CONNでPreprocessingが終わった後、ノイズ除去を行います。
CONNでは2段階でノイズを除去します。第1段階は linear regression (線形回帰) で、第2段階は temporal band-pass filtering (時間バンドパスフィルタリング) です。
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CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Options
SETUPの最後、Optionsも軽くみておきましょう。
CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Covariates (1st-level)
Covariates (1st-level) をみていきます。ここのCovariatesは個人のfMRI画像に関する情報が入っています。
サンプルデータのSubject 1でみていきます。
CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – ROIs, Conditions
前処理が終わり、QA plotsで不適なsubjectsを取り除きました。次にROIsとConditionsを確認します。
ANTsR の Ubuntu 18.04へのインストール方法
ANTsのRへの移植版であるANTsRのインストール方法を聞かれましたので、Ubuntu 18.04へのインストール方法を以下にまとめます。現在、Ubuntu 18.04では、Rのバージョンはデフォルトで3.6になっていますので、Rは3.6がインストールされていると仮定します。
CONNチュートリアル (20.b対応): subjectの除去 (SETUP – Basic)
ここでは、画像が不適であることがわかった場合のSubjectの取り除き方を説明します。
CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Covariates (2nd-level)
前処理のQAで今回準備したサンプルデータでは、Subject 16は解析に不適ということがわかりました。なので、これを省きたいと思いますが、その前に準備している Covariates を登録しておきます。（そうでないと Covariates を入れてある subjects.txt を編集し直さないといけないからです。）
CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – QA plots
前処理が終わったら、前処理のQA (Quality Assurance) を行いましょう。よくQC (Quality Check)という言葉が使われますが、QAはQCと同義です。
CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Preprocessing
構造画像と機能画像を指定したら、前処理 Preprocessing を行います。
CONNチュートリアル (20.b対応): ワーキングディレクトリの設定
脳画像解析を行う際には、「ワーキングディレクトリ」を意識することがとても大切になります。なぜならば、ワーキングディレクトリの中に画像データが保存されていくからです。CONNも例外ではありません。
そして、忘れられがちですが、Matlabでまずワーキングディレクトリに移動してからCONNやSPMを起動すると、ファイルの選択などが非常に容易になります。
今は、conn_practice.zip を展開してできた conn_practice をワーキングディレクトリとして設定したいと思います。
CONNチュートリアル (20.b対応): インストール
CONNの記事を最初に書いてからほぼ5年が経ちました。
多くの方に「CONNを使えるようになりたい」という質問をいただくので、改めて、2021年8月時点の最新バージョン 20.b を用いてCONNの使い方を紹介していきたいと思います。
Ubuntu 18.04 への FreeSurfer 7.2.0 のインストール (debファイルの利用)
FreeSurfer 7.2.0が発表されました。
このバージョンからついに deb ファイルが提供されるようになりました。嬉しいことですね。
デフォルトのインストール先は、/usr/local/freesurfer/7.2.0 となります。
3次元fMRI データセットを4次元fMRIデータセットに変換する方法: SPMとFSLの比較
fMRIデータは3次元データで取り扱う場合と4次元データで取り扱う場合があります。
3次元データの場合、たとえば1つのセッションが240ボリュームで構成されているとすると、240のniftiファイルで構成されます。
4次元データの場合、1つのniftiファイルに240ボリュームがすべておさめられています。
個人的には、データ管理という点では、4次元データの方が取り扱いやすいと思っています。
そこで3次元データを4次元データに変換する方法をSPMの場合とFSLの場合でまとめたいと思います。
必要な情報としては、TRです。この情報がないといくつかのソフトはうまく動かなくなります。
Linuxで特定の時間より後に生成されたファイルを列挙する方法
画像解析などをしていると、しばしば、「今の作業で新しくできたファイルは何だろう？」と思うことがあります。
Linuxでは、find コマンドに、-newer というオプションがあります。findのmanページには以下の記載があります。
-newer file
ファイルが file よりも最近に内容を更新されていれば、真を返す。
であるならば、あるファイルを作成して、作業をして、その後に、findをかければ列挙できるはずです。
いろいろ調べた結果、touchコマンドで -t オプションを使うとタイムスタンプを決められるので、それをスクリプトに組み込めるなと思いました。
以下のスクリプトで、新たに生成されたファイルの一覧が generated_from_タイムスタンプ.txt に作成されます。
#!/bin/bash
#generate timestamp
ts=$(date +%Y%m%d%H%M.%S)
#generate a temporary file with current timestamp for find
touch -t $ts /tmp/_timestamp
# BEGIN commands to generate new files
#
# END
# list files which is generated after /tmp/_timestamp
find . -type f -newer /tmp/_timestamp | tee -a generated_from_${ts}.txt
それって多重比較？
ある方から、「脳画像解析の他に心理検査と認知機能検査をやっているんだけれども、それらの検定を行う際は多重比較補正はしなくていいのでしょうか？」という質問をいただきました。
私がいつもいろいろ教わっている統計の専門家の佐賀大学の川口淳先生にお聞きしたところ、とてもわかりやすい説明をいただきました。川口先生の許可を得ましたので公開させていただきます。
ARMベース「Apple M1」搭載のmacbookに、FSLが対応しました（2021年4月）
2021年4月9日にFSLのMLで、以下の情報が流れてきました。
The latest FSL installer script should be able to download and install FSL on Apple ARM machines.
You can download the latest installer here (after filling in the form):
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration
FSL will run using Rosetta2 and passes the FSL test suite.
ということで、FSLはついにApple M1チップに対応したようです。
macOS上のVirtualBoxで”Kernel driver not installed (rc=-1908)” が出た時の対処方法
macOSをBig Surにアップグレードした後、VirtualBoxから仮想マシンを起動しようとすると、”Kernel driver not installed (rc=-1908)”というエラーが出て、起動しないという現象にぶつかりました。
原因を探ったところ、”VirtualBoxのバージョンをあげること”が解決法として挙げられていました。
以下の方法でなんとか解決できたので、紹介します。キャプチャは全てmacOS Big Surのものです。
*22/Jan/2022 様々な方々とのやり取りの中で、うまくいかないこともたくさんありました。Homebrew経由でいくのが一番確実そうです。従って、記事をアップデートします。