etc/apt/sources.list と /etc/apt/sources.list.d/cuda-ubuntu1804-x86_64.list

に同じ内容が記載されていることによります。
この場合は、

/etc/apt/sources.list にある

deb https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu1804/x86_64/ /

を削除すればOKです。

2022-05-02リンクURL コメントを残す

ubuntu-drivers devices で “FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘aplay'” が出たときの対処法

Ubuntuでグラフィックドライバを入れるときなど、ubuntu-driversが便利ですが、あるマシンでこんなエラーが出ました。

$ ubuntu-drivers devices
ERROR:root:could not open aplay -l
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/share/ubuntu-drivers-common/detect/sl-modem.py", line 35, in detect
    aplay = subprocess.Popen(
  File "/usr/lib/python3.8/subprocess.py", line 858, in __init__
    self._execute_child(args, executable, preexec_fn, close_fds,
  File "/usr/lib/python3.8/subprocess.py", line 1704, in _execute_child
    raise child_exception_type(errno_num, err_msg, err_filename)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'aplay'

No such file or directory: ‘aplay’ と出ます。
これは何だろうなと思って調べたところ、Linuxのオーディオ入出力のALSAの音声再生コマンドであることがわかりました。

ALSAを入れれば問題ないだろうと思ったところ、解決しました。

sudo apt install alsa-base

これで ubuntu-drivers devices でエラーが出なくなりました。

2022-01-03リンクURL コメントを残す

Ubuntu への AnyDesk のインストール

AnyDeskはマルチプラットフォームで動作するリモートデスクトップアプリケーションです。動きがとても軽くて非常に使いやすいです。

本家サイトに ‘AnyDesk DEB repository how-to‘ が紹介されていますが、root で作業するように書かれています。

Ubuntuで普通のユーザーが使う時はちょっとだけ違う方がすんなりインストールできますので紹介します。

  • リポジトリキーを信頼するソフトウェア・プロバイダー・リストに登録する
wget -qO - https://keys.anydesk.com/repos/DEB-GPG-KEY | sudo apt-key add -
  • リポジトリを追加する
sudo sh -c 'echo "deb http://deb.anydesk.com/ all main" > /etc/apt/sources.list.d/anydesk-stable.list'
  • リポジトリを更新し、AnyDeskをインストールする
sudo apt update
sudo apt install anydesk
2021-12-26リンクURL コメントを残す

Ubuntu 20.04 の mini.iso

Ubuntu 20.04 の mini.iso はかなり隠れたところにあります。
こちらから入手できます。

http://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/focal/main/installer-amd64/current/legacy-images/netboot/

日本のミラーサイトはこちら。
http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/focal/main/installer-amd64/current/legacy-images/netboot/

いつも探すので備忘録として書いておきます。

2021-12-10リンクURL コメントを残す

Making use of eddy_cuda of FSL 6.0.4 on Ubuntu 18.04

eddy implemented in FSL is time-consuming program. FSL recommends using eddy_cuda, GPU version of eddy. They ship eddy_cuda8.0 and edddy_cuda9.1. If you use Ubuntu 18.04, you can make use of eddy_cuda9.1 with only 4 commands.

Disclaimer: Installing nvidia-driver could cause display problem. I am not responsible for the problem…

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2021-01-24リンクURL コメントを残す

Ubuntu18.04上のFSL6.0.4でeddy_cudaを使う方法

FSLにはeddyという拡散MRI画像の渦電流を補正するプログラムが搭載されています。
かつてはeddy_correctというシンプルなプログラムでしたが、
今のeddyは、計算量がとてつもなく大きな（＝処理時間がかかる）プログラムとなっています。

Liux版のFSLには、eddy_openmp というCPU版と、eddy_cuda{8.0,9.1}というGPU版があります。

Ubuntu 18.04 が搭載されているLinuxで NVIDIA製のグラフィックボードが搭載されている場合、eddy_cudaを比較的簡単にセットアップできるので紹介します。

注意：NVIDIAのドライバを入れる時点で、ディスプレイの解像度が変になることがあります。現在の実働マシンに使う場合は相当注意しながら行ってください。個々人の環境があまりにも違うのでこの方法で不具合が起こっても責任は負いかねます。（すでに3台のマシンでセットアップを行い問題ないことを確認していますが…）

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2021-01-22リンクURL コメントを残す