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AFNIのインストール方法は、公式ページにしたがって行えばできます。AFNIにはコマンドラインからのアップデート機能があり、@update.afni.binaries -dで基本的にアップデートもできます。

しかし、この場合、NIHから新しいバージョンのAFNIをまるごとダウンロードしてきます。wgetでダウンロードするのですが、結構時間がかかります。ブラウザのアドオンについてくるダウンローダで入手するほうが短時間でダウンロードします。

https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/tgz/

ここからダウンロードできます。

ダウンロードしたものを使ってアップデートする際には以下でうまくできます。

インストール先を /usr/local/afni/bin
ダウンロードしたものが、~/Downloads/linux_openmp_64.tgz　だとすると、
以下のようになります。

sudo /usr/local/afni/bin/@update.afni.binaries       \
     -bindir /usr/local/afni/bin/                    \
     -local_package ~/Downloads/linux_openmp_64.tgz 

私の場合、/usr/local/afni/binにインストールしたかったので、sudoを使っていますが、デフォルトの~/abinの場合には、sudoは必要ありません。

現在のバージョンは

afni -ver

で簡単に確認できます。