カテゴリ別アーカイブ： Lin4Neuro

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【MRtrix】MRtrixを用いたトラクトグラフィー: Tractography

1. 目的
2. データ準備
3. MIFフォーマットに変換
4. 渦電流および頭部の動き補正
5. 脳マスクの作成
6. 応答関数（Response function）の推定
7. 白質配向分布の推定
8. Tractographyの実行
9. Track Density Imaging (TDI)

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2022-09-05斎藤勇哉リンクURL コメントを残す

XFCEのウィンドウのサイズ変更は、Alt + 右クリック + 矢印が便利

Lin4NeuroはXFCEを採用しています。とても軽量なのでいいのですが、ウィンドウのサイズ変更でウィンドウの端を上手につかむことができず困ることがあります。
いいショートカットを教えていただきました。「Altキーを押しながら右クリックして、マウスを動かす」です。

私はマウスはできるだけ使わない方がうれしい人間なので、マウスを矢印キーで代用できないか試してみたらバッチリでした。

Alt + 右クリック + 矢印キーで、ウィンドウのサイズが比較的簡単に変更できます。

お試しあれ。

2022-08-03kiyotakaリンクURL 1 コメント

脳画像解析のための環境構築

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2021-08-17斎藤勇哉リンクURL 14 コメント

Making use of eddy_cuda of FSL 6.0.4 on Ubuntu 18.04

eddy implemented in FSL is time-consuming program. FSL recommends using eddy_cuda, GPU version of eddy. They ship eddy_cuda8.0 and edddy_cuda9.1. If you use Ubuntu 18.04, you can make use of eddy_cuda9.1 with only 4 commands.

Disclaimer: Installing nvidia-driver could cause display problem. I am not responsible for the problem…

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2021-01-24kiyotakaリンクURL コメントを残す

Ubuntu18.04上のFSL6.0.4でeddy_cudaを使う方法

FSLにはeddyという拡散MRI画像の渦電流を補正するプログラムが搭載されています。
かつてはeddy_correctというシンプルなプログラムでしたが、
今のeddyは、計算量がとてつもなく大きな（＝処理時間がかかる）プログラムとなっています。

Liux版のFSLには、eddy_openmp というCPU版と、eddy_cuda{8.0,9.1}というGPU版があります。

Ubuntu 18.04 が搭載されているLinuxで NVIDIA製のグラフィックボードが搭載されている場合、eddy_cudaを比較的簡単にセットアップできるので紹介します。

注意：NVIDIAのドライバを入れる時点で、ディスプレイの解像度が変になることがあります。現在の実働マシンに使う場合は相当注意しながら行ってください。個々人の環境があまりにも違うのでこの方法で不具合が起こっても責任は負いかねます。（すでに3台のマシンでセットアップを行い問題ないことを確認していますが…）

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2021-01-22kiyotakaリンクURL コメントを残す

Ubuntu 18.04 に HCP Pipeline の環境を設定する方法

HCP Pipelineを準備するのは簡単ではありませんが、東京大学小池研の植松明子さんとディスカッションしている中で、Ubuntu 18.04にHCP Pipelineを設定する方法を確立できたのでご紹介します。植松さんのinputに感謝申し上げます。

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2020-08-09kiyotakaリンクURL 6 コメント

Lin4Neuro based on Ubuntu 18.04 is updated (16 May 2020)

Lin4Neuro based on Ubuntu 18.04 is updated.
Below are main changes.

Now iso is generated from Ubuntu 18.04 Desktop so that installer can function properly.
Connectome workbench is installed and configured.
I changed the strategy to provide installers for huge packages such as AFNI, FreeSurfer, or FSL. It does not come with the release, but you can easily install them by just clicking the installer icons.
Bundled software packages are all updated.
The neuroimaging software packages available on Lin4Neuro is listed here.
VirtualBox appliances are officially provided from now on. Username is “brain” and password is “lin4neuro”. RAM is set to 4GB, and HDD 120GB.

You can get the latest version from here.

2020-05-17kiyotakaリンクURL コメントを残す

Ubuntu 18.04 mini.iso から構築するLin4Neuro 18.04版

現在、Lin4Neuro 18.04版を開発しており、仮想マシン版は公開できているのですが、iso版はまだ公開できていません。
リマスタリングに苦労しております。

もし、WorkstationにLin4Neuroを構築したい場合、Ubuntuから公開されている mini.iso を利用することで、
（比較的容易に）構築することができます。

以下、方法を示します。なお、スクリーンショットはVirtualBoxを用いて作成したものです。
仮想マシンで試されてから実機に応用していただけたらと思います。
なお、実機の場合、ネットワークは最初は無線LANは自動で認識しませんので、有線LANでネットワークに接続してください。

