FreeSurferのrecon-allで前処理を行った後、Quality Checkを行うことはとても大事です。
広島大の北村先生と一緒に、やり方を確認しました。北村先生がまとめてくださいましたので、その方法を以下に記します。
原典はFreeSurferのホームページを参考にしています。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/OutputData_freeview
カテゴリ別アーカイブ： Freesurfer
FreeSurferをインストールした後の第一歩
FreeSurferをインストールした後、自分のデータを用いてどうしたらいいか困る人が多くいます。
まず、1例を試してみるといいと思います。
以下のようにされてはいかがでしょうか。
- ターミナルを開きます。
- 画像があるディレクトリに移動します。
- 画像の被験者IDを決めます
- 以下の書式でコマンドをうちます。
たとえば、画像が、/Users/foo/img_dataにあるとすれば、
$ cd /Users/foo/img_data/
となります。
FreeSurferでは実はこれが大事です。ここをきちんとしていないと、話が次に進みません。
$ recon-all -s 【被験者ID】 -i 【NIFTI画像ファイル】 -all
今、被検者IDがHC001、NIFTI画像がV_HC001.niiだとすると、
$ recon-all -s HC001 -i V_HC001.nii -all
となります。
これでしばらく待ちます。私の最近のPCでは、9時間程度で1例の処理が終わります。
スクリプト化してみましょう。画像のファイル名（拡張子抜き）をIDとして扱うことにします。
#!/bin/sh
if [ $# -lt 1 ]
then
echo "Please specify image files!"
echo "Usage: $0 imagefiles"
echo "Wild card can be used."
exit 1
fi
for f in "$@"
do
subjid=`imglob $f`
recon-all -i $f -s $subjid -all
done
という感じになりますね。
出力ファイルは、$SUBJECTS_DIRに出力されます。
私の場合、
$SUBJECTS_DIRはホームディレクトリの下のfreesurfer/subjectsにしてあります。
この設定の仕方は、こちらをご覧ください。
どこにあるかすぐにわからなかったら、以下をしたらいいと思います。
$ cd $SUBJECTS_DIR
ここに先ほど入力したIDがあります。その中にいろいろ入っています。
＄SUBJECTS_DIRはHDDの容量をくいますので、十分なスペースを確保しないと容量不足に陥りますのでご注意ください。
Ubuntu 14.04 へのFreeSurferのインストール
2017.10.04 本記事は古い物です。最新版はこちらになりますので、そちらをご参照ください。
以前、FreeSurferのインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、改めてFreeSurferをインストールする機会がありましたので、改めてまとめてみます。2014年12月現在、FreeSurferのバージョンは、5.3.0です。コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。
英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。
Freesurferのインストール Step by Step
注意：このポストは古いものです。より、新しいガイドは下記から見れます。
以下をご参照ください。
http://www.nemotos.net/?p=1012
以前、Freesurferのインストールを手伝ったことがあったのですが、そのときの文章が出てきたので、以下に記載しておきます。
ちなみに英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためとでもとっておいてください。
まず、ルートになります。
その後、ダウンロードしてきたファイルを/usr/localにうつします。
安全のためにコピーすることにしましょうか。
落としてきたディレクトリから、以下のコマンドをうってください。
# cp freesurfer-Linux-xxxxx-full.tar.gz /usr/local
となりますね。xxxxは落としてきたバージョンによって変わります。まぁ、基本的に
補完機能を使って、freeまでタイプして後はTabを押せば終わりですけどね。
そしたら、次に/usr/localに移ります。
# cd /usr/local/
そこで、ファイルを解凍します。
# tar -xvf freesurfer-Linux-xxxxx-full.tar.gz
これで、ディレクトリ構造を保ったまま解凍してくれます。
この後、FREESURFER_HOMEは、常に/usr/local/freesurfer
となります。
その後、ライセンスファイルを作成する必要があります。
ダウンロードする前にRegistrationをしますが、登録時のメールアドレスにメールが送られてきます。
その内容をコピーします。
Freesurferのホームディレクトリに移動します。
(とりあえず絶対パスを書いておきます。)
# cd /usr/local/freesurfer
GNOME環境で、初心者ならば、geditなんてエディタがとっかかりやすいかもしれません。
# gedit .license
そうすると、GUI環境でのエディタが立上りますので、そこにメールの内容をコピーして保存します。
これでライセンスファイルが作成されます。
ここまでできたらルートを抜けてください。
# exit
その後、ホームディレクトリに戻ってください。
$ cd
linuxはcd
とだけ打つと勝手にホームに戻ってきてくれます。僕はこれが好きですね。
その後、今度はシェルが立ち上がったときに常にfreesurferが動く設定にします。
今のLinuxのベースのシェルはたいていbashだと思います。freesurferのページにはtcshがいいと書いてありますが、別にbashで問題ないと思いますし、現に私はbashで使用しています。
エディタで.bashrcを立ち上げます。
$ gedit .bashrc
このファイルの文末に以下の2行をコピペしてください。
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
そして保存してください。
これでfreesurferのインストールは終わりです。
で、実際に動くかどうかのテストですが、
シェルを立ち上げていただくと、私の場合、以下のようなメッセージが出てきます。（私のは64bit環境です）
——– freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v4.5.0 ——–
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni
hogehoge@hogehoge:~>
こんな感じでしょうか。