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2019-01-31nyリンクURL 2 コメント

VirtualBoxへのLin4neuroのインストール－Mac編－

現在、Lin4NeuroはVirtualBox上で動作する仮想マシンを配布するようになりました。Macで仮想マシンをどう使うか以下に記します。

Macのバージョン確認

MacでVirtualBoxを動作させるには、MacOS10.8（Mountain Lion）以降である必要があります。バージョンが古い方は、まずOSのアップグレードを行ってください。

注意点としては、MacOS 10.13（High Sierra）からセキュリティがこれまで以上に厳しくなりました。本ガイドでは、OS10.13で検証しています。セキュリティに気をつけるところは説明していますが、OS10.12（Sierra）以前では表示されない画面もありますので、ご了承ください。

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2018-10-31nyリンクURL 6 コメント

VirtualBoxへのLin4Neuroのインストール ―Windows編―

現在、Lin4NeuroはVirtualBox上で動作する仮想マシンを配布するようになりました。仮想マシンでの使用方法を以下に記します。

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2018-10-04nyリンクURL コメントを残す

Lin4Neuroのイメージファイル(isoファイル)を用いてVirtualBoxにインストールする方法

Lin4Neuro (L4N)は、isoイメージファイルおよびVirtualBoxの仮想アプライアンスを配布しています。
ここでは、isoイメージファイルを用いてVirtualBoxにL4Nをインストールする方法を解説します。

この方法は若干だけ手間がかかりますが、以下のメリットがあります。

ハードディスクの容量を自分で設定できる

これが一番大きいメリットかと思われます。

ログイン名などを自分の好みにあわせられる

ご自身で設定できます。

具体的な方法を以下に示します。Acknowledgmentとして、我々の研究室の山田典子さんが以下を準備してくださいました。
VirtualBoxのインストールまでは済んでいるものとして話をすすめます。なお、この方法では、VirtualBox Extension Packは不要です。

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2018-06-14nyリンクURL コメントを残す

Ubuntu 16.04への MRtrix3 インストールスクリプト

先日、ABiSチュートリアルで順天堂大学の鎌形先生から、FSL, FreeSurfer, MRtrix3を組み合わせたコネクトーム解析の素晴らしい講義を聞く機会がありました。

MRtrix3はインストールしなきゃと思いつつできていませんでしたが、せっかくですから、モチベーションが高いうちにインストールしようと思い、Ubuntu 16.04へのインストールを行いました。

http://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html

こちらに説明がありますが、これをまとめてみました。

関心のある方はこちらからダウンロードしてみてください。(右クリック→名前をつけて保存)

保存した後、

$ chmod 755 mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh
$ ./mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh

でインストールができます。

ちなみに、上記スクリプトは以下のようになっています。
GitHubからダウンロードし、コンパイルし、.bashrcにパスを通すというシンプルなことをやっています。

#!/bin/bash
#Script to setup mrtrix3 for Ubuntu 16.04

#Install prerequisite packages
sudo apt-get install git g++ python libgsl0-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev libqt5svg5* libeigen3-dev

#Download MRtrix3 source
if [ ! -e $HOME/git ]; then
 mkdir $HOME/git
fi

cd $HOME/git
git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git

#Configuration and build
cd mrtrix3
./configure
./build

#.bashrc
echo >> $HOME/.bashrc
echo "#MRtrix3" >> $HOME/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/git/mrtrix3/bin:$HOME/git/mrtrix3/scripts' >> $HOME/.bashrc

2018-03-07kiyotakaリンクURL 6 コメント

Update of Lin4Neuro (27 Jun 2017)

Lin4Neuro was updated.

Fixed the bug of installer crash
All Neuroimaging software is up-to-date. FSL remains 5.0.9 since 5.0.10 is not available yet on Neurodebian.
Tutorial by Prof. Chris Rorden is put under home directory. Anybody can go through tutorial without further download.
Now Lin4Neuro is UEFI compatible.

You can get the latest version from here.

2017-06-27kiyotakaリンクURL コメントを残す

Lin4Neuroのアップデート (27 Jun 2017)

Lin4Neuroのアップデートを行いました。

Ubuntu 16.04をベースに、インストーラーがクラッシュするバグを修正しました
画像解析ソフトを最新版にしました。FSLはUbuntu版はまだ5.0.10がリリースされていないため、5.0.9のままです。
Chris Rorden教授のチュートリアルをわかりやすい場所に配置しました。
UEFI対応となっており、UEFI対応PCにもインストール可能となりました。

ここから入手できます。

2017-06-27kiyotakaリンクURL コメントを残す

Lin4Neuroのアップデート (31 Mar 2017)

Lin4Neuroのアップデートを行いました。

主な更新点は以下になります。

Ubuntu 16.04をベースにするバージョンを発表しました。(ただし、インストーラーにバグがあるため、現在調整中です。)Ubuntu 14.04版も続けてメンテナンスしていきます。
画像解析ソフトをすべて最新バージョンにアップデートしました。
GitHub上にLin4Neuroを作成するスクリプトを公開しました。

https://github.com/kytk/lin4neuro-xenial

これを用いればLin4Neuroを自分の使いたいようにカスタマイズしていただくことも可能かと思います。

起動時画面のロゴに少し修正を加えました。Lin4NeuroがUbuntuのどのバージョンに基づいているかがひと目でわかります。

最新版のLin4Neuroはこちらからどうぞ。

2017-03-31kiyotakaリンクURL コメントを残す

Update of Lin4Neuro (31 Mar 2017)

Lin4Neuro is updated.

Now Lin4Neuro is based on Ubuntu 16.04. (I’ll keep maintenance of 14.04 Version too)
All of the neuroimaging software packages are up-to-date.
Building scripts of Lin4Neuro is publicly available on GitHub.

https://github.com/kytk/lin4neuro-xenial

You can make your version of Lin4Neuro based on the repository above. I wrote instruction how to use in the repository.

I made some changes to the Lin4Neuro logo on splash. You will find L4N you are using is based on Ubuntu 14.04 or later.

You can download the latest Lin4Neuro from here.

2017-03-31kiyotakaリンクURL コメントを残す

Lin4Neuroのアップデート (14 Aug 2016)

Lin4Neuroのアップデートを行いました。

主な更新点は以下になります。

UEFIに対応するようにいたしました。
画像解析ソフトをすべて最新バージョンにアップデートしました。
GitHub上にLin4Neuroを作成するスクリプトを公開しました。

https://github.com/kytk/lin4neuro-trusty

これを用いればLin4Neuroを自分の使いたいようにカスタマイズしていただくことも可能かと思います。

起動時画面のロゴに少し修正を加えました。Lin4NeuroがUbuntuのどのバージョンに基づいているかがひと目でわかります。

現在、Ubuntu 16.04に基づいたLin4Neuroを開発中です。できたら年末までに公開できたらと思っています。

最新版のLin4Neuroは
You can download the latest Lin4Neuro from こちらからどうぞ。

2016-08-14kiyotakaリンクURL コメントを残す

Update of Lin4Neuro (13 Aug 2016)

Lin4Neuro is updated.

Below is the points of update.

Now Lin4Neuro ISO is UEFI bootable.
All of the neuroimaging software packages are up-to-date.
Now I made the building scripts of Lin4Neuro publicly available on GitHub.

https://github.com/kytk/lin4neuro-trusty

You can make your version of Lin4Neuro based on the repository above. I wrote instruction how to use in the repository.

I made some changes to the Lin4Neuro logo on splash. You will find L4N you are using is based on Ubuntu 14.04 or other.

Now I’m in the process of developing Lin4Neuro based on Ubuntu 16.04. Hopefully this version will be released by the end of this year.

You can download the latest Lin4Neuro from here.

2016-08-14kiyotakaリンクURL コメントを残す

Lin4Neuroのメジャーアップデート (18 Jan 2016)

時間がかなりかかってしまいましたが、Lin4Neuroのメジャーアップデートを公開しました。
見た目は変わっていませんが、システムは相当変わっています。

今後、Lin4NeuroはUbuntuのmini.isoをベースに、XFCE 4.12を搭載していきます。メモリ使用量は起動時は300MB未満です。
これから公開していきますが、Lin4Neuroの作成スクリプトを準備しました。どうやってLin4Neuroが作られているのかを確認できます。

現時点で、以下のパッケージが収載されています。

3D Slicer
AFNI
DSI Studio
FSL
ITK-SNAP
Mango
MRI Convert
MRIcroGL
MRIcroN
Virtual MRI

今後のアップデートで、その他のソフトウェアも収載予定です。

最新版のダウンロードは、こちらからどうぞ。

2016-01-18kiyotakaリンクURL コメントを残す

Major update of Lin4Neuro (18 Jan 2016)

Though it took such a long time, I’m pleased to announce the release of the update of Lin4Neuro.
It looks the same, but it is quite different.

From now on, Lin4Neuro is based on minimal Ubuntu with XFCE 4.12. RAM consumption is less than 300MB when the system is up.
I prepared scripts to show how I made Lin4Neuro. You can check what has been done while minimal Ubuntu transform into Lin4Neuro (The scripts are to be released soon).

Right now, following packages are pre-installed.

3D Slicer
AFNI
DSI Studio
FSL
ITK-SNAP
Mango
MRI Convert
MRIcroGL
MRIcroN
Virtual MRI

Other software packages will be added in the next update.

You can download the latest version from here.

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